Доброго времени суток!

Нет, Сергей, ты слегка поторопился: применение наноторубок для новых
транзисторов (новая разработка ИБМ) отодвигает "смерть закона Мура" ;-)...

Процитирую:
"На конференции, проходившей в начале февраля этого года на острове Марко,
Флорида, Complete Genomics представила результаты успешного секвенирования
человеческого генома, которое заняло всего 8 дней и было осуществлено с
помощью одновременной работы 9 приборов. Технология секвенирования Complete
Genomics позволяет секвенировать 254 миллиарда пар оснований ДНК в геноме
человека, что является на сегодняшний день абсолютным рекордом. По словам
президента компании Клиффорда Рейда, каждое основание ДНК <прочитывается> в
среднем до 91 раз. Многократное секвенирование каждого основания позволяет
значительно снизить вероятность возможных ошибок."
"В Ion Proton используются технологии, повышающие полосу пропускания,
точность вычислений и количество блоков оснований, получаемых с помощью
секвенсора Life Technologies Ion Personal Genome Machine (PGM), в котором
также установлены графические процессоры для ускорения первичного анализа."
Вот для того подсчёта оснований и требуются большие вычислительные мощности:
задача однотипная и достаточно просто параллелиться. Ну а за тонкостями
процесса необходимо обращаться к разрабам: возможно для некоторых они слегка
поделятся деталями (я, увы, для них не представляю интереса)...

С уважением,
Виктор.

Original Message From: "S"
To: "science.news.bessmertie (12233874)"
Sent: Sunday, November 04, 2012 8:06 PM
Subject: Re: Давно ожидаемый прорыв :-)

> Здравствуйте, 2VK.
> Вы писали 4 ноября 2012 г., 20:36:58:
>
> Успокойтесь, закон Мура почти себя исчерпал.
> ИМХО скоро будет переход на иные принципы.
>
> Но я тоже не совсем понимаю какая связь между
> петафлопсами и секвенированием. :)
>
>
> 2> Доброго времени суток!
>
> 2> Да, что-то вдруг иксобитов забыл: обидятся ;-): да, там так же есть
> 2> материалы. Огорчу тебя: не так много, как кажется на первый взгляд: уж
> 2> весьма не охотно и чаще всего поверхностно делятся инфой, так что не
> бойся
> 2> и смотри.
> 2>
> 2> Original Message > 2> From: "Stas AV"
> 2> To: "science.news.bessmertie (12233874)"
> 2> Sent: Sunday, November 04, 2012 7:05 AM
> 2> Subject: Re: Давно ожидаемый прорыв :-)
>
>
>>> Original Message >>> From: "2VK"
>>>
>>> Привет, это ты много подкинул, нужно лопатой поработать :-)
>>> Я вчера нашёл http://www.ixbt.com/video3/cuda-2.shtml но времени тоже
>>> не
>>> было полностью прочесть.
>
> С уважением, Кондратьев Сергей.

Sunday, November 4, 2012
Здравствуйте, science.
Good morning, afternoon, evening, science.

http://science.compulenta.ru/718775/
http://www.urmc.rochester.edu/news/story/index.cfm?id=3669

Как заставить стволовые клетки долго делиться


Как заставить стволовые клетки долго делиться
02 ноября 2012 года, 18:43 | Текст: Кирилл Стасевич |

Одна из главных проблем в лечении стволовыми клетками -- их недостаточное количество.
Теоретически они могут заменить любую повреждённую ткань на здоровую, но их нужно
много. Между тем до сих пор никому не удавалось <<уговорить>> эти клетки делиться
столько, сколько нужно. Кажется, решить эту проблему впервые смогли учёные из
Медицинского центра Университета Рочестера (США). По крайней мере в отношении
популяции стволовых клеток нервной ткани.

Астроциты (зелёные) и олигодендроциты (красные), выращенные из стволовых клеток-предшественниц
(фото wellcome images).

В нашем мозгу живёт довольно много так называемых предшественников глиальных
клеток, которые дают начало разным типам клеток нейроглии. Одни из них, олигодендроциты,
формируют вокруг нейронных отростков миелиновую оболочку, без которой нейрон
просто не сможет работать, другие, астроциты, работают для нейронов и тех же
олигодендроцитов кем-то вроде нянек, обеспечивая им питание и стабильные условия
жизни. Со стволовыми клетками нейроглии связываются большие надежды: они могли
бы, например, помочь восстановить миелиновую оболочку, повреждённую из-за рассеянного
склероза. И, казалось бы, чего проще: пересади больному эти стволовые клетки
-- и пусть себе размножаются.

