Выпуск 826 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны, уходят в тень и  меркнут чудеса ...  Спиральные лестницы, экзотические супермагнетроны...    Это железо-бетон, но ... копирует оригинальную замедляющую систему     Оригинальная замедляющая система выплазмывательного комплекса     Внешняя замедляющая система      Фрактальная многофункциональная система (источник энергии, замедляющая система ускорителя ионов, кодирующая апертура...)    Верхняя часть     Любопытная деталь.  Нижний резонато чуть больше остальных, но ... отъюстирован. Эту форму интересно сравнить с другой известной формой:       А это переходная форма от симметричного супермагнетрона к "треф"-супермагнетрону.     Нетрудно догадаться, как эта форма получается из формы симметричного резонатора        Замена контурного резонатора на дипольный (крест)     Здесь видна связь между контурными резонаторами (фрагменты окружности) и дипольными (звезды)    Экзотический фрактальный супермагнетрон     Интересное сочетание элементов с осями симметрии 4-го, 5-го и 8-го порядков     Комбинация контурных и дипольных резонаторов        Экзотический супермагнетрон с осью симметрии 7-го порядка.        Интересное чередование элементов супермагнетрона с осями симметрии 4-го и 5-го порядков     Экзотический супермагнетрон с зеркальной симметрией       Интересно увидеть формы супермагнетронов ближе...                 Видно, что это копия, изготовленная людьми. Сделано кривовато...     Интересно найти оригинал...     Может быть оригинал здесь?     Надо присмотреться поближе...     Издали смотрится вполне симметрично     А как вблизи?     О! Это точно оригинал.     На том же выпаривательном комплексе видны и другие формы...             Фрактальный супермагнетрон "Розетка из розеток"        Интересно смоделировать этот супермагнетрон с эквидистантными линиями        А этот звёздчатый супермагнетрон заложили кладкой. Причём это могли сделать сами инопланетяне...        Интересно смотрится остаток отвалившейся винтовой лестницы минарета     Согласитесь, интересно поворачивает лестница. Без горизонтальной площадки     Этот орнамент источника энергии и одновременно кодирующую апертуру интересно было бы смоделировать в программа типа  Ansys HFSS и трассировщик лучей.    Интересно смоделировать Emdrive-"полумесяц" с источником энергии "Звезда Давида". Кстати, кольцо с многозаходной резьбой тоже интересно смоделировать в HFSS      Интересно сравнить параметры супермагнетрона с тонкой структурой и без неё. Интересно отметить, что 7-конечная звезда, точнее её элементы образуют единое целое с ближайшим блоком кольца. На каждый луч 7-конечной звезды приходится 5 блоков кольца. Всего в кольце 7*5=35 блоков, причём 7 блоков являются одним целым с элементами звезды. *** Желающие ускорить создание рубиновой энергетики и начать добычу драгметаллов миллилонами тонн в год, обращайтесь: kushelev20120@yandex.ru   Создаём 3D версию Пикотех...

[22:43, 01.06.2022] Александр Кушелев: Фрактальная спираль с периодом 13 аминокислотных остатков

[22:44, 01.06.2022] Александр Кушелев: Прямая альфа-спираль

[22:45, 01.06.2022] Дарья: Это какой-то красный квадрат Малевича )

[22:46, 01.06.2022] Александр Кушелев: Все прямые фундаментальные спирали выглядят прямоугольником. Красный - альфа. Зеленый - бета. Синий - пи. Оранжевый - 310

 

[22:48, 01.06.2022] Александр Кушелев: Фрактальная спираль на основе альфа-спиральных участков (красный). Период 20 АО

 

[22:49, 01.06.2022] Александр Кушелев: Фрактальная квази-спираль

 

[22:50, 01.06.2022] Александр Кушелев: Обратите внимание на чередование аминокислотных остатков, образующих прямую альфа-спираль (красный)

 

[22:52, 01.06.2022] Александр Кушелев: Фрактальная спираль на основе альфа-спиральных участков (красный) с метиониновой юстировкой (сиреневый). Период 13

[23:20, 01.06.2022] Валентин: Чередование, как чередование. И что? Геодезию надо изучать?

