Представьте себе, что активный центр белка многократно повторяется, образуя заход фрактальной спирали. Это позволяет увеличить мощность в сотни и тысячи раз, ведь все активные центры могут работать согласованно.
Наглядно представить себе спиральную мембрану активного центра белка можно по аналогии со спиральным чувствительным элементом человеческого уха:
Чувствительный спиральный элемент Lamina spiralis ossca (Спиральная перепонка) обозначен красным цветом. Теперь представьте, что это не приёмник звукового сигнала, а излучатель, т.е. вибрирующая спиральная мембрана. Такой же по форме спиральной мембраной может являться и заход фрактальной спирали белка.
Пролиновые "змеиные" волны.
Если заходы фрактальной спирали белка образованы пролиновыми суставами, то такой пико-механизм может двигаться, как змея, пуская по одномолекулярному телу "змеиную" волну.
Фрактальные программные мультиспирали белков.
Рекуператоры, тепло-трансформаторы...
Какие функции может выполнять белок, представленный программными спиралями, переходящими одна в другую? Во-первых, напрашивается мысль, что программные спирали разных диаметров могут размещаться одна внутри другой, образуя многослойные спирали и даже многослойные контейнеры. Такие контейнеры могут выполнять функции рекуператоров и трансформаторов тепловой и других видов энергии. Это могут быть и сложные биохимические реакторы. Изучить механизмы их работы поможет новая версия программы Пикотех 3D, в которой будет использоваться таблица переходов между фундаментальными спиралями. Каждый желающий может принять участие в создании новой версии программы. Либо в качестве программиста, либо в качестве инвестора.
Программные квазиспирали. Переход от периодических структур к белковому ассемблеру
Исследование программных спиралей поможет составить таблицу переходов углов между фундаментальными спиралями. После чего можно будет точно и быстро по табличным функциям определять структуры не только периодических, но и непериодических белковых структур. Таблица переходов - своеобразный ассемблер белковой архитектуры.
Пикотехнологическая модель белка XP_016116961. Вид вдоль оси симметрии.
Может ли белковая спираль быть ступенчатой?
Пикотехнологическая модель белка XP_016116961. Вид сбоку.
Спираль белка XP_016116961 похожа на лестницу с горизонтальными ступеньками, точнее на её образующую. Кто бы мог подумать, что среди программных спиралей белка встречается ступенчатая спираль? Понятно, что в микромире не ходят по спиральным лестницам, но такую форму имеет не только ДНК, но и многие белки. Зачем? Ступени ДНК и белков представляют собой элементы спиральных конвейеров, которые могут не только управлять химическими реакциями, но и оперировать информацией. Почему конвейеры в макромире обычно имеют вид горизонтальных или наклонных лент, а в микромире имеют спиральную форму? В микромире гравитация не сбросит с наклонившейся ленты конвейера детали, т.к. в масштабах микромира гравитация пренебрежимо мала по сравнению с электромагнитными взаимодействиями молекул. А спиральная форма имеет преимущества перед плоской, т.к. не только продвигает детали вдоль конвейера, но одновременно поворачивает их. Сама спиральная конвейерная лента может при этом плыть в физиологическом растворе в нужном направлении. Таким образом пикотехнология помогает молекулярным биологам разгадывать всё новые секреты природных пико-механизмов, а эффект от научных открытий может быть колоссальным. Кто им воспользуется? Может быть Вы?
По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллиард раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру.
Наш лозунг: "В 1000 раз лучше, в 1000^3 быстрее и в 1000 раз дешевле!"
Ваша задача заключается в размещении рекламы на онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволила на одном персональном компьютере за неделю определить структуры всех 115 000 белков человека, для которых известна нуклеотидная кодирующая последовательность. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллиард раз по быстродействию и в 30 раз шире по номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы.
Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не предел.
Фрагмент модели лизоцима, замкнувшийся через дисульфидный мостик в процессе автоматической сборки по таблице композиционного генетического кода.
"Монстр" первой хромосомы человека насчитывает 5207 аминокислотных остатков.
Словарь вторичных структур:
Подробнее:
Вторичная структура белка (фрактальная программная спираль) в компактном изображении:
Первая 1000 белковых структур за счёт лаборатории Наномир (по старой технологии это стоило бы 10 миллионов евро).
Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.
Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).
В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.
Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.
Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структуре Вашего белка.
Сотрудничество может быть различным:
- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)
- совместное создание коммерческого продукта
- поиск инвесторов
- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов
- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир
- содействие в проведении экспериментов и т.п.
- написание совместных научных статей и т.п.
- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)
Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.