Однако даже в лабораторных условиях не удаётся получить достаточное количество
этих клеток: они очень быстро перестают делиться, так что <<пригодных к употреблению>>
миелинизирующих олигодендроцитов получается слишком мало. Учёным удалось преодолеть
этот барьер, выведав детали сложной цепочки молекулярных взаимодействий, от которой
зависит размножение стволовой клетки. Одним из ключевых игроков тут оказался
белок бета-катенин, который участвует в формировании межклеточных контактов.
Активность бета-катенина зависит от фермента киназы GSK3B (glycogen synthase
kinase 3 beta). Киназа вешает на бета-катенин остаток фосфорной кислоты, после
чего фосфорилированный белок отправляется в утиль. Однако во время интенсивного
клеточного размножения белку удаётся избежать фосфорилирования, и он отправляется
в ядро клетки, где включает программу деления.

Задачей учёных было так подействовать на этот механизм, чтобы клетки продолжали
делиться столько, сколько нужно, однако чтобы не сорвались при этом с цепи и
не превратились в бесконтрольно делящиеся раковые клетки. В этом помог рецепторный
белок, называемый фосфатазой PTPRZ1 (protein tyrosine phosphatase beta/zeta).
Про этот фермент известно давно, он в больших количествах присутствует в предшественниках
глиальных клеток, но его функция оставалась невыясненной. В течение шести лет
исследователи пытались понять его роль в клетке -- и наконец-то выяснили её.
PTPRZ1 работает в паре с GSK3B и помогает сортировать бета-катенины: кого --
в ядро, кого -- на расщепление. Удалось также найти регулятор самой фосфатазы
PTPRZ1: им оказался один из белков-плейотрофинов. Регулируя уровень плейотрофина,
можно было усилить или ослабить деление стволовых клеток нейроглии.

То есть теперь наука знает, как можно со стороны подействовать на сигнальную
биохимическую цепь, не нарушая её целостности, не разрывая её звеньев. Хотя эксперименты
ставились только с натуральными предшественниками стволовых клеток глии человека,
авторы считают, что такой же механизм сработает и с эмбриональными стволовыми
клетками, и с индуцированными плюрипотентными. Если это действительно так, то
в руках у врачей может оказаться мощный метод, позволяющий получать столько стволовых
клеток, сколько требуется, чтобы заменить больную ткань -- и даже больше.

Статья с результатами исследований готовится к выходу в Journal of Neuroscience.

Подготовлено по материалам Медицинского центра Университета Рочестера.

Здравствуйте, 2VK.
Good morning, afternoon, evening, 2VK.
Sunday, November 4, 2012
Вы писали 4 ноября 2012 г., 20:36:58:
You wrote 04.11.2012, 20:36:58:

Успокойтесь, закон Мура почти себя исчерпал.
ИМХО скоро будет переход на иные принципы.

Но я тоже не совсем понимаю какая связь между
петафлопсами и секвенированием. :)

2> Доброго времени суток!

2> Да, что-то вдруг иксобитов забыл: обидятся ;-): да, там так же есть
2> материалы. Огорчу тебя: не так много, как кажется на первый взгляд: уж
2> весьма не охотно и чаще всего поверхностно делятся инфой, так что не бойся
и
2> смотри. Достаточно интересно и познавательно...

2> С уважением,
2> Виктор.

2> Original Message 2> From: "Stas AV"
2> To: "science.news.bessmertie (12233874)"
2> Sent: Sunday, November 04, 2012 7:05 AM
2> Subject: Re: Давно ожидаемый прорыв :-)

>> Original Message >> From: "2VK"
>>
>> Привет, это ты много подкинул, нужно лопатой поработать :-)
>> Я вчера нашёл http://www.ixbt.com/video3/cuda-2.shtml но времени тоже не
>> было полностью прочесть.

--
Как же сознание прикрепляется к телу? (Аристотель)

С уважением, Кондратьев Сергей.
Sincerely yours, Kondratiev S.V.
Sunday, November 4, 2012 mailto:kon***@a*****.ru

Доброго времени суток!

