Выпуск 628

Лаборатория Наномир

Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и  меркнут чудеса ...

Пикотехнология для менеджеров и заказчиков

Татьяна Рясина

 Пикотехнология белков

Видим белковую молекулу в объёме и в деталях

100%  2D и 3D структура белковой молекулы с точностью до пикометра и все без исключения участки

В отличие от РСА, который "видит" только 3% белков и не замечает десятки крайних аминокислотных остатков- "хвостов" новая технология показывает 100% структуры 100% белков. Только 3% белков подлежат кристаллизации, т.е. исследованию методом рентгено-структурного анализа

Организатор заказа получает 80% выплаты от заказчиком

http://nanoworld.org.ru/forum/1/

КАК ЧИТАТЬ ДИАГРАММЫ ПИКОТЕХНОЛОГИИ

СОКРАЩЁННАЯ ДИАГРАММА

Красный - альфа-спираль.
Оранжевый - 310-спираль.
Розовый - одиночный код альфа/310 спиралей.
Голубой - пи-спираль.
Зеленый - бета-спираль.
Сиреневый - метиониновая спираль. У неё более крупный шаг "резьбы", чем у обычной альфа-спирали.
Черный в сокращённом представлении и белый в развернутом означают либо неизвестный код, либо конец трансляции.
Циклическое повторение цветов - программная спираль.

ПОЛНАЯ ДИАГРАММА

1 - порядковый номер аминокислотного остатка в белковой молекуле
2 - триплетный код
3 - однобуквенный код аминокислотного остатка
4 - трёхбуквенное обозначение аминокислотного остатка
5 - упрощённый композиционный код
6 - графическая интерпретация упрощенного композиционного кода
7 - композиционный код
8 - графическая интерпретация композиционного кода
9 - нота, которая звучит при установке данной аминокислоты в растущую белковую цепь
10 - графическое изображение ноты (или ударного инструмента)

Программные спирали - это повторение последовательности композиций. Например, один код альфа-спирали, затем один код пи-спирали. n(35) задаёт программную спираль, а n3 или n5 - простые спирали (пи-спираль и альфа-310-спираль).
1111111111111111111 - прямая альфа-спираль
4444444444444444444 - прямая 310-спираль
3333333333333333333 - прямая пи-спираль
2222222222222222222 - прямая бета-спираль
232323 - программная 23-спираль
141414 - программная 14-спираль
http://nanoworld.org.ru/post/94081/#p94081

Пи-спирали есть и в официальной науке, а в Пикотехнологии. http://nanoworld.org.ru/post/94083/#p94083 В официальной науке считается, что бета-тяжи плоские, т.е. "спираль с поворотом каждой следующей аминокислоты на 180 градусов. Пикотехнологические модели показывают, что это не тяжи, а именно правые спирали (2.5 остатка на виток). 310-спираль правая. Имеет примерно 3 остатка на виток. Альфа-спираль тоже правая. Имеет ~3.6 остатков на виток. Пи-спираль левая имеет примерно 4.1 остатка на виток: http://info-farm.ru/alphabet_index/p/pi-spiral.html .

Модели всех типов простых спиралей показаны здесь: http://nanoworld88.narod.ru/data/302.htm

Моделирование аминокислотных остатков http://nanoworld88.narod.ru/data/279.htm

ЧТО ОЗНАЧАЕТ НОТНАЯ ЗАПИСЬ В ПРАВОЙ ЧАСТИ ДИАГРАММЫ ПИКОТЕХНОЛОГИИ?

У каждой аминокислоты есть радикал, который "отзванивает" ноту на частоте, которую я рассчитал по формуле пружинного и математического маятников
Формула эта имеет вид: f = sqrt(1/(Sum(ml))), где 
f - частота
m - масса атома в радикале
l - Расстояние атома до точки закрепления радикала
Суммируются произведения масс на расстояние до точки закрпления для одного радикала. Из обратной величины извлекается квадратный корень.
Понятно, что это - грубая оценка резонансных частот, поэтому они многократно уточнялись, в частности, по гармоничности мелодий, звучащих в зонах активных центров белковых молекул. Эта работа ещё далека до завершения. Очевидно, что в частотах есть ошибки. Поэтому встречаются "фальшивые нотки"  http://nanoworld.org.ru/post/93998/#p93998