[00:08, 02.06.2022] Александр Кушелев: Может ли у набора разных аминокислот случайно оказаться 3d код альфа-спирали?

[00:10, 02.06.2022] Дарья: Нет

[07:53, 02.06.2022] Рясина Т: Воспроизвожу по памяти, АЮ говорил о проблемах РСА, что это двухмерная картинка трёхмерного объекта,  какие спиральные участки могут быть видны, какие нет, почему,  как увидеть плотные спирали на РСА и пр.  Что программные спирали это 10% от всех остальных. Что  периодическим образом образуются плоскости из шестигранников, в один или два слоя, т е  подобия мембран. Что Q спирали это реакторы анизотропного давления. Что иногда получаются белки в форме стружки от токарного станка,  разные трубы и пр.  То есть АЮ  всякую архитектуру стал искать через эти 10% которые с порядком.  Т.е. есть  упорядченная доля и доля "хаотическая" в белках.  Есть молекулы совместимые или в форме с ДНК. Это гипотезы все.  Вобщем,  такая смесь порядка хаоса,  это уже метафизические…

Лама нам говорил на одном из ретритов, что раздел алхимии утрачен, что медицина и астрология сохранились, а алхимия нет. Я тут же подумала, что нет, алхимия в Дмитрове возродилась. Думаю, лама эту мысль услышал.  А так было видео про Тибет, французы снимали в годах 50 х еще, там лама золото делал из воздуха (из ничего), щоб було, мантры читал. Это все делается сознанием, т.к. из него все состоит и им является.  Так что мне любые рассуждения АЮ идут за супер, я не критично внимаю ))))).  И думаю, что эффекты на установках  делаются сознанием людей ))))).  К прилёту тухлых помидоров - всегда готова....

Просто мы не связаны "природными" "законами", мы же сами их выдумываем, и природу и законы. Это фантазии, воображение и усе тут. Субъективный идеализьм, бубенуть.

[09:53, 02.06.2022] Валентин: каков вопрос, таков ответ. Факт, что никто не понимает словосочетания "3d-код альфа-спирали"

"Может ли у набора разных аминокислот случайно оказаться 3d код альфа-спирали?"

[00:10, 02.06.2022] Дарья: Нет

[09:56, 02.06.2022] Валентин: Ты знаешь "язык" Саши )) и больше НИКТО на свете, кроме ТЕБЯ (жму лапку)

Опять же "у набора разных аминокислот" - это ведро помоев если прямым текстом.  А трансляторов тут нет и сидеть и пол жизни тратить на трансляцию непонятного - швах полный

[10:24, 02.06.2022] Александр Кушелев: Причина существования законов физики - свойства сред. В частности, периодическая структура эфира приводит к повторяемости параметров элементарных частиц.

Конечно же есть другие методы. Например, РСА и ЯМР не отличают правую спираль от левой, зато КД отличает. Если с помощью КД данный белок не исследовали, то в PDB и не пишут, какая спираль. Просто спираль... А есть ещё химический метод, которым, например, можно определить наличие дисульфидного мостика. И если в модели мостик автоматически замкнулся, то это практически гарантирует правильность модели. Если Вы шагнули и повернулись на стандартный угол, например, 23 раза и попали в начало своего пути, то вероятность случайного попадания, если на каждом шагу есть 4 варианта изменения параметров, оказывается 1/4^22=5.7*10^-14

С этой модели фрагмента лизоцима стало это понятно:

Подробнее

[10:34, 02.06.2022] Александр Кушелев: Всё предельно просто. Если глицин (Gly) входит в состав альфа-спирали, то его код GGC, а 3D код "1"

Если в состав бета-спирали, то GGA, "2"

Если пи-спирали, то GGT ("3")

Если 310-спирали, то GGG ("4")

А таблица 3D кода составлена для всех 64 вариантов триплетов в 1992-ом году: http://nanoworld88.ru/files/600-700/669.htm

Современный вид

Подробнее 

[10:42, 02.06.2022] Александр Кушелев: "набора разных аминокислот"

А что тут непонятного? Смотрим 2D схему белка:

 

[10:45, 02.06.2022] Александр Кушелев: Период: SGHDYGYHSDRDH 13 аминокислотных остатков. Разными буквами обозначены разные остатки. Но 3D код у них у всех одинаковый, "1"

Вероятность случайного совпадения легко посчитать. 1/4^13=0,000000015. 15 миллиардных

[10:52, 02.06.2022] Александр Кушелев: Модельные эксперименты помогли понять, что аминокислота - эластомер, т.е. может плавно гнуться, проходя бесконечное количество конформаций.

