Выпуск 965 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны, уходят в тень и  меркнут чудеса ... Выпуск 921 (оглавление 965 выпусков рассылки) можно посмотреть здесь.  Совершенствуем 2D версию программы Пикотех [19:42, 23.01.2023] Валентин: Саша, привет! А скажи пожалуйста, что там за профессор в последней рассылке у тебя по теме статей. Он и правда профессор? Имеет ученую докторскую степень ? У него есть свои статьи ? Где работает ? Или это просто кличка такая "профессор" для чата? [19:43, 23.01.2023] Александр Кушелев: Считай, что кличка. [19:43, 23.01.2023] Валентин: А по факту ? Никакой он не ученый ? [19:44, 23.01.2023] Александр Кушелев: Инвестор сказал, что профессор не разрешал его фамилию и др. данные разглашать. Работает с инвестором по договору. У него более 50 статей в рецензируемых журналах. Обещал инвестору через 2 месяца послать статью в престижный журнал. [19:46, 23.01.2023] Валентин: А в какой научной области он работает ? [19:46, 23.01.2023] Александр Кушелев: Я не спрашивал. Но в молекулярной и структурной биологии разбирается однозначно. Вопрсы по делу задаёт. Я Дарью предупредил, что время пошло.  Через 2 месяца её статьи изменят нумерацию. Она уже 3.5 года готовится начать. Пора бы уже... [19:47, 23.01.2023] Валентин: ясно. И предполагаешь статью что бы  сделал по той теме, что в этой рассылке ты озвучил с анимацией? [19:48, 23.01.2023] Александр Кушелев: Он сам решит, с чего начать. Я буду в следующих рассылках публиковать работу по подготовке статей. [19:49, 23.01.2023] Валентин: Буду смотреть, хотя я и так сохраняю все рассылки и просматриваю естественно. А по теме "молодость" он будет что либо писать ? Кушелев: Если будет возможность ему заплатить, то после цикла статей по пикотехнологии можно будет попросить его и на другие темы статьи написать. [19:50, 23.01.2023] Александр Кушелев: Замечательно. Хорошо бы архив доделать и поправить иллюстрации. А ещё круче было бы сделать 3D модуль программы Пикотех. Но что-то мы на 4 тройках координат застряли... [19:51, 23.01.2023] Валентин: 3D - ждем инвестора. Ты же сам написал. [19:53, 23.01.2023] Александр Кушелев: Кстати, у меня появилась идея начать с упрощённого 3D модуля. Смысл в том, чтобы каждую аминокислоту снова обозначить, например, треугольником или тетраэдром. И усовершенствовать алгоритм из "скрипта Кушелева" добавлением вращений по второй и третьей оси. А углы можно будет брать из моделей, собранных из суставно-стержневого конструктора. Может я попробую дописать "скрипт Кушелева". Там же всё как бы совсем просто.  Было "смещение+поворот", а будет "смещение+3 поворота". На входе 3D генетический код, а на выходе - 3D модель. А позже уже можно будет детализировать до атомов, чтобы выводить PDB-файл. [19:56, 23.01.2023] Валентин: попробуй [19:57, 23.01.2023] Александр Кушелев: Надо с простого начинать. Хотя программа, где виден процесс построения модели по шагам конечно ускорила бы настройку углов. Руками из колец долго делать и неточно. Из проволочек быстрее и точнее. А виртуальную модель можно было бы собирать ещё быстрее и ещё точнее. Но для этого нужно программу писать. А это у нас с тобой что-то не получается даже на уровне 4 точек. [20:05, 23.01.2023] Валентин: Ты на ходу придумывал. Координаты не знал. Приходилось все вычислять за тебя. А ещё при этом ты консультировался с Дарьей. В итоге принято решение, что сначала Дарья пишет статьи, а потом появляется по этим статьям программа. Это правильно. [20:06, 23.01.2023] Александр Кушелев: Если бы это было правильно, то программы Пикотех 2D ещё не было бы. А она уже круче РСА и ЯМР, т.