Когда реальность открывает тайны, 

уходят в тень и  меркнут чудеса ...

Прочтём РНК-инструкцию, как отключать старость?

Обсуждение 

 Едем в Минздрав!

Цена структуры белка, полученной по старой технологии... 

Виктория Соколик: В настоящее время перед исследователями протеома стоит нелёгкий выбор между использованием гомологии (т.е. навязывания близкой, но не его уникальной, структуры) неизвестному белку, либо вероятностное  моделирование с очень жестким ограничением по размерам полипептида и времязатратности.
Наши исследования [1-6] привели к новому методическому подходу в моделировании пространственной структуры белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально ином подходе: декодирование нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.
Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК (транскрипт) интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в базе данных EMBL, или хотя бы код самого белка в базе данных PDB), в самом крайнем случае биологическое название белка. В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка in silico методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.
В моделях 3D-структуры белка возникает необходимость при изучении функционирования метаболических путей, направленного мутагенеза, исследовании генетически-обусловленных патологий развития и способов их фармакокоррекции. Не обойтись без пространственной модели искомого белка при изучении его доккинга с модулирующими лигандами, в том числе и активных центров биокатализаторов (белковых ферментов и их комплексов с РНК – рибозимов) с субстратами.
Поскольку функцию любого белка определяет, прежде всего, его 3D-структура и только потом аминокислотная последовательность, представляется возможность решать обратную задачу. А именно: моделируя или модифицируя заданную пространственную структуру полипептида в виртуальном пространстве подбирать соответствующую кодирующую нуклеотидную последовательность для него, т.е. генетически управлять функцией белка на уровне конформеров его структуры.

1.    Кушелев А.Ю., Соколик В.В. Пикотехнология – новый подход в моделировании пространственной структуры белка / Заочная Международная научно-практическая конференция «Современная наука: тенденции развития» (24 января 2012), Краснодар: НИЦ Априори. – 2012. – С.203-207.
2.    Соколик В.В. Предсказание пространственной структуры белка insilico на основе информации генома и геометрического алгоритма – альтернатива  квантово-механическому подходу // Материалы Международной научной конференции «Математическое и компьютерное моделирование в биологии и химии. Перспективы развития» (28-30 мая 2012), Казань. – 2012. – С.155-158.
3.    Sokolik V.V. Protein is coded in genome and synthesized in ribosomes as a structural template of a rotameric version sequence of peptide bound configuration // The International Moscow Conference on Computational Molecular Biology, МССМВ-11, Moscow. – 2011. – P. 347–348.
4.    Sokolik V.V. Algorithm of protein structural template decoding according to its determined nucleotide sequence // Fist International Conference “Fundamental medicine: From scalpel toward Genome, Proteome and Lipidome”, Pax Grid Virtual Conferences, Kazan. – 2011. – P. 117–119.
5.    Sokolik V.V. Modeling of the individual structural template of protein on determining it nucleotide sequences // VII Международная конференция по биоинформатике, регуляции структуры геномов и системной биологии. BGRS\SB-2010, Новосибирск. – 2010. – С. 275.

6.    Соколик В.В. Способ моделирования пространственной структуры белка по детерминирующей его нуклеотидной последовательности // Биофизический вестник. – 2010. – Вып. 24 (1). – С. 31-45. 

Обсуждение 

 Фундаментальные ошибки рентгеноструктурного анализа

Виктория Соколик: Сравнение пространственных структур для СОД (модели визуализированы по координатным файлам в программе Молекулярный конструктор -- МС) 

Некорректное изображение Pro выделено сиреневым цветом. Это помогло мне заметить, что спираль соединена с остальной частью белка как раз через пролин! Понятно, что спираль может поворачиваться на пролине и прижаться к остальной части белка.

Согнув структуру белка на Pro62 мы можем пододвинуть His63 ещё ближе к His46 и His48. His120 тоже пододвинется к ним, если согнуть структуру белка на Pro66 и Pro74.

Таким образом все 4 гистидина окажутся рядом без изменения композиционных углов!

А вероятность такого совпадения будет 1/(3^17*3^57*3^2)=1/3^76=10^-36

Один шанс из 1 000 000 000 000 000 000 000 000 000 000 000 000

К сожалению, пока гибкость белка на пролинах ещё не реализована в программе Пикотех, поэтому такие белки можно доделывать пока только вручную. Но эта работа ничтожна по сравнению с основной, которую выполняет компьютер по табличной функции.

