"Возможностью структурирования мыслей при помощи программы..."
А кто-нибудь задумывался о том, чего Вы хотите от такой программы?
Если будут конкретные предложения или пожелания - напишите, так как есть
острая необходимость в такой программе, причем не только для написания
диссертации, так что я планирую заняться ее написанием.
Сейчас я пользуюсь WinOrganizer (www.tgslabs.com) - но это просто
ежедневник, однако, который позволяет делать в заметках ссылки на другие
заметки.
Для сведения: некоторое время назад я встречал под Linux'ом програмку,
писанную на Python'е, которая позволяла вести проекты с изложением
мыслей, ссылкой на них, созданием их клонов и др. (к сожалению, не помню
названия, а только из-за нее Linux ставить не хочу). В общем что-то
интересное, но не очень удобное в плане интерфейса.