От разных программистов надо хотеть то, что они могут. Например, Неделько посмотрел на модель и написал программу. А Валентин посмотрел на модель и попросил координаты. Зато 2D версию написал крутую...

Я Валентину объясняю, что пролин может плавно менять форму и проходить бесконечное количество конформаций. Подробнее

Пролиновое полукольцо может плавно разворачиваться. При этом в одном крайнем положении исследователям кажется, что они видят один изомер, а в другом - другой. А на самом деле это один эластомер. И у него есть ещё бесконечное количество положений между этими двумя крайними.

Угол между связями в аминокислоте не меняется. Но ... электронные оболочки при этом вращаются. И это приводит к изменениям углов между аминокислотными остатками:

 

http://nanoworld88.ru/files/700-800/img/f7f286b29155.gif

Один остаток поворачивается относительно другого, но при этом углы связей внутри аминокислотных остатков не меняются. Связи между остатками поворачиваются, но не вокруг химических связей, а вокруг других осей. В результате и появился суставно-стержневой конструктор, который осталось лишь запрограммировать.

[14:00, 02.06.2022] Валентин: Мне все это интересно! Факт.

[15:11, 02.06.2022] Александр Кушелев: Проблема получить правильные координаты. 

[15:11, 02.06.2022] Валентин: Вот я их у тебя и спрашивал, правильные координаты.

[15:12, 02.06.2022] Александр Кушелев: Так ты же сказал, что "притянешь". А когда я тебе прислал, что притягивать, ты уж и забыл всё... А без радикалов вроде программа уже работала.

[15:15, 02.06.2022] Валентин: до момента, когда мы поменяли координаты. После этого ты отказался менять алгоритм согласно новым координатам

[15:17, 02.06.2022] Александр Кушелев: А зачем меняли координаты? И почему алгоритм должен измениться?

[15:18, 02.06.2022] Валентин: Потому что ты сказал, что твои эксперты тебе сказали, что изначальная позиция была неправильной. Другие смещения, другие повороты.

[15:22, 02.06.2022] Александр Кушелев: Очень любопытно... Давай посмотрим, как получается альфа-спираль.

[15:23, 02.06.2022] Валентин: давай

[15:24, 02.06.2022] Александр Кушелев: Там должны быть на входе одинаковые коды типа ggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggcggc

[15:25, 02.06.2022] Александр Кушелев: В случае альфа-спирали поворотов нет. Только смещения

[15:26, 02.06.2022] Валенитн: хорошо. 

[15:27, 02.06.2022] Александр Кушелев: ОК.

 

Модель, которая показывает, как должно получиться. Когда движение останавливается это и есть позиция альфа-спирали

[15:28, 02.06.2022] Валентин: ТАК ?

[15:29, 02.06.2022] Александр Кушелев: Хотя нет. Это не альфа, а 310-спираль. В случае альфа-спирали Нужно, чтобы зелёная повернулась на 60 градусов

 

Вот так - это угол альфа-спирали

Его нужно принять за нулевой.

 

А это угол 310-спирали. Из угла альфа-спирали он получается добавлением 60 градусов

Если добавить ещё 120 градусов, то получится угол бета-спирали. А если ещё 120, то получится угол пи-спирали. Но тут нужно ещё подумать, может быть за 0 градусов имеет смысл принять как раз угол 310-спирали.

[15:36, 02.06.2022] Дарья: Я пока до этого не дойду самостоятельно, в этом участвовать не буду.

[15:37, 02.06.2022] Валентин: Думай

[15:38, 02.06.2022] Александр Кушелев: Я подумал. Давай за нулевой угол возьмём угол 310-спирали, тогда угол пи-спирали будет -120, а угол бета-спирали будет -240

А угол альфа-спирали будет -300

Транспортная РНК ставит сразу 0 (310-спираль) или +60 (альфа-спираль) в зависимости от вариабельной петли. А потом крутит до -120 (пи-спираль) или до -240 (бета-спираль). Поэтому 310- и альфа-спирали строятся быстро (крутить не надо), а пи-спираль строится примерно вдвое медленнее (надо крутить на -120), а бета-спираль строится ещё медленнее, т.к. крутить надо на -240.