Да, что-то вдруг иксобитов забыл: обидятся ;-): да, там так же есть
материалы. Огорчу тебя: не так много, как кажется на первый взгляд: уж
весьма не охотно и чаще всего поверхностно делятся инфой, так что не бойся и
смотри. Достаточно интересно и познавательно...

С уважением,
Виктор.

Original Message From: "Stas AV"
To: "science.news.bessmertie (12233874)"
Sent: Sunday, November 04, 2012 7:05 AM
Subject: Re: Давно ожидаемый прорыв :-)

> Original Message > From: "2VK"
>
> Привет, это ты много подкинул, нужно лопатой поработать :-)
> Я вчера нашёл http://www.ixbt.com/video3/cuda-2.shtml но времени тоже не
> было полностью прочесть.

Original Message From: "2VK" <vv***@b*****.net>

Привет, это ты много подкинул, нужно лопатой поработать :-)
Я вчера нашёл http://www.ixbt.com/video3/cuda-2.shtml но времени тоже не
было полностью прочесть.

> Доброго времени суток!
>
> Сложноватые вопросы для одного письма :-).
> Нет, дело не только в просто технологии и расположении (плотности)
> транзисторов, а тем более, что топовые видеоядра могут превосходить (и
> превосходят) по кол-ву транзисторов одногодков-ЦПУ: если просто посмотреть
> на структуру ГПУ, то его можно рассматривать как массив ядер, типа ЦПУ
> (ПОЧТИ! НО НЕ СОВСЕМ! , и даже в самых простых видеокартах расположено 64
> и
> более ядра, а в топовых - может быть более 700. Ты не обратил внимание на
> существенное замечание: задача должна хорошо параллелиться и быть
> достаточно
> повторяема, только тогда и достигается преимущество ГПУ. Фирма АМД сейчас
> начинает широко внедрять вообще так называемы гибридные процессоры: "смесь
> ЦПУ и ГПУ", но не просто, как 2 в 1, а использующие совместные ресурсы.
> Более подробно и популярно можно посмотреть и прочесть и на
> http://www.overclockers.ru/ и на http://www.3dnews.ru/ : технология и
> архитектура графического процессора, центрального процессора, параллельные
> вычисления ну и + поисковик. О так называемых CUDA вычислениях
> (вычислениях
> с помощью графического процессора) - на сайте
> http://www.nvidia.ru/page/home.html (Россия
> http://www.nvidia.ru/object/nv_search_ru.html?cx=009029091075083507105%3Awpwlcphwdeg&cof=FORID%3A11%3BNB%3A1&hl=ru&gl=ru&q=CUDA)
> а
> с него и на "родном". + поисковик. О альтернативной технологии (которая
> уже
> становиться стандартом и начинает вытеснять КУДА-технологию) - Open CL
> http://www.amd.com/ru/Pages/AMDHomePage.aspx
> (http://search.amd.com/ru/_layouts/search/search.aspx?csquery=Open+CL&collection=all-ru)
> и набрав в поисковике: выдаст от описания стандарта до архитектуры и
> т.д...
>
> Материала по секвенироваю генома и методиках достаточно много. Иначе, если
> что, можно просмотреть неплохую лекцию: "Генихович Г.Е - Геном и
> эмбриональное развитие Лекция 2 Секвенирование генома" (была
> http://www.google.com.ua/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=7&ved=0CEoQFjAG&url=http%3A%2F%2Fbioseminars.files.wordpress.com%2F2011%2F10%2Flecture-2.pdf&ei=iKSVUJrRI4bitQbC14D4Aw&usg=AFQjCNHScIG7cnbxpKo1ubADc9wS72vKzw&cad=rja)
> .
> Дополнительно "Технологии секвенирования третьего поколения позволят
> секвенировать геном человека в течение трех минут и всего за 5000
> долларов"
> (
> http://diakonlab.ru/vse_novosti/politicheskie_novosti/tehnologii_sekvenirovaniya_tretego_pokoleniya_pozvolyat_sekvenirovat_genom_cheloveka_v_techenie_treh_minut_i_vsego_za_5000_dolla/
> ). Добавить немного из этого: "Стратегия секвенирования генома"(
> http://enc.sci-lib.com/article0001454.html ). "Разбавить" (куда же без
> Вики
> :-)): "Проект <Геном человека>" (
> http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D1%80%D0%BE%D0%B5%D0%BA%D1%82_%C2%AB%D0%93%D0%B5%D0%BD%D0%BE%D0%BC_%D1%87%D0%B5%D0%BB%D0%BE%D0%B2%D0%B5%D0%BA%D0%B0%C2%BB
> )
> и вновь в общих фразах: "Ion Proton делает секвенирование генома быстрее и
> дешевле" ( http://www.osp.ru/medit/2012/11/13032188.html ).
> Полную технологию никто не раскроет: это и есть ноу-хао, как ты и сам
> понимаешь. Мои данные: и от некоторых сотрудников (бывшие коллеги) и по
> большей мере - тот же поиск в и-нете.
>
> С уважением,
> Виктор.
>
> Original Message > From: "Stas AV"
> To: "science.news.bessmertie (12233874)"
> Sent: Saturday, November 03, 2012 8:51 AM
> Subject: Re: Давно ожидаемый прорыв :-)
>
>
>> Original Message >>
>>
>>> Стас, ты несколько отстал от прогресса выч.техники: ГПУ в вычислениях
>>> как
>>> минимум на 1 - 2 порядка (в 10-100 раз) производительней ЦПУ
>>
>> Привет,
>> Где можно узнать про яко бы использование GPU для помощи CPU более чем в
>> 10
>> раз ускоряющее ? Ссылки и тд?
>> Есть такая весчь как технология, сколько там транзисторов на 1 мм
>> впихнут,
>> соответственно что гпу что сру сильно друг друга не опрежают так как
>> технология одного примерно времени.
>>
>>
>>> Не только, но и в банальные вычислительные мощности...
>>
>> А где ты узнал что в вычислительные мощности секвенирование упирается? Я
>> не
>> специалист, но по отрывочним данным понял, что для секвенсора и
>> современного
>> ноутбука хватит.
>> --
>> С уважением, Станислав.
>>
>>>
>>> С уважением,
>>> Виктор.
>>>
>>> Original Message >>> From: "Stas AV"
>>> To: "science.news.bessmertie (12233874)"
>>> Sent: Friday, November 02, 2012 6:36 PM
>>> Subject: Re: Давно ожидаемый прорыв :-)
>>>
>>>
>>>> Что-то тут сомнительное.
>>>> GPU - это всего лишь когда видиочип берёт на себя часть вычислений
>>>> процессора (помогает немного ему, не в разы и даже не на половину,
>>>> ЕМНИП)
>>>> Разве проблема секвенирования уперается в вычислительные мощности?
>>>> --
>>>> С уважением, Станислав.
>>>>
>>>>> Новый генный секвенсор преодолевает барьер в 1000 долларов благодаря
>>>>> GPU
>>>>> NVIDIA Tesla
>>>>>
>>> http://www.overclockers.ru/itnews/50397/Novyj_gennyj_sekvensor_preodolevaet_barer_v_1000_dollarov_blagodarya_GPU_NVIDIA_Tesla.html
>
> --
> Дискуссионный лист сайта Bessmertie.Ru
>
>

