Отправляет email-рассылки с помощью сервиса Sendsay

Дискуссионный лист сайта Дмитрия Рязанова Bessmertie.Ru

Подписаться Бесплатный дискуссионный лист Подписчиков 363
←   Ноябрь 2012   →
 1
 2
 3
03.11.2012
05:14:32
10:52:35
 4
 5
05.11.2012
12:13:07
12:15:37
 6
 7
 8
 9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
25.11.2012
19:18:53
19:22:56
26
26.11.2012
10:53:47
11:03:18
27
28
29
30


За последние 60 дней ни разу не выходила


Сайт листа: http://www.bessmertie.ru
Открыт: 18-02-2004
Пре-модерация: Нет
Адрес для писем в лист: science.news.bessmertie-list@subscribe.ru

Модератор
Администрация сайта Bessmertie.ru

Статистика

363 подписчиков
0 за неделю

Давно ожидаемый прорыв :-)

Новый генный секвенсор преодолевает барьер в 1000 долларов благодаря GPU
NVIDIA Tesla

Графические процессоры NVIDIA Tesla лежат в основе новой системы Ion Proton
от компании Life Technologies Corporation, которая более чем в 16 раз
ускоряет первичный анализ генетических последовательностей, используемый для
генерирования пар оснований ДНК. Эта инновация позволила сократить расходы
на секвенирование целого генома человека до одной тысячи долларов, в то
время как десять лет назад стоимость такого моделирования превышала один
миллиард долларов.

<GPU-ускорение и другие возможности системы Ion Proton позволяют любой
лаборатории мира с легкостью провести секвенирование генома человека без
дорогих затрат на IT, - отмечает Алан Уильямс (Alan Williams),
вице-президент по программному обеспечению и разработкам подразделения Ion
Torrent в Life Technologies Corporation. - Делая более доступным
секвенирование геномов, мы надеемся увидеть взрыв инноваций в сфере
биологических исследований и значительный прогресс в клинических
испытаниях>.

В системе Ion Proton используются передовые технологии, повышающие полосу
пропускания, точность вычислений и количество блоков оснований, получаемых с
помощью секвенсора Life Technologies Ion Personal Genome Machine (PGM)
Sequencer, в котором также установлены графические процессоры для ускорения
первичного анализа. Благодаря огромной мощности, секвенсор Ion PGM первым
расшифровал геном бактерий E. coli, которые принесли в Германию смертоносную
эпидемию в 2011 году.

Система Ion Proton устанавливает новые стандарты производительности,
простоты использования и доступности исследований, позволяя исследователям
переходить с секвенирования сложных блоков к секвенированию уровня генома на
одной платформе. Будучи в пять раз дешевле систем секвенирования генома на
основе света, эта система сэкономит исследователям сотни тысяч долларов.

<GPU-ускорение широко используется во всех аспектах вычислений в области
бионаук, позволяя исследователям выходить за рамки возможного, - отмечает
Сумит Гупта (Sumit Gupta), директор по решениям Tesla в NVIDIA. - Темп
исследований повышается благодаря использованию графических процессоров в
широком спектре задач - от генных секвенсоров и анализа последовательностей
до молекулярного моделирования и вывода диагностических изображений>.

http://www.overclockers.ru/itnews/50397/Novyj_gennyj_sekvensor_preodolevaet_barer_v_1000_dollarov_blagodarya_GPU_NVIDIA_Tesla.html

Ответить   "2VK" Fri, 2 Nov 2012 13:27:13 +0200 (#2593304)

 

Ответы:

Что-то тут сомнительное.
GPU - это всего лишь когда видиочип берёт на себя часть вычислений
процессора (помогает немного ему, не в разы и даже не на половину, ЕМНИП)
Разве проблема секвенирования уперается в вычислительные мощности?

Ответить  
"Stas AV"
Fri, 2 Nov 2012 20:36:40 +0400 (#2593558)

 

Доброго времени суток!

Стас, ты несколько отстал от прогресса выч.техники: ГПУ в вычислениях как
минимум на 1 - 2 порядка (в 10-100 раз) производительней ЦПУ, но задача
должна хорошо быть распараллелена. На СНювс посмотри заметку о самом мощном
на сегодня суперкомпе: он собран на платах Тесла (те же видеоядра):
Царем суперкомпьютеров стал Титан
http://rnd.cnews.ru/tech/news/line/index_science.shtml?2012/11/01/508361
Не только, но и в банальные вычислительные мощности...