Кстати, в программе "Молекулярный конструктор" согнуть белок на пролинах должно быть проще, чем в программе 3DS Max. Попробуем? 

Кстати, обнаружился ещё один активный центр, состоящий из трёх аминокислотных остатков, к которым может приближаться и His63. Они выделены красным цветом. 

Обсуждение 

 Выполняем пробный заказ, 100 белков от Виктории Соколик! 

Теперь "облегченный" скрипт строит не только кольцегранную, но и стержневую модель белка:

И сохраняет правильно промасштабированный pdb-файл ...

Обсуждение 

Ключ к пониманию механизма транскрипции... 

X-Gal - квазинуклеотид?

http://en.wikipedia.org/wiki/Lac_operon

Кушелев: Похоже, что мы имеем дело с квазинуклеозидом "ONPG" и квазинуклеотидом lacZ 

Ионный радиус брома чуть больше ионного радиуса хлора:
           нм
Cl- ... 0,181
Br- ... 0,196

Кстати, ионный радиус предвнешней оболочки хлора в ~6 раз меньше, чем внешней...

Cl+7 ... 0,027
Подробнее

Отсюда легко можно определить зависимость радиуса электрона от расстояния до ядра с зарядом +7

Интересно разобраться, когда внутренняя электронная оболочка оказывается того же радиуса, что и половина длины ядра. Именно в этом случае она может сделать атом не радиоактивным, когда ион такого атома радиоактивен. 

Подробнее 

 Первая тысяча рубиновых шариков отправлена из Китая в Дмитров!

Скоро мы увидим рубиновые шарики из Китая... 

Обсуждение

 На складе магнетронов... 

 

Один из магнетронов замечательно сохранился. Но есть ли в нём вакуум? 

http://www.ostron.de/Radar-GHz/Baueleme … I-88M.html

Ток накала: 2,2-3,5А
Напряжение накала: 6.3 В

Обсуждение

 Рубиновые церковные лампады с многозаходной резьбой 

Имитация рубиновой "вечной лампочки" из красного стекла (церковная лампада) 

Обсуждение 

Золотой Будда и золотая татуировка...  

Золотой крем позволяет отражать электромагнитные составляющие лучей трезубцев и важдр, что является частью защиты от лучевого оружия. Однако проводящие участки кожи могут выполнять и другие функции, например, функции источников энергии и двигателей:

 

Интересно, в каком веке люди стали покрывать кожу позолотой? Может быть уже в незапамятные времена?

 Обсуждение

 Квадратный Инь-Ян

Интересный орнамент на одежде (Мачу Пикчу). Я бы его назвал "квадратный Инь-Ян"   

Обсуждение

 Путь герба 

Изображение летающей тарелки с двухуровневым орнаментом источника энергии и П-образным двигателем. 

Гербы, как и кресты, прошли длинный путь эволюции. Здесь мы видим один из этапов эволюции герба, когда он был ещё угловатым, как "квадратный Инь-Ян" ... 

Обсуждение

 Пробный заказ для фармацевтической компании

Исследуем ламинин

Кушелев: Удалось найти кодирующую нуклеотидную последовательность одной из составляющих ламинина: LAMB3:

