Создана быстродействующая программа (600 000 структур в день), которая показывает схемы вторичных структур белков в виде "код-10" (10 разных цветов).
Фрактальная спираль Кушелева.
Сверхдлинная альфа-спираль.
Фрактальная спираль с периодом 12.
Сверхдлинная пи-спираль
Белок содержит сверхдлинную пролиновую спираль.
Фрактальная спираль, состоящая из участков альа-(красный), 310-(оранжевый) и пи-(синий) спиральных участков.
Гигантская альфа-спираль
Гигантская фрактальная спираль с периодом 11
Белок с фрактальными спиралями, имеющими разные периоды.
Как же создавалась эта версия программы Binary_SS?
16:09 Александр Кушелев: Если по алгоритму код-10 будут вопросы, сразу задавайте, чтобы время не терять
16:10 Роман: Окей. Я на следующей неделе им займусь, сегодня уже не у компа. Ближе к выходным, четверг-пятница, сяду его делать
16:11 Александр Кушелев: Отлично!
11 June 2024 14:41 Александр Кушелев: Здравствуйте, Роман!
Я тут заметил один нюанс...
Картинки сохраняются в формате jpg. И превьюшки получаются с артефактами сжатия JPG, которые мне мешают. Есть варианты сохранения картинок в формате png или gif ? Ну или в любом формате без сжатия?
14:47 Роман: Здравствуйте, Александр!
Да, можно в другом формате сделать. Попробую png использовать
14:58 Александр Кушелев: Спасибо!
14 June 2024 17:41 Роман: Здравствуйте, Александр!
Делаю алгоритм получения кода-9 из кода-4. Хотелось бы понять, насколько правильный рзультат получается.
Будем рассматривать на примере папки 00001
Т.е. рассматриваем файл ECI1_YEAST.fasta
Вот такие результаты у меня получаются
опираясь вот на этот алгоритм
хотелось бы узнать, насколько это корректные результаты
18:29 Александр Кушелев: А в цветном виде их можно увидеть? Тогда проще будет, чем цифры разглядывать...
20:23 Роман:
20:32 Александр Кушелев: На первый взгляд всё ОК! Сейчас посмотрю внимательнее...
Я обвёл черным участки спирали, где оранжевый превратился в красный. Этого быть не должно. Оранжевый всегда должен оставаться оранжевым.
Правильно будет так. Остальное даже луче, чем было :) Короче, оранжевый не должен меняться ни при каких условиях.
15 June 2024 11:57 Роман: Внес правки, сейчас покажу, какие результаты получились
12:01 Александр Кушелев: Замечательно! Присылайте на тестирование программу.
12:07 Роман: Сейчас пришлю
12:09 Александр Кушелев: Благодарю!
Доберусь до компа через минут 40 и буду тестировать "по полной программе" :)
12:13 Роман: Binary_SS.rar 15.3 MB
Новая версия программы с возможностью создания графики для кода-9
13:22 Александр Кушелев: Благодарю! Вроде всё идеально. Следующая задача на очереди - полномасштабное цветное представление, как в этом файле:
08:28 Александр, еще хочу Вас попросить кое о чем. Можете написать отзыв о моей работе на форуме, где мы списались около полугода назад? У меня там есть тема в разделе "фриланс" и хорошие отзывы мне там помогают, потенциальные заказчики их видят и уровень доверия к исполнителю растет.
Было бы неплохо, если бы Вы описали насколько довольны работой со мной, написали бы кратко, что мы делаем/сделали, какой язык используется. Можно с небольшим раскрытием предметной области, касательно белков и все такое.
Если Вас не затруднит конечно. Был бы признателен.
10:36 Роман: Окей. Да, там можно ссылки будет прикрепить, можно будет на несколько частей рассылки, которые касаются Binary_SS добавить
10:46 Кушелев: С Романом мы впервые начали работать в середине декабря 2023 года, когда я создал тему на данном форуме и он на нее откликнулся. Работа до сих пор продолжается, но уже есть ряд задач, которые были решены.
Кратко о том, что мы делаем: разрабатываем программу Binary_SS на языке C++ с использованием библиотеки OpenCV.
Из того, что уже было сделано:
- расчет корреляции между структурами белков, полученными с помощью РСА и таблицы 3D генетического кода;
- построение символьной псевдографики по коду-4;
- построение цветных изображений компактных структур белков по файлам FASTA;
Работой с Романом доволен. Будем работать и дальше.
12:01 Александр Кушелев: Так сойдёт?
12:08 Роман: Да, отлично! Благодарю, Александр!
Продолжение следует...
Приглашение к сотрудничеству
На базе научного открытия нами создан онлайн-сервис по определению структуры белковых молекул. Теперь мы сможем зарабатывать вместе.
По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллиард раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру.
Наш лозунг: "В 1000 раз лучше, в 1000^3 быстрее и в 1000 раз дешевле!"
Ваша задача заключается в размещении рекламы на онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволила на одном персональном компьютере за неделю определить структуры всех 115 000 белков человека, для которых известна нуклеотидная кодирующая последовательность. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллиард раз по быстродействию и в 30 раз шире по номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы.
Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не предел.
Инвестирование научных проектов
Приглашаем инвесторов и меценатов.
Как продвинуть цивилизацию на новый уровень своего развития и получить при этом огромные прибыли?
- Вложить деньги в научные разработки.
Новейшие виды экологически чистых и мощных источников энергии, средство для продления жизни, высокие технологии.
Все это реально создать в ближайший год-два при наличии достаточного финансирования.
Готовые коммерческие продукты
1. Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY
2. Сверхдобротные одномодовые диэлектрические резонаторы в т.ч. с большим диапазоном перестройки
3. Станки для производства высокодобротных одномодовых резонаторов
4. Технология изготовления сапфировых линз
5. Магнитный тороидально-сферический конструктор
Проекты
01 Ruby Emdrive (Микроволновый двигатель без реактивной струи)
02 Ruby Power Source (Микроволновый источник энергии)
03 Средство продления жизни (Возвращение молодости)
04 Октаэдрический редуктор
05 Шестеренчатая передача Кушелева
06 Магнитный подвес-стыковка-герметизация модулей
07 Ионно-микроволновый фрактальный излучатель
08 Гибкий отражатель из жестких элементов
09 Энциклопедия "Наномир"
10 Экспертиза
11 Конструктивные компьютерные игры
12 Интеллектуальный кодовый замок
13 Очки кругового обзора
14 Тетраэдрический сканер
15 Программируемая архитектура
16 Источник энергии промышленной частоты
17 Источник энергии постоянного тока
18 Монокристаллическая видеокамера
19 Система определения активных участков белка
20 Тераваттный лазер непрерывного действия
21 Бактериальный синтез алмазов
22 Шестеренчатые передачи с тремя степенями свободы
23 Сверхсветовая связь
24 Безосевая шестеренчатая передача
25 Aктивный язык программирования
26 Телевидение миллиметрового и оптического диапазонов
27 Микроволновая архитектура
28 Компьютерный экран из автономных элементов
29 Чтение / запись ДНК
30 Сверхсветовая локация / зрение
31 Нейтрализатор акустического сигнала
Коммерческое предложение:
Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.
Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).
В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.
Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.
Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структуре Вашего белка.
Сотрудничество может быть различным:
- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)
- совместное создание коммерческого продукта
- поиск инвесторов
- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов
- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир
- содействие в проведении экспериментов и т.п.
- написание совместных научных статей и т.п.
- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)
Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.
