Электрическая стимуляция специфических частей гипоталамуса, конечных систем и миндалевидных зон мозга вызывают такие эмоциональные реакции, как гнев, агрессия и страх. Большинство людей болезненно реагируют на проявление этих негативных эмоций, в то время как позитивные эмоции (Любовь, радость, уверенность, удовольствие и т.п.) не вызывают у них душевного дискомфорта. На более продвинутой стадии Йога Нидры, когда практиканты пребывают в состоянии глубокой релаксации и в то же время могут отслеживать весь
процесс, им предлагают господствовать над этими деструктивными эмоциями. Подобная практика одновременно активизирует нервные циклы в обоих полушариях мозга, которые в обычных обстоятельствах никогда не работают синхронно. Так формируется совместный нервный цикл, совмещающий такие «несовместимые» состояния, как любовь-ненависть, удовольствие-боль, радость-сожаление, что возможно при условии сочетания режима релаксации с режимом осознания конфликтных эмоций. По мере того, как эта практика повторяется
вновь и вновь, совместный нервный цикл укореняется, становится более устойчивым, сознание человека отрывается от фатальной привязанности или отвращения к двойственной природе жизненных переживаний, и человек покидает мрачное царство страданий, превозмогая барьер взаимоисключающих противоречий.