Этот угол точно соответствует углу фи стандартной модели. А второй угол, я называю его тета, не соответствует углу пси стандартной модели, т.к. ось вращения другая. И их две параллельных...  А третий угол (пролиновый) - отдельная песня...

[15:47, 02.06.2022] Валентин: А что значит "строится медленнее" ?

[15:51, 02.06.2022] Александр Кушелев: Сборка пи-спирали происходит раза в два медленнее, чем альфа- и 310-, а бета-спираль строится ещё медленнее. На поворот тРНК уходит время... Кстати, по разности времён можно определить угловую скорость вращения тРНК...

[15:53, 02.06.2022] Валентин: "поворот" - ты говоришь так, как будто процесс установления связи связан именно с поворотом одного остатка относительно другого ?

[15:54, 02.06.2022] Александр Кушелев: Сначала происходит поворот тРНК вместе с очередной аминокислотой, а потом уже под получившимся углом очередная аминокислота вставляется в белок

[15:56, 02.06.2022] Валентин: Физика где ? 

С точки зрения физики получается что связь эта достаточно слаба, что бы образоваться  назовем этот процесс "одномоментно", и поэтому происходит как бы "покачивание" перед тем как остаток станет на место

[15:59, 02.06.2022] Александр Кушелев: Связь получается ковалентная, т.е. очень даже сильная. И важно успеть правильно повернуть до того, как связь образуется. Иначе потом ломать придётся, переделывая альфа- в бета- или наоборот. И речь не о покачиваниии, а о повороте на углы 120 и 240 градусов соответственно

Здесь видны эти углы: 

 

Но я их показал как будто связь уже установлена. Но на самом деле сначала тРНК поворачивает аминокислоту, а потом уже присоединяет к белку. Есть более подробная анимация в рассылке.

[16:06, 02.06.2022] Валентин: Спасибо!

[16:12, 02.06.2022] Александр Кушелев: Здесь более подробно показано, как сначала крутится, а потом присоединяется аминокислота к белку: http://nanoworld88.narod.ru/data/220.htm

[16:14, 02.06.2022] Валентин: А аминокислота сама по себе крутится в пространстве? или её что-то крутит - подносит-присоединяет ?

[16:16, 02.06.2022] Валентин: В растворе плавает одна из себя такая красивая, и главное - нужная и подходящая аминокислота

[16:18, 02.06.2022] Александр Кушелев: Аминокислоту к рибосоме доставляет тРНК. Она имеет спиральную форму и  вращается в процессе транспортировки. И когда она доплывает до рибосомы и упирается антикодоном в триплет иРНК в Рибосоме, она его срезает инозином и продолжает вращаться вместе с аминокислотой, которая с другого конца. А после того, как антикодон встретит ответную (комплементарную) часть в рибосоме, вращение тРНК прекращается. После этого аминокислоту под этим углом вставляет в белок механизм рибосомы. Здесь подробно описано в процессе дискуссии с Викторией Соколик: http://nanoworld88.ru/files/600-700/638.htm

[16:19, 02.06.2022] Валентин: ок.

[16:22, 02.06.2022] Александр Кушелев: Очень умный вопрос, кстати. А ответ на него здесь: http://nanoworld88.narod.ru/data/272.htm (механизм трансляции)

Здесь подробно объясняется, как рибосома подзывает нужную РНК с нужной аминокислотой: http://nanoworld88.narod.ru/data/227.htm

В этой дискуссии Валентин стал уточнять угол поворота, и я разобрался, что за ноль нужно брать не угол альфа-спирали, а угол 310-спирали. При формировании альфа-спирали тРНК тоже не крутится, но у неё другая вариабельная петля, которая держит аминокислоту под углом 60 градусов, если за ноль считать угол 310-спирали.

---

Желающие внедрить пикотехнологию белков и получить экономический эффект типа 10^19 рублей за ближайшее десятилетие, обращайтесь: kushelev20120@yandex.ru