Доброго времени суток!

Сложноватые вопросы для одного письма :-).
Нет, дело не только в просто технологии и расположении (плотности)
транзисторов, а тем более, что топовые видеоядра могут превосходить (и
превосходят) по кол-ву транзисторов одногодков-ЦПУ: если просто посмотреть
на структуру ГПУ, то его можно рассматривать как массив ядер, типа ЦПУ
(ПОЧТИ! НО НЕ СОВСЕМ! , и даже в самых простых видеокартах расположено 64 и
более ядра, а в топовых - может быть более 700. Ты не обратил внимание на
существенное замечание: задача должна хорошо параллелиться и быть достаточно
повторяема, только тогда и достигается преимущество ГПУ. Фирма АМД сейчас
начинает широко внедрять вообще так называемы гибридные процессоры: "смесь
ЦПУ и ГПУ", но не просто, как 2 в 1, а использующие совместные ресурсы.
Более подробно и популярно можно посмотреть и прочесть и на
http://www.overclockers.ru/ и на http://www.3dnews.ru/ : технология и
архитектура графического процессора, центрального процессора, параллельные
вычисления ну и + поисковик. О так называемых CUDA вычислениях (вычислениях
с помощью графического процессора) - на сайте
http://www.nvidia.ru/page/home.html (Россия
http://www.nvidia.ru/object/nv_search_ru.html?cx=009029091075083507105%3Awpwlcphwdeg&cof=FORID%3A11%3BNB%3A1&hl=ru&gl=ru&q=CUDA)
а
с него и на "родном". + поисковик. О альтернативной технологии (которая уже
становиться стандартом и начинает вытеснять КУДА-технологию) - Open CL
http://www.amd.com/ru/Pages/AMDHomePage.aspx
(http://search.amd.com/ru/_layouts/search/search.aspx?csquery=Open+CL&collection=all-ru)
и набрав в поисковике: выдаст от описания стандарта до архитектуры и т.д...