к. лучше правильная вторичная структура, чем неправильная третичная :) [20:07, 23.01.2023] Валентин: 2Д ты так и не довел до ума. Картинки, которые понимаешь только ты. [20:07, 23.01.2023] Александр Кушелев: Так есть же шпаргалка: И каждый структурный биолог поймёт, что красный - это альфа-спираль, синий - пи-спираль, зелёный - бета, а оранжевый - 310-спираль [20:13, 23.01.2023] Валентин: Вот и я говорю. 2Д у тебя не доделано. Есть программа. Она делает картинки. Есть шпаргалка. И все. Можно забыть. [20:14, 23.01.2023] Александр Кушелев: Структурные биологи легко читают схемы вторичных структур. [20:15, 23.01.2023] Валентин: за все время НИ РАЗУ не видел как они читают и уж точно ни разу не видел статей со ссылками на 2Д от этих структурных биолохов. [20:16, 23.01.2023] Александр Кушелев: Ты просто не ходил в базу белковых структур. [20:18, 23.01.2023] Валентин: ну да. как обычно ответил. ... а в Киеве дядька. [20:33, 23.01.2023] Александр Кушелев: Вот пример аминокислотной последовательности из базы данных. По ней можно найти нуклеотидную последовательность. По ней можно найти научную статью. [20:43, 23.01.2023] Валентин: И ? Где в этой статье 2Д Кушелева? [20:48, 23.01.2023] Александр Кушелев: Вот пример сайта, где показана вторичная структура. [20:49, 23.01.2023] Валентин: допустим. [20:52, 23.01.2023] Александр Кушелев: Те, кто работают со вторичными структурами типа этой. [20:53, 23.01.2023] Валентин: и дальше ? [20:54, 23.01.2023] Александр Кушелев: Легко могут понять и эту схему: Им как раз достаточно шпаргалки, где каждая спираль обозначена своим цветом. И аминокислотный код (обозначение аминокислот) они знают. [20:55, 23.01.2023] Валентин: Но где связь? Где статьи, в которых связаны те твои легкопонимающие ученые с их структурами и 2Д-Кушелева ? [20:56, 23.01.2023] Александр Кушелев: Просто им не хочется брать на себя ответственность за результаты работы на основе наших данных. Поэтому они и ждут, когда будет научная статья и указание сверху: "Работать по этим схемам" [20:56, 23.01.2023] Валентин: Где видно, что у тебя полезная для них пограмма ? Кто про это написал статьи с исследованиями ? [20:56, 23.01.2023] Александр Кушелев: А статьи как раз пишет Дарья и Профессор. Теперь уже наперегонки ;) [20:56, 23.01.2023] Валентин: ОТГОВОРКИ твои. А все потому что 2Д у тебя не доделан тобой. Всех посылаешь шпаргалки смотреть. [20:57, 23.01.2023] Александр Кушелев: Если Дарья успеет за 2 месяца дописать (я ещё ни одной строчки не видел), значит её статья будет под номером 1. Если Профессор успеет написать первым, то его статья будет под номером 1. Вот и вся разница :) [20:58, 23.01.2023] Валентин: НО 2Д существует уже 10 лет. ТЫ ничего не сделал. Только картинки клепаешь. [20:58, 23.01.2023] Александр Кушелев: Программа 2D как раз доделана и доведена до совершенства. Остались технические проблемы, т.е. для облегчения работы и экономии времени. А визуализация схемы вторичной структуры доделана полностью. [20:58, 23.01.2023] Валентин: Так что сделай 2Д рабочей. [20:59, 23.01.2023] Александр Кушелев: Схема вторичной структуры (картинка) это и есть результат, если ты не в курсе. [20:59, 23.01.2023] Валентин: Сделай инструмент, а не набор картинок со шпаргалкой. [20:59, 23.01.2023] Александр Кушелев: Другое дело, что им пользоваться будут только после того, как увидят печать: "Одобрено NCBI". [20:59, 23.01.2023] Валентин: Это еще не результат. [21:00, 23.01.2023] Александр Кушелев: Результат. Но без печати. А печать будет после публикации статей. Так что я не знаю, чего Дарья тормозит. Ещё пару месяцев, и её статья пойдёт уже не под номером 1. 