FT   CDS 1..3513
     ATGAGACCATTCTTCCTCTTGTGTTTTGCCCTGCCTGGCCTCCTGCATGCCCAACAAGCC
     TGCTCCCGTGGGGCCTGCTATCCACCTGTTGGGGACCTGCTTGTTGGGAGGACCCGGTTT
     CTCCGAGCTTCATCTACCTGTGGACTGACCAAGCCTGAGACCTACTGCACCCAGTATGGC
     GAGTGGCAGATGAAATGCTGCAAGTGTGACTCCAGGCAGCCTCACAACTACTACAGTCAC
     CGAGTAGAGAATGTGGCTTCATCCTCCGGCCCCATGCGCTGGTGGCAGTCCCAGAATGAT
     GTGAACCCTGTCTCTCTGCAGCTGGACCTGGACAGGAGATTCCAGCTTCAAGAAGTCATG
     ATGGAGTTCCGAGGGCCCATGCCTGCCGGCATGCTGATTGAGCGCTCCTCAGACTTCGGT
     AAGACCTGGCGAGTGTACCAGTACCTGGCTGCCGACTGCACCTCCACCTTCCCTCGGGTC
     CGCCAGGGTCGGCCTCAGAGCTGGCAGGATGTTCGGTGCCAGTCCCTGCCTCAGAGGCCT
     AATGCACGCCTAAATGGGGGGAAGGTCCAACTTAACCTTATGGATTTAGTGTCTGGGATT
     CCAGCAACTCAAAGTCAAAAAATTCAAGAGGTGGGGGAGATCACAAACTTGAGAGTCAAT
     TTCACCAGGCTGGCCCCTGTGCCCCAAAGGGGCTACCACCCTCCCAGCGCCTACTATGCT
     GTGTCCCAGCTCCGTCTGCAGGGGAGCTGCTTCTGTCACGGCCATGCTGATCGCTGCGCA
     CCCAAGCCTGGGGCCTCTGCAGGCTCCACCGCTGTGCAGGTCCACGATGTCTGCGTCTGC
     CAGCACAACACTGCCGGCCCAAATTGTGAGCGCTGTGCACCCTTCTACAACAACCGGCCC
     TGGAGACCGGCGGAGGGCCAGGACGCCCATGAATGCCAAAGGTGCGACTGCAATGGGCAC
     TCAGAGACATGTCACTTTGACCCCGCTGTGTTTGCCGCCAGCCAGGGGGCATATGGAGGT
     GTGTGTGACAATTGCCGGGACCACACCGAAGGCAAGAACTGTGAGCGGTGTCAGCTGCAC
     TATTTCCGGAACCGGCGCCCGGGAGCTTCCATTCAGGAGACCTGCATCTCCTGCGAGTGT
     GATCCGGATGGGGCAGTCGCAGGGGCTCCCTGTGACCCAGTGACCGGGCAGTGTGTGTGC
     AAGGAGCATGTGCAGGGAGAGCGCTGTGACCTATGCAAGCCGGGCTTCACTGGACTCACC
     TACGCCAACCCGCGACGGTGCCACCGCTGTGACTGCAACATCCTGGGGTCCCGGGAGATG
     CCGTGTGACGAGGAGAGTGGGCGCTGCCTTTGTCTGCCCAACGTGGTGGGTCCCAAATGT
     GACCAGTGTGCTCCCTACCACTGGAAGCTGGCCAGTGGCCAGGGCTGTGAACCGTGTGCC
     TGCGACCCGCACAACTCCCTCAGCCCACAGTGCAACCAGTTCACAGGGCAGTGCCCCTGT
     CGGGAAGGCTTTGGTGGCCTGATGTGCAGCGCTGCAGCCATCCGCCAGTGTCCAGACCGG
     ACCTATGGAGACGTGGCCACAGGATGCCGAGCCTGTGACTGTGATTTCCGGGGAACAGAG
     GGCCCGGGCTGCGACAAGGCATCAGGCCGCTGCCTCTGCCGCCCTGGCTTGACCGGGCCC
     CGCTGTGACCAGTGCCAGCGAGGCTACTGCAATCGCTACCCGGTGTGCGTGGCCTGCCAC
     CCTTGCTTCCAGACCTATGATGCGGACCTCCGGGAGCAGGCCCTGCGCTTTGGTAGACTC
     CCGAATGCCACCGCCAGCCTGTGGTCAGGGCCTGGGCTGGAGGACCGTGGCCTGGCCTCC
     CGGATCCTAGATGCAAAGAGTAAGATTGAGCAGATCCGAGCAGTTCTCAGCAGCCCCGCA
     GTCACAGAGCAGGAGGTGGCTCAGGTGGCCAGTGCCATCCTCTCCCTCAGGCGAACTCTC
     CAGGGCCTGCAGCTGGATCTGCCCCTGGAGGAGGAGACGTTGTCCCTTCCGAGAGACCTG
     GAGAGTCTTGACAGAAGCTTCAATGGTCTCCTTACTATGTATCAGAGGAAGAGGGAGCAG
     TTTGAAAAAATAAGCAGTGCTGATCCTTCAGGAGCCTTCCGGATGCTGAGCACAGCCTAC
     GAGCAGTCAGCCCAGGCTGCTCAGCAGGTCTCCGACAGCTCGCGCCTTTTGGACCAGCTC
     AGGGACAGCCGGAGAGAGGCAGAGAGGCTGGTGCGGCAGGCGGGAGGAGGAGGAGGCACC
     GGCAGCCCCAAGCTTGTGGCCCTGAGGTTGGAGATGTCTTCGTTGCCTGACCTGACACCC
     ACCTTCAACAAGCTCTGTGGCAACTCCAGGCAGATGGCTTGCACCCCAATATCATGCCCT
     GGTGAGCTATGTCCCCAAGACAATGGCACAGCCTGTGCGTCCCGCTGCAGGGGTGTCCTT
     CCCAGGGCCGGTGGGGCCTTCTTGATGGCGGGGCAGGTGGCTGAGCAGCTGCGGGGCTTC
     AATGCCCAGCTCCAGCGGACCAGGCAGATGATTAGGGCAGCCGAGGAATCTGCCTCACAG
     ATTCAATCCAGTGCCCAGCGCTTGGAGACCCAGGTGAGCGCCAGCCGCTCCCAGATGGAG
     GAAGATGTCAGACGCACACGGCTCCTAATCCAGCAGGTCCGGGACTTCCTAACAGACCCC
     GACACTGATGCAGCCACTATCCAGGAGGTCAGCGAGGCCGTGCTGGCCCTGTGGCTGCCC
     ACAGACTCAGCTACTGTTCTGCAGAAGATGAATGAGATCCAGGCCATTGCAGCCAGGCTC
     CCCAACGTGGACTTGGTGCTGTCCCAGACCAAGCAGGACATTGCGCGTGCCCGCCGGTTG
     CAGGCTGAGGCTGAGGAAGCCAGGAGCCGAGCCCATGCAGTGGAGGGCCAGGTGGAGGAT
     GTGGTTGGGAACCTGCGGCAGGGGACAGTGGCACTGCAGGAAGCTCAGGACACCATGCAA
     GGCACCAGCCGGTCCCTTCGGCTTATCCAGGACAGGGTTGCTGAGGTTCAGCAGGTACTG
     CGGCCAGCAGAAAAGCTGGTGACAAGCATGACCAAGCAGCTGGGTGACTTCTGGACACGG
     ATGGAGGAGCTCCGCCACCAAGCCCGGCAGCAGGGGGCAGAGGCAGTCCAGGCCCAGCAG
     CTTGCGGAAGGTGCCAGCGAGCAGGCATTGAGTGCCCAAGAGGGATTTGAGAGAATAAAA
     CAAAAGTATGCTGAGTTGAAGGACCGGTTGGGTCAGAGTTCCATGCTGGGTGAGCAGGGT
     GCCCGGATCCAGAGTGTGAAGACAGAGGCAGAGGAGCTGTTTGGGGAGACCATGGAGATG
     ATGGACAGGATGAAAGACATGGAGTTGGAGCTGCTGCGGGGCAGCCAGGCCATCATGCTG
     CGCTCAGCGGACCTGACAGGACTGGAGAAGCGTGTGGAGCAGATCCGTGACCACATCAAT
     GGGCGCGTGCTCTACTATGCCACCTGCAAGTGA// 