Материала по секвенироваю генома и методиках достаточно много. Иначе, если
что, можно просмотреть неплохую лекцию: "Генихович Г.Е - Геном и
эмбриональное развитие Лекция 2 Секвенирование генома" (была
http://www.google.com.ua/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=7&ved=0CEoQFjAG&url=http%3A%2F%2Fbioseminars.files.wordpress.com%2F2011%2F10%2Flecture-2.pdf&ei=iKSVUJrRI4bitQbC14D4Aw&usg=AFQjCNHScIG7cnbxpKo1ubADc9wS72vKzw&cad=rja)
.
Дополнительно "Технологии секвенирования третьего поколения позволят
секвенировать геном человека в течение трех минут и всего за 5000 долларов"
(
http://diakonlab.ru/vse_novosti/politicheskie_novosti/tehnologii_sekvenirovaniya_tretego_pokoleniya_pozvolyat_sekvenirovat_genom_cheloveka_v_techenie_treh_minut_i_vsego_za_5000_dolla/
). Добавить немного из этого: "Стратегия секвенирования генома"(
http://enc.sci-lib.com/article0001454.html ). "Разбавить" (куда же без Вики
:-)): "Проект <Геном человека>" (
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D1%80%D0%BE%D0%B5%D0%BA%D1%82_%C2%AB%D0%93%D0%B5%D0%BD%D0%BE%D0%BC_%D1%87%D0%B5%D0%BB%D0%BE%D0%B2%D0%B5%D0%BA%D0%B0%C2%BB
)
и вновь в общих фразах: "Ion Proton делает секвенирование генома быстрее и
дешевле" ( http://www.osp.ru/medit/2012/11/13032188.html ).
Полную технологию никто не раскроет: это и есть ноу-хао, как ты и сам
понимаешь. Мои данные: и от некоторых сотрудников (бывшие коллеги) и по
большей мере - тот же поиск в и-нете.

С уважением,
Виктор.

Original Message From: "Stas AV"
To: "science.news.bessmertie (12233874)"
Sent: Saturday, November 03, 2012 8:51 AM
Subject: Re: Давно ожидаемый прорыв :-)

> Original Message >
>
>> Стас, ты несколько отстал от прогресса выч.техники: ГПУ в вычислениях как
>> минимум на 1 - 2 порядка (в 10-100 раз) производительней ЦПУ
>
> Привет,
> Где можно узнать про яко бы использование GPU для помощи CPU более чем в
> 10
> раз ускоряющее ? Ссылки и тд?
> Есть такая весчь как технология, сколько там транзисторов на 1 мм впихнут,
> соответственно что гпу что сру сильно друг друга не опрежают так как
> технология одного примерно времени.
>
>
>> Не только, но и в банальные вычислительные мощности...
>
> А где ты узнал что в вычислительные мощности секвенирование упирается? Я
> не
> специалист, но по отрывочним данным понял, что для секвенсора и
> современного
> ноутбука хватит.
> --
> С уважением, Станислав.
>
>>
>> С уважением,
>> Виктор.
>>
>> Original Message >> From: "Stas AV"
>> To: "science.news.bessmertie (12233874)"
>> Sent: Friday, November 02, 2012 6:36 PM
>> Subject: Re: Давно ожидаемый прорыв :-)
>>
>>
>>> Что-то тут сомнительное.
>>> GPU - это всего лишь когда видиочип берёт на себя часть вычислений
>>> процессора (помогает немного ему, не в разы и даже не на половину,
>>> ЕМНИП)
>>> Разве проблема секвенирования уперается в вычислительные мощности?
>>> --
>>> С уважением, Станислав.
>>>
>>>> Новый генный секвенсор преодолевает барьер в 1000 долларов благодаря
>>>> GPU
>>>> NVIDIA Tesla
>>>>
>> http://www.overclockers.ru/itnews/50397/Novyj_gennyj_sekvensor_preodolevaet_barer_v_1000_dollarov_blagodarya_GPU_NVIDIA_Tesla.html