С уважением,
Виктор.

Original Message From: "Stas AV"
To: "science.news.bessmertie (12233874)"
Sent: Friday, November 02, 2012 6:36 PM

http://www.overclockers.ru/itnews/50397/Novyj_gennyj_sekvensor_preodolevaet_barer_v_1000_dollarov_blagodarya_GPU_NVIDIA_Tesla.html

Ответить   "2VK" Sat, 3 Nov 2012 03:13:47 +0200 (#2593795)

 

Original Message From: "2VK" <vv***@b*****.net>

Привет,
Где можно узнать про яко бы использование GPU для помощи CPU более чем в 10
раз ускоряющее ? Ссылки и тд?
Есть такая весчь как технология, сколько там транзисторов на 1 мм впихнут,
соответственно что гпу что сру сильно друг друга не опрежают так как
технология одного примерно времени.

А где ты узнал что в вычислительные мощности секвенирование упирается? Я не
специалист, но по отрывочним данным понял, что для секвенсора и современного
ноутбука хватит.

Ответить  
"Stas AV"
Sat, 3 Nov 2012 10:51:51 +0400 (#2593968)

 

Доброго времени суток!

Сложноватые вопросы для одного письма :-).
Нет, дело не только в просто технологии и расположении (плотности)
транзисторов, а тем более, что топовые видеоядра могут превосходить (и
превосходят) по кол-ву транзисторов одногодков-ЦПУ: если просто посмотреть
на структуру ГПУ, то его можно рассматривать как массив ядер, типа ЦПУ
(ПОЧТИ! НО НЕ СОВСЕМ! , и даже в самых простых видеокартах расположено 64 и
более ядра, а в топовых - может быть более 700. Ты не обратил внимание на
существенное замечание: задача должна хорошо параллелиться и быть достаточно
повторяема, только тогда и достигается преимущество ГПУ. Фирма АМД сейчас
начинает широко внедрять вообще так называемы гибридные процессоры: "смесь
ЦПУ и ГПУ", но не просто, как 2 в 1, а использующие совместные ресурсы.
Более подробно и популярно можно посмотреть и прочесть и на
http://www.overclockers.ru/ и на http://www.3dnews.ru/ : технология и
архитектура графического процессора, центрального процессора, параллельные
вычисления ну и + поисковик. О так называемых CUDA вычислениях (вычислениях
с помощью графического процессора) - на сайте
http://www.nvidia.ru/page/home.html (Россия
http://www.nvidia.ru/object/nv_search_ru.html?cx=009029091075083507105%3Awpwlcphwdeg&cof=FORID%3A11%3BNB%3A1&hl=ru&gl=ru&q=CUDA)
а
с него и на "родном". + поисковик. О альтернативной технологии (которая уже
становиться стандартом и начинает вытеснять КУДА-технологию) - Open CL
http://www.amd.com/ru/Pages/AMDHomePage.aspx
(http://search.amd.com/ru/_layouts/search/search.aspx?csquery=Open+CL&collection=all-ru)
и набрав в поисковике: выдаст от описания стандарта до архитектуры и т.д...

Материала по секвенироваю генома и методиках достаточно много. Иначе, если
что, можно просмотреть неплохую лекцию: "Генихович Г.Е - Геном и
эмбриональное развитие Лекция 2 Секвенирование генома" (была
http://www.google.com.ua/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=7&ved=0CEoQFjAG&url=http%3A%2F%2Fbioseminars.files.wordpress.com%2F2011%2F10%2Flecture-2.pdf&ei=iKSVUJrRI4bitQbC14D4Aw&usg=AFQjCNHScIG7cnbxpKo1ubADc9wS72vKzw&cad=rja)
.
Дополнительно "Технологии секвенирования третьего поколения позволят
секвенировать геном человека в течение трех минут и всего за 5000 долларов"
(
http://diakonlab.ru/vse_novosti/politicheskie_novosti/tehnologii_sekvenirovaniya_tretego_pokoleniya_pozvolyat_sekvenirovat_genom_cheloveka_v_techenie_treh_minut_i_vsego_za_5000_dolla/
). Добавить немного из этого: "Стратегия секвенирования генома"(
http://enc.sci-lib.com/article0001454.html ). "Разбавить" (куда же без Вики
:-)): "Проект <Геном человека>" (
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D1%80%D0%BE%D0%B5%D0%BA%D1%82_%C2%AB%D0%93%D0%B5%D0%BD%D0%BE%D0%BC_%D1%87%D0%B5%D0%BB%D0%BE%D0%B2%D0%B5%D0%BA%D0%B0%C2%BB
)
и вновь в общих фразах: "Ion Proton делает секвенирование генома быстрее и
дешевле" ( http://www.osp.ru/medit/2012/11/13032188.html ).
Полную технологию никто не раскроет: это и есть ноу-хао, как ты и сам
понимаешь. Мои данные: и от некоторых сотрудников (бывшие коллеги) и по
большей мере - тот же поиск в и-нете.

