Когда реальность открывает тайны, уходят в тень и меркнут чудеса ...
3D генетический код надёжно обоснован!
Кушелев:Мы тут обсуждаем возможность написать статью "3D генетический код" в журнал "Генетика" в виде краткого сообщения: https://t.me/nanoworldlab
По правилам журнала в кратком сообщении можно опубликовать 1-2 таблицы. У нас есть одна таблица - 3D генетический код и 1 таблица - результаты корреляционного анализа по 300+ белкам. Для "каких попало" белков средняя корреляция ~96%, для мембранных белков, представляющих собой длинные спиральные участки, корреляция 100%.
Структура статьи-сообщения предельно проста. Целью исследования была проверка гипотезы синонимичности генетического кода.
Нулевая гипотеза: Если генетический код (2D код) синонимичен, то глицин в любой спирали (альфа, пи, бета, 310) будет встречаться закодированным любым из кодов: GGA, GGC, GGG, GGT.
Проверка показывает, что эта гипотеза ошибочна. В альфа спирали глицин кодируется кодом GGC, в пи-спирали GGT, в 310-спирали GGG, в бета-спирали GGA.
Таким же способом составляется вся таблица, т.е. для всех аминокислот.
Проверка корреляции подтверждает наличие 3D генетического кода (см. вложенный файл). В журнале "Генетика" главное требование: Статьи должны сопровождаться направлением из научного учреждения, где была проведена данная работа. Ты можешь сделать такое направление от научного учреждения?
Маг: С направлением из научного учреждения помочь не могу. Нулевая гипотеза уже надежно опровергнута, статья в приложении. Советую публиковать в журналах с анонимным рецензированием, там не нужны направления. Выбор хорошего журнала - сложная задача...
Основные моменты по-русски.
Кодон-специфические графики Рамачандрана показывают, что конформация главной белковой цепи зависит от кодона
Рис. 2 Различные предпочтения к образованию вторичных структур синонимичными кодонами проявляются в распределении двугранных углов. Из двух кодонов GTA и GTT, транслирующих валин, GTA имеет на 8 % меньшее предпочтение к β-моде и на 9,4 % большее - к α-моде. Предпочтения проявляются в относительных весах соответствующих мод на диаграмме Рамачандрана, что видно на представленных здесь предельных распределениях двугранного угла φ. Если добавить ограничение на вторичную структуру, то распределения двух синонимичных кодонов становятся неразличимыми. Благодаря учету вторичной структуры наш анализ становится устойчивым к различиям в распределении, возникающим из-за различий в предпочтениях. Показаны оценки плотности ядра, заштрихованные области обозначают 10-90% доверительного интервала, рассчитанных на 1000 случайных бутстрапов.
Кушелев: Проще говоря замена кодона при определённых условиях влияет на структуру белка. В случае синонимичности кодонов это невозможно. Не будем вдаваться в тонкости изощрённых методов, с помощью которых авторы статьи получили этот надёжный и убедительный результат. Обратим внимание лишь на сложность получения этого результата на основе данных рентгеноструктурного анализа, который, например, не отличает альфа-спираль от пи-спирали и от фрактальной спирали Кушелева. Из-за этого трудно заметить влияние кодонов, формирующих 1/4 альфа-спирали от влияния кодонов, формирующих 1/5 пи-спирали. Ведь рентгеноструктурный анализ их не различает. Более того, многие вторичные структуры, состоящие из участков альфа-спиралей, специалисты по РСА считают состоящими из бета-цепей. В связи с этим банк белковых структур (PDB) "зашумлён" систематическими ошибками. Тем не менее, мощные методы исследования помогли авторам обнаружить зависимость структуры главной белковой цепи от замены кодонов на "синонимы". Теперь мы можем смело ссылаться из статьи "3D генетический код" на книгу "Пикотехнология белков", т.к. существование 3D генетического кода надёжно подтверждено опровержением гипотезы синонимичности кодонов. А это значит, что нет необходимости срочно писать всю серию статей от "Кольцегранные модели молекул" и далее. Можно писать сразу статью "3D генетический код" со ссылками на книгу "Пикотехнология белков", в которой опубликована таблица 3D генетического кода. Обоснование 3D генетического кода, как мы видим, уже есть, а проверку конкретной таблицы мы опубликуем в статье в виде результатов корреляционного анализа.
На базе научного открытия нами создан онлайн-сервис по определению структуры белковых молекул. Теперь мы сможем зарабатывать вместе.
По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллиард раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру.
Наш лозунг: "В 1000 раз лучше, в 1000^3 быстрее и в 1000 раз дешевле!"
Ваша задача заключается в размещении рекламы на онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволила на одном персональном компьютере за неделю определить структуры всех 115 000 белков человека, для которых известна нуклеотидная кодирующая последовательность. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллиард раз по быстродействию и в 30 раз шире по номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы.
Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не предел.
Инвестирование научных проектов
Приглашаем инвесторов и меценатов.
Как продвинуть цивилизацию на новый уровень своего развития и получить при этом огромные прибыли?
- Вложить деньги в научные разработки.
Новейшие виды экологически чистых и мощных источников энергии, средство для продления жизни, высокие технологии.
Все это реально создать в ближайший год-два при наличии достаточного финансирования.
Готовые коммерческие продукты
1. Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY
2. Сверхдобротные одномодовые диэлектрические резонаторы в т.ч. с большим диапазоном перестройки
3. Станки для производства высокодобротных одномодовых резонаторов
4. Технология изготовления сапфировых линз
5. Магнитный тороидально-сферический конструктор
Проекты
01 Ruby Emdrive (Микроволновый двигатель без реактивной струи)
02 Ruby Power Source (Микроволновый источник энергии)
03 Средство продления жизни (Возвращение молодости)
04 Октаэдрический редуктор
05 Шестеренчатая передача Кушелева
06 Магнитный подвес-стыковка-герметизация модулей
07 Ионно-микроволновый фрактальный излучатель
08 Гибкий отражатель из жестких элементов
09 Энциклопедия "Наномир"
10 Экспертиза
11 Конструктивные компьютерные игры
12 Интеллектуальный кодовый замок
13 Очки кругового обзора
14 Тетраэдрический сканер
15 Программируемая архитектура
16 Источник энергии промышленной частоты
17 Источник энергии постоянного тока
18 Монокристаллическая видеокамера
19 Система определения активных участков белка
20 Тераваттный лазер непрерывного действия
21 Бактериальный синтез алмазов
22 Шестеренчатые передачи с тремя степенями свободы
23 Сверхсветовая связь
24 Безосевая шестеренчатая передача
25 Aктивный язык программирования
26 Телевидение миллиметрового и оптического диапазонов
27 Микроволновая архитектура
28 Компьютерный экран из автономных элементов
29 Чтение / запись ДНК
30 Сверхсветовая локация / зрение
31 Нейтрализатор акустического сигнала
Коммерческое предложение:
Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.
Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).
В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.
Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.
Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структуре Вашего белка.
Сотрудничество может быть различным:
- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)
- совместное создание коммерческого продукта
- поиск инвесторов
- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов
- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир
- содействие в проведении экспериментов и т.п.
- написание совместных научных статей и т.п.
- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)
Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.
