| ← Апрель 2017 → | ||||||
|
1
|
2
|
|||||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
3
|
4
|
5
|
6
|
8
|
9
|
|
|
10
|
12
|
13
|
14
|
15
|
16
|
|
|
17
|
19
|
20
|
22
|
23
|
||
|
24
|
25
|
26
|
28
|
29
|
30
|
|
За последние 60 дней 60 выпусков (примерно раз день)
Сайт рассылки:
http://nanoworld.narod.ru
Открыта:
07-10-2005
Статистика
0 за неделю
599 Ключи от генома найдены!
|
Выпуск 599 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны, Кушелев: Мне удалось найти несколько экзотических белков в геноме Symbiodinium microadriaticum: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129213514 Здесь можно посмотреть эти структуры: http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/90/ Вот одна из них:
После того, как я обнаружил сразу несколько экзотических белков, у меня появилась идея загрузить в программу определения вторичной структуры весь геном: https://cloud.mail.ru/public/LmFt/zSUrH964q Вы видите два html-файла. Один из них - результат обработки прямой последовательности: https://cloud.mail.ru/public/5tS7/qkejbF2XG Второй - результат обработки комплементарной последовательности: https://cloud.mail.ru/public/4Vf8/Mh8y7bPTg Что же мы видим?
************
************
************
************
************
************
************
************
************
************
************
************
Черные поля - стоп-кодоны. Это значит, что эту часть кода нужно читать либо со сдвигом рамки считывания, либо в виде комплементарной последовательности. И ещё не нужно забывать про сплайсинг... ************
************
Это и есть ключи от генома! Достаточно набрать поиск по характерной последовательности, и команда "найти" в браузере покажет Вам CDS с интересующим Вас кодом белка. Конечно, не все
ключи соответствуют белкам, но существенная часть соответствует. Это видно невооружённым взглядом Более того, если Вы не нашли по ключу белок в данном геноме, то у Вас есть много шансов найти его в базе данных EMBL, например, с помощью системы BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov Проверим? Возьмём типовой ключ.
Мы видим участок генома Symbiodinium microadriaticum и соответствующую вторичную структуру белка в компактной и развёрнутой форме. В геноме организма Symbiodinium microadriaticum не удалось обнаружить ни одной структуры белка с такой аминокислотной последовательностью. Тогда будем искать в базе EMBL: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov последовательность: VGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWL https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129202806 >ENA|OLQ05543|259 nucleotides (fragment)
Сборка белка производится под гармоничную музыку
Давайте попробуем ещё. Ищем: WMDGWMDGWMDGWMDGWMDG https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/925680792 http://www.uniprot.org/uniprot/Q11116 http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/CCD62743 >ENA|CCD62743|CCD62743.5 Caenorhabditis elegans Uncharacterized protein
Ключи от генома работают! Онлайн сервис "Структура белка по нуклеотидной последовательности" Существует сайт простых преобразований нуклеотидных последовательностей: http://molbiol.ru/scripts/01_12.html
Я предлагаю создать аналогичный сервис, но с сильно расширенными возможностями. Как только система получила стандартную нуклеотидную последовательность белка, т.е. в стандарте fasta, пользователям предлагается посмотреть вторичную структуру интересующего их белка. Для начала в таком виде:
Если интерес пользователя растёт, то предложить ту же структуру в развёрнутом виде:
Структура полностью: https://img-fotki.yandex.ru/get/94893/158289418.3f0/0_1776ac_fa72a8b_orig.png А далее предложить определение третичной (и более) структуры белка на договорных условиях.
Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул Альфа-спираль длиной 737-322+1=416 аминокислотных остатков ***  310-спираль длиной 308-46+1=263 аминокислотных остатка ***  Пи-спираль длиной 206-140+1=67 аминокислотных остатков *** Бета-спираль длиной аминокислотных остатка 132-89+1=44 аминокислотных остатка ***  323322-спираль длиной 1000-927+1=74 аминокислотных остатка ***
123-спираль длиной 1570-1540+1=31 аминокислотных остатков ***  114-спираль длиной 92-21+1=72 аминокислотных остатка ***  144-спираль длиной 73-2+1=72 аминокислотных остатка ***  12-спираль длиной 47-8+1=40 аминокислотных остатков ***
23-спираль длиной 53-25+1=29 аминокислотных остатков *** 35-спираль длиной 230-52+1=179 аминокислотных остатков ***  1444-спираль длиной 239-65+1=175 аминокислотных остатков ***  Метиониновая спираль длиной 183-154+1=31 аминокислотных остатков Пикотехнологические реакторы с внутренними и внешними конвейерами Короткие участки 35-спирали ещё не кажутся реакторами.
35-спирали большой длины могут выполнять функции биохимических реакторов
То, что биохимические реакции могут проходить внутри контейнера, понять легко. Но что мешает протекать биохимическим реакциям на внешней поверхности реактора? Конечно, сверхвысокого или сверхнизкого давления на поверхности не создать, но не всегда требуется менять давление. На первый план могут выйти другие параметры, например, эффективное охлаждение или большая пропускная способность реактора.
Участок этой белковой молекулы напоминает по форме коленчатый вал двигателя внутреннего сгорания автомобиля. Он может одновременно выполнять конструкционные функции, функции реактора и пр. 444-спираль внутри 53535-спирали! Удивительно обнаружить параллельные белковые спирали разных диаметров
Но ещё удивительнее обнаружить одну спираль внутри другой! Пикомашины с осями и "полуосями" симметрии 13-го порядка. Неполная симметрия
Полный комплект файлов: https://cloud.mail.ru/public/4QSM/7aV81Fyjp
При изменении условий, например, PH или температуры, неполная симметрия может плавно меняться, например, ось симметрии 13-го порядка может плавно измениться до оси симметрии 12-го порядка. Подобные механизмы могут найти применение и в машиностроении. Ведь скоро нужно будет изготавливать резонансные двигатели "летающих тарелок" с осями симметрии разных порядков ... Программное 2421133-кольцо белковой молекулы По программе можно построить не только спираль, но и кольцо:
или равнобедренный пятиугольник: Мегалитический комплекс на острове Сардиния
Любопытно, что треугольный колодец находится внутри барельефного резонатора "Гантельная щель", т.е. сам колодец - источник энергии, а "гантельная щель" - преобразователь электромагнитных колебаний в направленный поток поверхностных волн. С помощью поверхностных волн обрабатывался тонкий слой воды, протекающий по выпаривательной площадке. Интересно было бы изучить фотографии окружающих объектов этого мегалитического комплекса. Уважаемые коллеги! Все, кто помогает создавать пикотехнологию, рубиновую энергетику, поднимает нашу цивилизацию на новую ступень развития. Всех нас можно поздравить с крупным успехом. Эксперименты в США, Германии и в Израиле подтвердили, что мы находимся на верном пути по трём главным научным направлениям лаборатории Наномир.
По теме "Рубиновая/микроволновая энергетика и транспорт" осталось сделать последний шаг, включить готовые источники энергии. Конечно, с помощью магнетрона миллиметрового диапазона создать рубиновую энергетику можно за считанные дни, но для этого нужно доделать номинальный ряд эллипсоидов и рубиновый энергетический конструктор. Спасибо за поддержку!
Что нужно лаборатории для ближайших исследований: 1. Оплатить покупку или аренду измерительной аппаратуры на диапазон от 1.78 до 53 ГГц. (От $1000). Идеальный вариант: http://www.keysight.com/en/pd-460865-pn-E8257D/psg-analog-signal-generator?&cc=RU&lc=rus 2. Начать третий этап создания средства для продления жизни: http://nanoworld.org.ru/topic/818/ Книга "Пикотехнология белков" уже в продаже!
Менеджеры, которые найдут заказы на структуры белков, получат 80% от суммы заказа! Приглашение к сотрудничеству
|
| В избранное | ||
