Квалификация Гран-При Японии началась при температуре трассы 31 градус. Ни один из пилотов не выехал на неё в первые десять минут сессии.
Александр Вюрц стал первым пилотом, выехавшим из боксов. Он занял промежуточную поул-позишн - 1:38.725. В период с 14-ой по 17-ю минуты на трассу выехали Марк Жене, Дэвид Култхард, Жак Вильнев и Ярно Трулли. Жене показал результат 1:40.361.
Култхард занимает промежуточную поул-позишн с результатом 1:36.633, Трулли на второй позиции - 1.37.778, а Вильнев на третьей с результатом 1:38.222. В это время вылетает Верстаппен, но без серьёзных последствий для болида, только шины становятся грязными. Маццакане и Диниц начинают свои первые попытки, и Гастон перемещается шестое место с результатом 1:40.939, а Диниц проезжает круг за 1:38.928. Но у Диница не зачтут две лучшие попытки в наказание за то, что на тренировке он проехал почти весь круг с горящим мотором и вытекающим маслом вместо того, чтобы сойти с трассы. Их отодвигает на одну позицию Ральф Шумахер, переместившийся на вторую позицию с результатом 1:37.438. Френтцен показывает только пятый результат.
Эдди Ирвайн отодвигает немца на третье место, показывая результат 1:37.393. После 25-ти минут первая шестёрка выглядит так: Култхард, Ирвайн, Ральф Шумахер, Трулли, Френтцен.
Физикелла показывает седьмое время, а Михаэль Шумахер занимает промежуточный поул - 1:36.094. Хаккинен уступает ему одну десятую, выиграв только на первом секторе, и занимает вторую позицию. Первая шестёрка - Михаэль Шумахер, Хаккинен, Култхард, Баррикелло, Ирвайн, Ральф Шумахер.
Вильнев начинает вторую попытку, а его партнёр Рикардо Зонта остаётся единственным пилотом, не выезжавшим на трассу. За ним выезжают Диниц и Култхард. Вильнев перемещается с 9-го на 7-ое место, но вскоре эту позицию отнимает у него Френтцен. Култхард остаётся третьим, но улучшает время до 1:36.264. Жене вылетает с трассы и теперь будет должен пересесть на запасную машину, занимая в данный момент 18-ую позицию. Дженсон Баттон становится 6-ым с результатом 1:36.340, а Диниц показывает 18-ое время - 1:38.881. Зонта в своей первой попытке становится 19-ым. Последним квалифицировавшимся пилотом стал Йос Верстаппен. Он занимает 12-ое место с результатом 1:38.097.
Педро Диниц занимает 19-ое место со своим худшим временем - 1:38.928. Похоже, что Ральф Шумахер пытается приблизиться к результату Баттона и вылетает с трассы. Первая шестёрка после 40 минут сессии: Шумахер, Хаккинен, Култхард, Баррикелло, Ирвайн и Баттон.
На трассу выезжают Дэвид Култхард и Михаэль Шумахер. Дженсон Баттон перемещается на 5-ое место. Шумахеру удаётся вернуть промежуточную поул-позишн с великолепным результатом 1:35.908, а Вильнев перемещается с 11-го на 8-ое место. Култхард в очередной раз улучшает время, но не место - 1:36.236. За 10 минут до конца Мика Хаккинен выезжает на очередную попытку взять поул.
Ральф Шумахер перемещается с 12-го на 7-ое место с результатом 1.36.955. Мика Хаккинен великолепно проходит круг и вырывает промежуточную поул-позишн из рук Шумахера - 1:35.834. В McLaren установили больше прижимной силы на переднее антикрыло. Сразу же немец выезжает на трассу, чтобы вернуть поул. У Педро Диница больше не остаётся летучих кругов, и он не поднимется выше 20-го места.
Михаэль Шумахер смог вернуть себе поул-позишн - 1:35.825, а Хаккинен решает снова выйти на трассу в последние минуты квалификации.
Ральф Шумахер передвигается на 6-ое место. Мика Хаккинен проигрывает уже на втором секторе и ему не удаётся улучшить свой прежний результат. Он отстал от поул-позишн на 9 тысячных секунды. Пилоты Jordan занимают неожиданно низкие места - Френтцен на 8-ой позиции, а Трулли на 15-ой.
Итак, Михаэль Шумахер будет в восьмой раз в этом сезоне стартовать с поул-позишн.