А.Ю., я заканчиваю 4 главу книги "Пикотехнология белков" и мне осталось написать несколько страниц о наших с Вами программах декодирования их структуры. С моей МС проблем нет, а вот о Вашей программе я попрошу Вас написать лично 2-3 страницы. Будет несправедливо о них не упомянуть. Сбросьте текст на эл. почту пожалуйста.
Большое спасибо, Александр Юрьевич. Но большая часть теоретических основ уже органично вошла в другие главы нашей с Вами монографии. Я имею ввиду Ваша
таблица генетического кода, кольцегранные модели атомов и их связей в молекулах (Вы же читали). Поэтому повторятся нет нужды, я просто дам ссылки. Ваша задача написать 2-3 стр не рекламной заманухи с движущимися модельками, а научно убедительного текста, в котором чётко указать название Вашей программы (или нескольких программ сославшись на их преемственность); её отличие от имеющихся и от моего молекулярного конструктора, а также обозначить преимущества и недостатки. Быть может очертить область решаемых задач.
Всё. Я очень на Вас надеюсь. Надеюсь это не займет много Вашего времени.
Кушелев: Программа "Пикотех" создавалась поэтапно. Первой 2D версией была программа dne_str.exe (программист Сергей Марковский), которая просто транслировала кодирующую нуклеотидную последовательность белка в композиционный код, согласно этой таблице композиционного генетического кода:
Результат работы программы перекодировки генетического кода
в композиционный в типовом случае одного из 30 альфа-керотинов:
111311411141143143111334141341111114131131111111111141111421141313114111311431311411314111 411141111314114431414131141113111111411411121131111311432113411111334141114111431111141111 (Из научной статьи для журнала Биохимия: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 000509.htm )
Позднее эта функция была включена в программу от Prosolver (подробнее см в 189-ом, 201-ом, 209-ом, 211-ом, 199-ом, 207-ом, 212-ом, 284-ом, которая может сохранять файл с композиционным кодом белка. Этот файл используется в скрипте Кушелева для построения 3D-моделей гигантских белков:
Скрипт Кушелева работает
без форм аминокислот. Только на композиционных углах: p = #() angx = #(-24,180,60,-45,-45); angy = #(-10.89167,83,0,15,15); angz = #(92,120,60,110,110) dx = #(2,1.5,1.6,2,2); dy = #(0.6,1,0.8,1,0.6); dz = #(-0.45,0,-0.6,-0.15,-0.45) kk = #() peptide = box length:1 width:1 height:1 position:[0,0,-.5] wirecolor:[250,250,250]; Converttomesh peptide for k = 1 to *** do( element = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:1 pos:[0,0,0] p:0.4; Converttomesh element attach peptide element; peptide.pivot
= [0,0,0]; move peptide [dx[kk[k]],dy[kk[k]],dz[kk[k]]] rotate peptide angx[kk[k]] [1,0,0]; rotate peptide angy[kk[k]] [0,1,0]; rotate peptide angz[kk[k]] [0,0,1])
В скрипте Кушелева каждый аминокислотный остаток изображён упрощённо (многогранником). Верхняя модель, построенная по скрипту Кушелева, не
нуждается в формах аминокислот. Нижняя (с прорисовкой отдельных электронов) уже требует форму аминокислот. Она построена с помощью скрипта Савина-Кушелева.
С помощью скрипта Кушелева можно автоматически строить
модели самых крупных белков, изучать зависимость их формы от девиации композиционных улов и т.д. Подробнее см в 287-ом выпуске рассылки.