3.5 года начинать одну статью - это   не есть здОрово. [21:01, 23.01.2023] Валентин: все молчу ) [21:04, 23.01.2023] Александр Кушелев: А ты можешь дописать программу CDS, чтобы она раскладывала фасты по 1000 штук в отдельные папки? А программа "fasta" чтобы брала фасты из этих папок и раскладывала результаты тоже в отдельные папки по 1000 штук? Пока я этим занимаюсь вручную, что очень муторно. [21:04, 23.01.2023] Валентин: Наверное могу. [21:05, 23.01.2023] Александр Кушелев: И очень актуально сделать вариант программ .exe, чтобы они работали на любом компе без установки матлаба. А если они ещё и быстрее будут работать, то вообще классно будет. Есть и ещё одна идея, как увеличить информативность картинки. Сегодняшняя версия выдаёт символ P (пролин) на жёлтом фоне.  При этом нет информации о том, под каким кодом идёт пролин. А хорошо бы закрасить углы соответствующим цветом. Сейчас нарисую, как было бы идеально... [21:13, 23.01.2023] Валентин: )) как в песне "мой друг художник и поэт..."   [21:17, 23.01.2023] Валентин: надо подумать [21:18, 23.01.2023] Александр Кушелев: Если уголки желтого прямоугольника подкрашивать квадратиками где-то 3*3 пикселя, то будет понятно, с каким кодом идёт пролин. Если с кодом cca, значит зелёные уголки. Если ccg, значит оранжевые, если  ccc, значит красные, если cct, значит голубые. В этом случае 3D генетический код пролина не будет теряться в этом компактном представлении вторичной структуры. Хотя может лучше будет смотреться один цветной квадратик:   [21:26, 23.01.2023] Валентин: надо думать [21:29, 23.01.2023] Александр Кушелев: Похоже, что лучше сам символ подкрашивать: [21:29, 23.01.2023] Валентин: Это легче. [21:29, 23.01.2023] Александр Кушелев: На жёлтом фоне хорошо будут смотреться и красный, и оранжевый, и зеленый, и синий. Точнее не красный, а розовый и не синий, а голубой. Если пролин входит в какую-то спираль, то весь квадратик цвета спирали. А желтый он если не в спирали. CCA - салатовый CCC - розовый CCG - оранжевый CCT - светло-голубой Цветной символ будет лучше, чем маленькие дополнительные элементы. [21:34, 23.01.2023] Валентин: Ясно. Не сейчас. Напоминай мне периодически. [21:35, 23.01.2023] Александр Кушелев: ОК Продолжение следует... Обратная связь: kushelev20120@yandex.ru Готовим статью по пикотехнологии.   (Продолжение-1) [07:59, 23.01.2023] Профессор: Доброе утро. Конечно, так удобнее. [12:02, 23.01.2023] Александр Кушелев: Кстати, можно воспользоваться и этим материалом в первой статье:    Подробнее Некоторые моменты можно взять из рукописи Огжевальского. А это оглавление первых 965 выпусков рассылки. Может пригодиться... [12:43, 23.01.2023] Профессор: Спасибо. Обеспечен теперь надолго. [12:43, 23.01.2023] Александр Кушелев: Будут вопросы - спрашивайте. [12:44, 23.01.2023] Профессор: Пока вопрос в продолжение беседы прошлого года: сразу планировать несколько статей? Сколько: 2 или 3? [12:44, 23.01.2023] Александр Кушелев: Вероятно, 3. [12:47, 23.01.2023] Профессор: Типа так:  1. Органика и амнокислотные остатки. 2. Особенности моделирования сложных органических соединений. 3. Кодирование формы белков последовательностями ДНК. А кристаллы? Их хотелось бы на уровень 1.  [12:48, 23.01.2023] Александр Кушелев: Нам нужно как-то обозначить научное открытие 3D генетического кода. За него, собственно, можно Нобелевку получить. А оно базируется на пикотехнологических моделях аминокислот. [12:48, 23.01.2023] Профессор: Обозначить можно и в статье 1... Как гипотезу "перспективного дальнейшего исследования " [12:49, 23.01.2023] Александр Кушелев: Понятно, что можно и по кристаллам статью написать, но тут надо крепко подумать, в какой последовательности. [12:49, 23.01.2023] Профессор: Но саму таблицу 3D генКода ... [12:49, 23.01.2023] Александр Кушелев: Кристаллы - это параллельная последовательность статьей с аминокислотами. [12:50, 23.01.2023] Профессор: Так как статья 2-го уровня не может быть одна, после 3-й могут и должны быть и 2.1, и 2.2,... [12:51, 23.01.2023] Александр Кушелев: Фокусировка первой статьи - это пикотехнологические модели аминокислот. [12:52, 23.01.2023] Профессор: После написания тезисов надо будет ... [12:53, 23.01.2023] Александр Кушелев: Вторая статья в престижном журнале  - это, вероятно, механика ДНК/РНК и особенности тРНК, где нужно начать разговор о вращении тРНК вместе с аминокислотой. А в третьей статье уже дать механизм трансляции и таблицу 3D генетического кода. Там же можно показать схемы вторичных структур фрактальных спиралей белка из серии "Шедевры белковой архитектуры". Но Вам виднее. Может надо делать иначе. [16:04, 23.01.2023] Профессор: Разобраться надо... Пока начну со статьи о моделировании остатков... [17:24, 23.01.2023] Александр Кушелев: Логично. Продолжение следует...   Обратная связь: kushelev20120@yandex.ru  Шедевры белковой архитектуры. Часть 40  Длинный прямой участок альфа-спирали.  Сверхдлинная метиониновая спираль. Её шаг больше, чем шаг альфа-спирали.  Прямой участок метиониновой спирали в структуре белка. Прямые участки альфа-спирали (красный), пи-спирали (синий) и бета-спирали (L-спирали) (зеленый).  Длинный прямой участок альфа-спирали.  Фрактальная 4447587-спираль. Период 7.  Фрактальная 8PPPP11111711111-спираль. Период 16.   Участки бета-спирали (L-спирали) (зеленый) переходят в участки альфа-спирали (красный)  Фрактальная 33333575787555755778558877775778578855575-спираль. Период 41.  Фрактальная 4447557-спираль. Период 7. Фрактальная квазиспираль (типовой период 10) переходит во фрактальную 4111755777-спираль (период 10).  Фрактальная PP7758555PPP77585578-спираль. Период 20.    Прямой участок альфа-спирали переходи в прямой участок метиониновой спирали.    Фрактальная 61147P-спираль. Период 6.  Фрактальная квази-спираль.  Фрактальная 333335755-спираль. Период 9.  Фрактальная PP7P77P78-спираль. Период 9.  Метиониновая спираль переходит в пи-спираль и обратно.  Фрактальная 114117-спираль переходит в 114118-спираль и обратно.  Фрактальная спираль на основе альфа- (красный) и бета- (зеленый) участков. Период 47.  Фрактальлная 5577787-спираль. Период 7.  Фрактальная 558558P7P585787-спираль. Период 15.  Фрактальная 4447557-спираль (период 7) переходит в длинную прямую альфа-спираль.    Фрактальная 111175557758-спираль. Период 12. Прямые участки бета-спирали (L-спирали) (зеленый), пи-спирали (синий) и альфа-спирали (красный).  Фрактальная 1411411P855588-спираль. Период 14.    Переходящие друг в друга 75-спирали, 7775-, альфа-, бета-(L-) (в т.ч. P2-) и пи-спирали.          Гигантская кластерная структура, где альфа-тип переходит в бета-тип и обратно.  Длинная прямая альфа-спираль переходит во фрактальную спираль с периодом 242.  75-спираль Кушелева переходит в пи-спираль.  Фрактальная 11111775P75557-спираль. Период 14.  Белок оканчивается фрактальной P577P87557-спиралью с периодом 10.  Фрактальная 333335757755577557587878-спираль. Период 24. Фрактальная PPPPPP5522-спираль. Период 10. Возможно, что это пико-механизм на пролиновых суставах (желтый).  Длинная прямая пи-спираль.   Длинная прямая 310-спираль (оранжевый) переходит в длинную пи-спираль (синий), затем в 310-спираль и, наконец в альфа-спираль (красный). Длинная метиониновая спираль переходит во фрактальную 14-спираль, затем в пи-спираль и фрактальлную в т.ч. 75-спираль Кушелева. Метиониновая длинная прямая спираль переходит в длинную прямую пи-спираль и далее в длинную фрактальную 75-спираль Кушелева, а потом опять в пи-спираль.  Длинная прямая метиониновая спираль. Уважаемый читатель! Может быть именно Вы желаете ускорить появление научных статей в престижных журналах и попутно стать триллиардером?  