ИНФОРМАТИВНОСТЬ ПИКОТЕХНОЛОГИИ

СУТЬ  МЕТОДА

http://nanoworld88.narod.ru/data/302.htm

 Триплеты ДНК кодируют аминокислоты. По таблице обычного генетического кода:

Кушелев: В упрощённом представлении третья (как бы лишняя) буква управляет углом поворота. Это я понял, когда сделал 3D модель аминокислотного остатка. Один аминокислотный остаток можно повернуть относительно другого на углы 0, 120 и 240 градусов. Когда я в этом убедился, построив пластмассовые модели нескольких белковых молекул, начались уточнения. Ведь водородные связи между соседними витками спирали могут слегка менять углы поворота. Анализ белковых структур помог составить таблицу композиционного генетического кода http://nanoworld.org.ru/post/94014/#p94014 .

Кушелев: Официальная наука "знает" альфа-спираль, 310-спираль, пи-спираль и бета-тяж (не знает, что спираль). В устаревшей официальной науке спирали не кодируются. Для того, чтобы узнать их код, нужно открыть композиционный генетический код, что, собственно, я и сделал в 1992-ом году. Я составил её по этим данным: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 920204.htm

В упрощённой модели пикотехнологии учитывается поворот вокруг одной оси на 3 разных угла. Вариант "альфа" в дальнешем расщепляется на "Альфа-спираль", "310-спираль", "одиночный альфа-код". http://nanoworld.org.ru/post/94009/#p94009

ПОЧЕМУ ПИКОТЕХНОЛОГИЯ ТОЧНА НА 100%

Специалисты по РСА просто не в курсе, что электрон имеет "скелет" в виде кольца диаметром типа 1.7 ангстрема (для внешних оболочек водорода, углерода, азота, кислорода... Кольцевые "скелеты" электронов формируют кольцегранные электронные оболочки и кольцевые механизмы молекул. Модели этих механизмов показывают, как складываются альфа-спираль, 310-спираль, смешанные альфа-310-спирали, пи-спирали и бета-спирали, которые оказались не по 2 остатка на виток. Кольцегранные модели помогут специалистам по РСА более точно определять структуры белков и не только. Кстати, пикотех не может определить структуры, полученные не по программе рибосомой. Если после сборки белка он обработан ферментами, например, разрезан и переделан, то программа "Пикотех" об этом не знает. Так что полностью пренебрегать РСА не стоит. Но в плане дополнения РСА "весит" в несколько раз меньше, чем "Пикотех". http://nanoworld.org.ru/post/94089/#p94089

В современных базах данных структура белка изображается в виде опознанных участков альфа и 310-спиралей.

Здесь спиральные участки (альфа- и 310-) показаны красным цветом. Остальное - неопознанная часть. В настоящее время считается, что белок в неопознанной части не имеет определенной структуры, но пикотехнология показала, что это не так. В программе "Пикотех" вся структура определена. http://nanoworld.org.ru/post/93980/#p93980

Данный белок состоит из программных спиралей, но в стандартном представлении его покажут либо вообще без структуры, либо изобразят кусками альфа- и 310-спиралей. Оба варианта в корне ошибочны.
Ещё один типовой пример ошибки - изображение структуры коллагена тройной альфа-спиралью. В действительности структура данного коллагена представляет собой одинарную, но программную 335-спираль:

Хотя специалисты по РСА (рентгеноструктурному анализу) заявляют, что точность метода достигает долей ангстрема (меньше размера одного атома), но в действительности не могут на протяжении десятилетий отличить тройную альфа-спираль от программной 335-спирали коллагена. Это значит, что они не могут достичь атомной точности даже сегодня. Реальная погрешность РСА находится в диапазоне от нескольких атомных радиусов до сотен атомных радиусов. Например, "хвосты" белковых молекул (до 50 аминокислотных остатков) РСА может вообще не заметить. А это - сотни атомных радиусов в длину.