Первая 3D-версия программы "Пикотех" была написана Валентином Якимом в начале 90-х годов. Она строила 3D-модель белка из отрезков. Следующую 3D-версию написал Евгений Неделько. Третья версия программы Евгения Неделько была создана специально для участия лаборатории Наномир в конкурсе CASP3. Лаборатория Наномир числилась под номером 33. Программа Евгения Неделько могла в пакетном режиме обрабатывать неограниченное число исходных файлов DNE, сохранять координаты атомов белков в формате PDB, сохранять файлы вторичной структуры и файлы MIDI для поиска активных центров белка по гармоничным сочетаниям звуков, порождаемых аминокислотными радикалами в процессе синтеза белка рибосомой. Подробное описание алгоритма
и программы Евгения Неделько легли в основу следующей, 3DS Max Script-версии программы Пикотех. В 2001-ом году было написано техническое задание: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 011202.htm, а в 2004-ом году по моему ТЗ был
написан скрипт для 3DS Max-6 Денисом Савиным: http://www.nanoworld.org.ru/data/200402 … /index.htm Он изображал аминокислотные остатки кольцегранными. В 2010-ом году благодаря поддержке Виктории Соколик в скрипте Дениса Савина были исправлены
ошибки, настроены композиционные углы, и он, наконец, был окончательно отлажен. Как это происходило, можно проследить по материалам 212-го, 271-го выпуска рассылки "Новости лаборатории Наномир": http://nanoworld88.narod.ru/data/271.htm
Модель аланина ( Ala/A по коду gcc ), построенная с помощью скрипта Савина-Кушелева с
зеркальным преобразованием в Фотошопе.
Исходный файл dne: 60FT FT source
1..3 FT CDS <1..3 XX SQ Sequence 250 BP; 36 A; 105 C; 78 G; 31 T; 0 other; gcc //
Скрипт Дениса Савина может формировать не только кольцегранные, но и упрощённые, т.е. многогранные модели аминокислотных остатков.
Полный скрипт
Савина-Кушелева может показать нанотехнологическую и пикотехнологическую модели белка одновременно. Подробнее см. в 271-ом выпуске рассылки.
Скрипт Савина-Кушелева строит только третичную структуру белковых молекул. Объединять субъединицы в четвертичную и далее структуры пока приходится вручную.
В настоящее
время с помощью программы "Пикотех" (скрипта Савина-Кушелева) определены структуры сотен белков.
Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется
услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.
Всё, что необходимо от заказчика, это
нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).
В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном
пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.
Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или
его взаимодействия с лигандами.
Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка.
Кушелев: Здравствуйте! Удалось найти резонаторы для диапазона ускорителя?
Дубна: Нет, Саш, не удалось, и я не уверен,
что удастся.
Кушелев: А...
Дубна: У нас тут ЧП... Так что нам пока не до резонаторов. Давайте мы это пока отложим. На магнетроне мы ещё будем пробовать, но это уже случится после Нового года. Что касается резонаторов на частоту ускорителя, то сейчас их найти мало шансов, потому что у нас тут "дым коромыслом" короче говоря. Не до Вас уже, извиняйте.
Кушелев: А что, ускоритель работать не будет?
Дубна: Ускоритель будет работать завтра последний день. Потом оставновка
неизвестно на сколько. А сегодня и завтра к нам с визитом зам. директора. Короче, нет времени заняться наукой.
Кушелев: Ну, ясно.
Дубна: Времени хватит только навести марафет. У нас сейчас решается вопрос о закрытии установки. Начальство решило сконцентрировать ресурсы на главных направлениях.
Кушелев: Ясно.
Дубна: А мы - не главное направление.
Кушелев: Тогда желаю удачи!
Дубна: Спасибо! Мы тоже себе желаем удачи... В нашем случае, как говорят англичане,
"Нам бы оставили всё, как есть, и нас бы это устроило".
Кушелев: А может ночью быстренько включить рубиновый генератор, и когда начальство придет, улететь на браслетах?
Дубна: Ха-ха-ха... Быстренько - это вряд ли... Ладно, на всякий случай с наступающим Новым годом! Думаю, что до Нового года у нас вряд ли появится какая-нибудь возможность этим заняться.
Кушелев: Ясно. Ну ладно, удачи тогда. С наступающим Новым годом!
Резонаторы разного размера настроены на одну частоту, но разными радиальными колебательными модами "шепчущей галереи". Желтые (ИАГ-Ce) шарики настроены колебательной модой 11HE, а голубые (шпинель) настроены колебательной
модой 10HE. Если 3 резонатора из 4, например, сапфировые (прозрачные), а один - гранатовый или шпинелевый, то добротности ячейки вполне достаточно для включения генератора, т.к. суммарная добротность снижается не вдвое, как для ячейки из 4 шпинелевых резонаторов, а только на 12.5%, т.е. с 50 000 до ~44 000. Даже замена двух рубиновых шариков на два гранатовых или шпинелевых снизит добротность не в два раза, а только на 25%, т.е. до ~ 37 000. По моей оценке надёжно будут работать генераторы с добротностью более
30 000.