Вторичная   структура

Трёхмерную модель LAMB3 попробуем построить сначала с помощью скрипта Кушелева:

Скрипт Кушелева работает без форм аминокислот. Только на композиционных углах:
p = #()
angx = #(-24,180,60,-45,-45); angy = #(-10.89167,83,0,15,15); angz = #(92,120,60,110,110)
dx = #(2,1.5,1.6,2,2); dy = #(0.6,1,0.8,1,0.6); dz = #(-0.45,0,-0.6,-0.15,-0.45)
kk = #()
peptide = box length:1 width:1 height:1  position:[0,0,-.5] wirecolor:[250,250,250]; Converttomesh peptide
for k = 1 to *** do(
element = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:1 pos:[0,0,0] p:0.4; Converttomesh element
attach peptide element; peptide.pivot = [0,0,0]; move peptide [dx[kk[k]],dy[kk[k]],dz[kk[k]]]

rotate peptide angx[kk[k]] [1,0,0]; rotate peptide angy[kk[k]] [0,1,0]; rotate peptide angz[kk[k]] [0,0,1])

Виктория Соколик: А пошто Вам сдался именно этот белок? 

Кушелев: Меня попросила сотрудница одной фармацевтичекой фирмы. 

Обсуждение 

Кушелев: Благодарю за фотки!

Это - типовые мегалитические выпаривательные комплексы. Фрактальные земляные короны, резонансные системы, которые до разрушения имели строго симметричную форму, возможно были облицованы и могли выпаривать мощные истоки рек с целью добычи драгметаллов из родниковой воды. 

Глядя на них сегодня можно заметить и характерные признаки пересыхающих истоков. На месте бывшего истока часто растут деревья или кустарники. Это значит, что исток до сих пор ещё не иссяк окончательно. 