РСА часто ошибается при распознании спиральных участков. Иногда вообще не замечает или показывает там, где спирали нет. А перепутать альфа-спираль с 310- Пи- или программной спиралью – элементарно. http://nanoworld.org.ru/post/94010/#p94010

Вместо тройной спирали коллагена" программа Пикотех показывает одиночную, но "трёхзаходную" программную 335-спираль. Другими словами форма похожа, но микроструктура другая. И получена в автоматическом режиме, т.е. по табличной функции. http://nanoworld.org.ru/post/94011/#p94011

РАБОТОСПОСОБНОСТЬ ПИКОТЕХНОЛОГИИ

Кушелев: Работоспособность пикотехнологии имеет смысл демонстрировать во-первых на уровне вторичной структуры длинных спиралей. В т.ч. программных: http://nanoworld.org.ru/topic/1656/
Для них легко получать точные 3D-модели.
Акцент имеет смысл сделать на замыкании циклов лизоцима. Случайно получить замыкание циклов невозможно. Вероятность типа 1/30 000 000 000. А для программных спиралей случайность имеет вероятность типа 4^-3982=4e-2398 Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1656/page/5/
Далее имеет смысл демонстрировать возможности Пикотех на примере белков заказчиков. Заказчики сами увидят свои белки более точно, чем о них рассказывают специалисты по РСА. Именно это и привлечёт заказчиков к более тщательному ознакомлению и использованию новой технологии. Они должны убедиться в её работоспособности и эффективности не по наслышке.
У меня уже был негативный опыт работы с заказчиками через посредников. Искаженная и неполная информация о новой технологии только отпугивает заказчиков. Они думают, что результаты работы Пикотех должны полностью совпасть с результатами РСА. Это не так. На уровне вторичной структуры Пикотех имеет 100%-ную достоверность, а РСА на уровне 70%. 97% белков для РСА вообще недоступны, т.к. они не кристаллизуются.
Преодолеть барьер слепой веры в РСА - дело тонкое. С помощью "испорченного телефона" задача не решается. Так что ждём потенциальных заказчиков, например, на форуме лаборатории Наномир или в скайпе. В этом случае есть шанс донести до них информацию о новой технологии без искажений.
http://nanoworld.org.ru/post/94006/#p94006

ПУБЛИКАЦИИ

Монография «Геометрия живого наномира. Пикотехнология белков»  2016 https://www.morebooks.de/ru/search?utf8 … 0%BE%D0%B2

Конкурсный проект на Конкурс Министерства Образования и Науки 1993  http://nanoworld.org.ru/post/93984/#p93984   Текст  http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 930114.htm

Таблицы по химии, Российская академия образования, 2006   http://nanoworld88.narod.ru/data/250.htm

Медаль ВДНХ за пикотехнологические модели молекул 1989  http://www.sciteclibrary.ru/cgi-bin/yab … 691890/113

https://fotki.yandex.ru/users/rfcrurfcru/album/105743/
Кушелев А.Ю., Полищук С.Е., Неделько Е.В., Кожевников Д.Н., Писаржевский С.А., Яким В.В., Марковский В.С., Беляев В.В. Построения масштабной модели структуры белка. // "Актуальные проблемы современной науки". - 2002, N2(5). - с.236-243.

Видео на YouTube
Модели белковых молекул из пластмассовых колец
https://www.youtube.com/watch?v=BHDyQDTI7yo
https://www.youtube.com/watch?v=hX6r-kiyc0I
https://www.youtube.com/watch?v=wcCNDFJFAq8

https://www.youtube.com/watch?v=nVYnVZv6Qr8 

ПРИМЕРЫ  2D И 3D СТРУКТУР БЕЛКА

http://nanoworld.org.ru/post/94033/#p94033

http://nanoworld.org.ru/post/94044/#p94044

http://nanoworld.org.ru/post/94186/#p94186

  Обсуждение

Создан онлайн сервис "Определение структуры белка по нуклеотидной последовательности"

 Kushelev's PicoShop

Проект для Бумстартера

На базе научного открытия нами создан онлайн-сервис по определению структуры белковых молекул. Теперь мы сможем зарабатывать вместе.

По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллион раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру.

Наш лозунг: "В 1000 раз лучше и в 1000 раз дешевле!"

Ваша задача заключается в размещении рекламы на онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволяет на одном персональном компьютере обслужить до 100 заказчиков в день. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллион раз по быстродействию и в 30 раз шире по номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы.

Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур  и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не предел.

Первые 100 заказов за счёт лаборатории Наномир. 

Обсуждение

Инвестирование научных проектов

Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.

Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).

В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. 

Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.

Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка.

+7-926-5101703,   +7-903-2003424,  +7-916-8265031, Skype: Kushelev2009, mail: kushelev20120@yandex.ru

веб-мани: WM-кошелек R426964799301 Другие способы перевода 

Огромное спасибо всем за помощь и поддержку!