12 мая 2000 года назначен премьер-министром республики. Маргарян установил своеобразный рекорд по длительности пребывания на посту премьера в Третьей Республике /после провозглашения независимости Армении/, бессменно занимав эту должность почти 7 лет.
К очередным парламентским выборам /предстоят 12 мая/ возглавил предвыборный партийный список РПА.
В октябре 1999 года в Ереване перенес хирургическую операцию по аорто-коронарному шунтированию. После этого неоднократно госпитализировался в Ереване и за границей в связи с проблемами сердечно-сосудистой системы. 5 февраля 2005 года в Париже подвергся хирургической операции по удалению варикозной вены, в июне прошлого года перенес новую операцию на ноге.
У него остались вдова, трое детей и пять внуков, передает ИТАР-ТАСС.
бессменно занимая эту должность почти 7 лет.
Это третий случай, когда глава правительства Армении уходит из жизни, находясь на посту премьера. 28 ноября 1976 года от инфаркта умер Председатель Совета Министров Армянской ССР Григорий Арзуманян. 27 октября 1999 года премьер-министр республики Вазген Саркисян был убит в результате теракта в здании парламента страны.