Обсуждение

 Золотой генератор из Китая

Кстати, эта резонансная система топологически эквивалентна системе из 4 проводящих шариков.
Добротность такой системы может быть достаточно высокой:

Чтобы изготовить такой супермагнетрон на диапазон микроволновой печи, т.е. приблизительно на частоту 2.45 ГГц, просвет между шариками должен быть криволинейным квадратом со сторонами полволны, т.е. 126/2=63 мм. А диаметр шариков должен быть раза в полтора больше, т.е. где-то по 80...90 мм. 

Обсуждение 

Изображение работающего источника энергии в стиле рококо 

Подобные изображения с другой структурой источника энергии мне уже встречались ранее: 

Кстати, любопытные "погоны"... 

Подробнее 

 Инопланетянин средней руки...

Обратите внимание на необычную форму пальца на руке бога 

У инопланетян бывают такие руки? Инопланетянин "средней руки"? 

Обсудить 

 "Летающая тарелка"-"месяц"

Изображение "летающей тарелки", замаскированной под лицо... 

Или поллица? 

Обсуждение 

 Музыкальная ваджра?!

Что нужно лаборатории для ближайших исследований:  1. Двухканальный СВЧ-усилитель (стоит примерно 1000 $).  Нужен для измерения параметров супермагнетрона "ловца снов" - преобразователя внутренней энергии эфира. 2. Оплатить заказ номинального ряда рубиновых шариков в Китае (Планируется собрать через Бумстартер $25 000). Бумстартер берет дополнительно 5%, поэтому без него будет на 5% дешевле. Из них и планируется собрать 340 источников энергии будущего по 20 кВт и спектр изделий для участников народного финансирования. 3. Проверить Магнетрон МИ-88. Для включения номинального ряда рубиновых генераторов.   Приглашение к сотрудничеству

Лаборатория "Наномир" готова к любому взаимовыгодному сотрудничеству.  В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень,  невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды. Вклад каждого не останется незамеченным в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия. Основные разработки:   Микроволновый источник энергии Работы по созданию новой энергетики (микроволновой) ведутся с 1992 года. В 2011 году были куплены рубиновые шарики для эксперимента на сумму ~1000 долл. Был проведен первый эксперимент в Дубне. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. Осенью 2013 года планируется второй эксперимент в Дубне, цель которого - включение рубинового генератора. Летом 2013 получены тысячи шариков из рубина и шпинели из Китая. Из них собраны супермагнетроны, которые готовятся к включению от микроволновой печи. Параллельно готовятся эксперименты на рентгеновской установке в диапазоне 45 ... 96 ГГц и в сильном магнитном поле ("Бубен"). Для завершающего этапа исследований по созданию микроволновой энергетики не хватает номинального ряда шариков, который может быть изготовлен на китайской фабрике. Ещё желательно приобрести магнетрон 8-мм диапазона для включения рубинового генератора. Всё это стоит на порядок дешевле, чем качественная измерительная аппаратура миллиметрового диапазона.    "Эликсир вечной молодости" 28 сентября 2011г. в Институте геронтологии (г.Киев) начался эксперимент по созданию "эликсира вечной молодости". Благодаря первому взносу (в размере 500 долларов) Золдракса и поддержке других соинвесторов. В 2012-ом году в Институт геронтологии доставлены 200 клеток для лабораторных животных. За это время американские и японские исследователи определили полный гормональный спектр плаценты, используя 15 000 мышей. В октябре 2013 собраны средства (более 18 000 долл.) и начался второй этап эксперимента, в котором ожидается, что лабораторные мыши станут вечно молодыми и вместо смерти от старости снова начнут рожать. Программа исследований Презентация   Пикотехнология  Созданы первые версии пикотехнологии (выпуски рассылки 212 270 271 272 ), с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий. Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок. Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB). В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.  Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами. Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка. Определены две структуры белка (пробный заказ) для Испанского заказчика.  Цена  заказов -- договорная.   Сотрудничество может быть различным: - участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное) - совместное создание коммерческого продукта - поиск инвесторов - выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов - конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир - содействие в проведении экспериментов и т.п. - написание совместных научных статей и т.п. - материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)   Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир. +7-926-5101703,   +7-903-2003424,  +7-916-8265031, Skype: Kushelev2009, mail: kushelev20120@yandex.ru веб-мани: WM-кошелек R426964799301 Другие способы перевода