С уважением,
Виктор.

Original Message From: "Stas AV"
To: "science.news.bessmertie (12233874)"
Sent: Saturday, November 03, 2012 8:51 AM

Ответить   "2VK" Sun, 4 Nov 2012 01:34:04 +0200 (#2594631)

 

Original Message From: "2VK" <vv***@b*****.net>

Привет, это ты много подкинул, нужно лопатой поработать :-)
Я вчера нашёл http://www.ixbt.com/video3/cuda-2.shtml но времени тоже не
было полностью прочесть.

Ответить  
"Stas AV"
Sun, 4 Nov 2012 09:05:07 +0400 (#2594697)

 

Доброго времени суток!

Да, что-то вдруг иксобитов забыл: обидятся ;-): да, там так же есть
материалы. Огорчу тебя: не так много, как кажется на первый взгляд: уж
весьма не охотно и чаще всего поверхностно делятся инфой, так что не бойся и
смотри. Достаточно интересно и познавательно...

С уважением,
Виктор.

Original Message From: "Stas AV"
To: "science.news.bessmertie (12233874)"
Sent: Sunday, November 04, 2012 7:05 AM

Ответить   "2VK" Sun, 4 Nov 2012 18:36:58 +0200 (#2594956)

 

Здравствуйте, 2VK.
Good morning, afternoon, evening, 2VK.
Sunday, November 4, 2012
Вы писали 4 ноября 2012 г., 20:36:58:
You wrote 04.11.2012, 20:36:58:

Успокойтесь, закон Мура почти себя исчерпал.
ИМХО скоро будет переход на иные принципы.

Но я тоже не совсем понимаю какая связь между
петафлопсами и секвенированием. :)

и

--
Как же сознание прикрепляется к телу? (Аристотель)

С уважением, Кондратьев Сергей.
Sincerely yours, Kondratiev S.V.
Sunday, November 4, 2012 mailto:kon***@a*****.ru

Ответить  
S
Sun, 4 Nov 2012 22:06:40 +0400 (#2594994)

 

Доброго времени суток!

Нет, Сергей, ты слегка поторопился: применение наноторубок для новых
транзисторов (новая разработка ИБМ) отодвигает "смерть закона Мура" ;-)...

Процитирую:
"На конференции, проходившей в начале февраля этого года на острове Марко,
Флорида, Complete Genomics представила результаты успешного секвенирования
человеческого генома, которое заняло всего 8 дней и было осуществлено с
помощью одновременной работы 9 приборов. Технология секвенирования Complete
Genomics позволяет секвенировать 254 миллиарда пар оснований ДНК в геноме
человека, что является на сегодняшний день абсолютным рекордом. По словам
президента компании Клиффорда Рейда, каждое основание ДНК <прочитывается> в
среднем до 91 раз. Многократное секвенирование каждого основания позволяет
значительно снизить вероятность возможных ошибок."
"В Ion Proton используются технологии, повышающие полосу пропускания,
точность вычислений и количество блоков оснований, получаемых с помощью
секвенсора Life Technologies Ion Personal Genome Machine (PGM), в котором
также установлены графические процессоры для ускорения первичного анализа."
Вот для того подсчёта оснований и требуются большие вычислительные мощности:
задача однотипная и достаточно просто параллелиться. Ну а за тонкостями
процесса необходимо обращаться к разрабам: возможно для некоторых они слегка
поделятся деталями (я, увы, для них не представляю интереса)...

С уважением,
Виктор.

Original Message From: "S"
To: "science.news.bessmertie (12233874)"
Sent: Sunday, November 04, 2012 8:06 PM

Ответить   "2VK" Sun, 4 Nov 2012 21:16:19 +0200 (#2595019)