Обратная связь: kushelev20120@yandex.ru Приглашение к сотрудничеству На базе научного открытия нами создан онлайн-сервис по определению структуры белковых молекул. Теперь мы сможем зарабатывать вместе. По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллиард раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру. Наш лозунг: "В 1000 раз лучше, в 1000^3 быстрее и в 1000 раз дешевле!" Ваша задача заключается в размещении рекламы на онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволила на одном персональном компьютере за неделю определить структуры всех 115 000 белков человека, для которых известна нуклеотидная кодирующая последовательность. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллиард раз по быстродействию и в 30 раз шире по номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы. Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур  и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не предел. Обратная связь: kushelev20120@yandex.ru Инвестирование научных проектов Приглашаем инвесторов и меценатов. Как продвинуть цивилизацию на новый уровень своего развития и получить при этом огромные прибыли? - Вложить деньги в научные разработки. Новейшие виды экологически чистых и мощных источников энергии, средство для продления жизни,  высокие технологии. Все это реально создать в ближайший год-два при наличии достаточного финансирования. Готовые коммерческие продукты   1. Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY 2. Сверхдобротные одномодовые диэлектрические резонаторы в т.ч. с большим диапазоном перестройки 3. Станки для производства высокодобротных одномодовых резонаторов  4. Технология изготовления сапфировых линз  5. Магнитный тороидально-сферический конструктор Проекты 01 Ruby Emdrive (Микроволновый двигатель без реактивной струи) 02 Ruby Power Source (Микроволновый источник энергии)  03 Средство продления жизни (Возвращение молодости) 04 Октаэдрический редуктор 05 Шестеренчатая передача Кушелева 06 Магнитный подвес-стыковка-герметизация модулей 07 Ионно-микроволновый фрактальный излучатель 08 Гибкий отражатель из жестких элементов 09 Энциклопедия "Наномир" 10 Экспертиза 11 Конструктивные компьютерные игры 12 Интеллектуальный кодовый замок 13 Очки кругового обзора 14 Тетраэдрический сканер 15 Программируемая архитектура 16 Источник энергии промышленной частоты 17 Источник энергии постоянного тока 18 Монокристаллическая видеокамера 19 Система определения активных участков белка 20 Тераваттный лазер непрерывного действия 21 Бактериальный синтез алмазов 22 Шестеренчатые передачи с тремя степенями свободы 23 Сверхсветовая связь 24 Безосевая шестеренчатая передача 25 Aктивный язык программирования 26 Телевидение миллиметрового и оптического диапазонов 27 Микроволновая архитектура 28 Компьютерный экран из автономных элементов 29 Чтение / запись ДНК 30 Сверхсветовая локация / зрение 31 Нейтрализатор акустического сигнала Коммерческое предложение:  Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок. Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB). В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.  Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами. Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структуре Вашего белка.  Сотрудничество может быть различным: - участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное) - совместное создание коммерческого продукта - поиск инвесторов - выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов  - конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир - содействие в проведении экспериментов и т.п. - написание совместных научных статей и т.п. - материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)   Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир. +7-926-5101703,   +7-903-2003424,  mail: kushelev20120@yandex.ru О способах финансирования можно спросить по электронной почте.  Огромное спасибо всем за помощь и поддержку!