Эта фрактальная спираль состоит из участков альфа- (красный), 310- (оранжевый) и пи- (синий) спиралей. "Мокрые методы" видят фрактальную спираль, но ... не видят, из участков каких типов фундаментальных спиралей она состоит...
00642
Так незатейливо изображена эта фрактальная спираль в базе данных UniProt
И эта незатейливость - наглядная демонстрация, что "Нанотех против пикотех, что сабля против пулемёта":
В базе данных UniProt сообщается, что белок содержит 5 протяжённых участков спиралей. Программа Пикотех уточняет, что первый участок пи-спиральный (синий). затем идут протяженные участки бета-спирали (зеленый), а в конце - альфа-спираль. "Наш цветной телевизор показывает то же самое, что и Ваш черно-белый, но только в цвете и чётче" ;)
00650
Что можно сказать о структуре белка по этой картинке?
00650
А теперь? Чувствуете, насколько больше информации? Хотя это только 2D-схема...
Имеет смысл собрать модель этой фрактальной структуры (00650, KAE8290473) из суставно-стержевого конструктора. Это поможет уточнить углы.
00655
Экспериментаторы "видят спирали"
00655
... но не видят, что спирали левые (пи-спирали, синий). Поэтому разговоры о точности РСА в доли ангстрема - это всего лишь разговоры в престижных научных журналах :)
00657
Экспериментаторы уже видят структуру подобных белков.
00657
Но пока лишь фрагментарно и неточно...
00657
А по таблице 3D генетического кода - "совсем другое дело!"
1-14 Alpha-Helical
16-44 Alpha-Helical
Те же 2 участка, но именно альфа-спирали и правильное начало и конец. Для РСА ошибка на 5 аминокислотных остатков - обычное дело. Напомню, что шаг альфа-спирали 0.54 нанометра, т.е. 5.4 ангстрема, поэтому погрешность в доли ангстрема - преувеличение точности РСА в десятки раз.
00666
00666
Это всё, что известно о структуре этого "заурядного" белка под номером 666
Кстати, спираль-то бета ;)
00670
Transmembrane 35-66
Transmembrane 98-117
Это всё, что известно о структуре этого белка по базе данных UniProt
Первый спиральный участок 35-66 не угадать было невозможно, т.к. реальная бета-спираль начинается с четвёртого, а кончается 109-ым аминокислотным остатком. А со вторым (альфа-спиральным) участком "слегка" промахнулись. Указали 98-117, а по таблице 3D генетического кода он начинается со 110-го и заканчивается 126-ым. Зато с длиной второго участка ошиблись всего на 3 остатка (19 вместо 16). Ошибка в длине участка всего в 1.5 нанометра, т.е. 15 ангстрем. Понятно, что это не 0.2А, как пишут в данных РСА, но порядок "почти тот" ;)
00676
Что известно о структуре этого удивительного белка из базы данных UniProt?
Практически весь белок представляет собой гигантскую пи-спираль с изломами. Однако исследователи об этом ещё не знают...
00696
Расчёт корреляции. Выборка 700 белков.
Сегодняшняя версия программы Binary_SS показывает вторичную структуру белка с использованием чёрно-белой псевдографики. Это не так наглядно, как полноценная цветная графика, зато работает в десятки раз быстрее. При необходимости можно сделать и цветную графику. При небольших количествах структур потребуется разумное количество времени.
А пи-спирали (синий) и фрактальные спирали, например, Q-спираль (спираль Кушелева, чередование "розовый-голубой") специалисты обнаруживают очень редко.
Экспериментаторы заметили 310-спираль (оранжевый), но слегка ошиблись с её началом и окончанием. А метиониновую спираль (сиреневый) они за спираль не посчитали...
Однако экспериментаторы могли просто ошибиться со вторым альфа-спиральным участком, т.е. они видели альфа-спираль, но ошиблись с позициями начала и конца, в результате чего попали на метиониновую спираль :)
"И на старуху бывает проруха..."
Экспериментаторы не смогли заметить прямую альфа-спираль, из которой состоит весь белок.
На базе научного открытия нами создан онлайн-сервис по определению структуры белковых молекул. Теперь мы сможем зарабатывать вместе.
По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллиард раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру.
Наш лозунг: "В 1000 раз лучше, в 1000^3 быстрее и в 1000 раз дешевле!"
Ваша задача заключается в размещении рекламы на онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволила на одном персональном компьютере за неделю определить структуры всех 115 000 белков человека, для которых известна нуклеотидная кодирующая последовательность. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллиард раз по быстродействию и в 30 раз шире по номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы.
Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не предел.
Инвестирование научных проектов
Приглашаем инвесторов и меценатов.
Как продвинуть цивилизацию на новый уровень своего развития и получить при этом огромные прибыли?
- Вложить деньги в научные разработки.
Новейшие виды экологически чистых и мощных источников энергии, средство для продления жизни, высокие технологии.
Все это реально создать в ближайший год-два при наличии достаточного финансирования.
Готовые коммерческие продукты
1. Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY
2. Сверхдобротные одномодовые диэлектрические резонаторы в т.ч. с большим диапазоном перестройки
3. Станки для производства высокодобротных одномодовых резонаторов
4. Технология изготовления сапфировых линз
5. Магнитный тороидально-сферический конструктор
Проекты
01 Ruby Emdrive (Микроволновый двигатель без реактивной струи)
02 Ruby Power Source (Микроволновый источник энергии)
03 Средство продления жизни (Возвращение молодости)
04 Октаэдрический редуктор
05 Шестеренчатая передача Кушелева
06 Магнитный подвес-стыковка-герметизация модулей
07 Ионно-микроволновый фрактальный излучатель
08 Гибкий отражатель из жестких элементов
09 Энциклопедия "Наномир"
10 Экспертиза
11 Конструктивные компьютерные игры
12 Интеллектуальный кодовый замок
13 Очки кругового обзора
14 Тетраэдрический сканер
15 Программируемая архитектура
16 Источник энергии промышленной частоты
17 Источник энергии постоянного тока
18 Монокристаллическая видеокамера
19 Система определения активных участков белка
20 Тераваттный лазер непрерывного действия
21 Бактериальный синтез алмазов
22 Шестеренчатые передачи с тремя степенями свободы
23 Сверхсветовая связь
24 Безосевая шестеренчатая передача
25 Aктивный язык программирования
26 Телевидение миллиметрового и оптического диапазонов
27 Микроволновая архитектура
28 Компьютерный экран из автономных элементов
29 Чтение / запись ДНК
30 Сверхсветовая локация / зрение
31 Нейтрализатор акустического сигнала
Коммерческое предложение:
Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.
Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).
В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.
Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.
Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структуре Вашего белка.
Сотрудничество может быть различным:
- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)
- совместное создание коммерческого продукта
- поиск инвесторов
- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов
- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир
- содействие в проведении экспериментов и т.п.
- написание совместных научных статей и т.п.
- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)
Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.