Первый этап эксперимента в Киевском Институте геронтологии показал, что слишком низкая дозировка крови беременных приводит не к увеличению, а к уменьшению продолжительности жизни лабораторных животных. Эту ситуацию можно сравнить с полумерами, которые не улучшают, а ухудшают ситуацию.
На втором этапе лабораторным животным будет вводиться максимальная доза донорской
крови от беременных. Если продолжительность жизни увеличится, то это будет означать, что порог "полумерного эффекта" преодолен.
Simon: Искренне надеюсь что это только черновик (наброски так сказать), ибо не посвященные (кто
не является читателем вашего форума) люди, на мой взгляд не поймут о чем речь, и пройдут мимо. А еще хуже подумают что вы продаете сомнительного качества бижутерию под видом сбора денег на науку. Система вознаграждения до 9999 р. совсем никак не мотивирует, но зато диапазон от 9999р. и выше учтен, и точно соответствует видению инвестора "Е" : [21.12.2013 23:07:52] Menager_E:
так мы продаем украшение [21.12.2013 23:08:07] Menager_E: главная цель богатые дамы. [21.12.2013 23:16:01] Menager_E: я бы ориентировался на 50 заказов дорогих браслетов, но можно и ориентироваться на количество недорогих Я конечно не богатая дама, но будь я ею, даже в голову бы не пришло искать украшения на бумстартере.
Я согласен что надо как то мотивировать крупных инвесторов, но сомневаюсь на счет богатых дам. А вот ориентацию на не очень дорогие, но функциональные брелки (в виде, ячейки из 4 рубиновых шариков для отопления, уголковых двигателей для выработки электричества посредством элекромоторов, и др. не сложные в исполнении мелочи) , я поддерживаю. Эта продукция как раз для вознаграждений от 500 или от 1000р., если оно конечно соответствует схеме
(себестоимость продукции + 100% наценка=вознаграждение). А браслеты мне Ваши очень понравились, во сколько Вы их оцениваете?
А эти я так понял не функциональны, просто украшения. Лично я в них никакой ценности не вижу,
для проекта, но тоже красивые.
Кушелев: Я с Вами согласен. Я тоже считаю, что нужно предлагать более дешевые и функциональные изделия. Причём лучше всего не один тип, а спектр. Чем шире спектр, тем больше разных соинвесторов могут заинтересоваться проектом.
Кстати, крупные соинвесторы могут выйти на лабораторию Наномир напрямую. Бумстартер больше подходит именно для недорогих изделий, ради которых не хочется заморачиваться и связываться с авторами напрямую.
Другое дело, перевел 40 долл. и получил через несколько месяцев, например, девайс из 4 рубиновых шариков, который либо включен,
либо ждёт включения в бижайшем будущем.
Естественно, когда такой девайс оформлен ещё и как ювелирное украшение, браслет, серьга, кольцо или подвеска, то привлекательность возрастает, т.к. до включения его можно носить, как украшение, а после включения использовать функционально.
Кстати, для меня тоже привлекательность возрастает,
т.к. разослать по почте ювелирные украшения не представляет проблемы, а после включения пересылка по почте будет проблематичной. Поэтому имеет смысл сразу написать в проекте, что разосланы будут именно украшения до включения, но позднее их можно будет включить. Как именно - это отдельный разговор, но уже сейчас понятно, что включенные источники энергии по почте не переслать.
Если на рубиновом шарике нарезать резьбу, то даже один шарик сможет вырабатывать энергию...
Будут востребованы и дорогие изделия, если на них можно будет ... летать :)
1. Двухканальный СВЧ-усилитель (стоит примерно 1000 $).
Нужен для измерения параметров супермагнетрона "ловца снов" - преобразователя внутренней энергии эфира.
2. Оплатить заказ номинального ряда рубиновых шариков в Китае (Планируется собрать через Бумстартер $25 000). Бумстартер берет дополнительно 10%, поэтому
без него будет на 10% дешевле.
Из них и планируется собрать 340 источников энергии будущего по 20 кВт и спектр изделий для участников народного финансирования.
3. Магнетрон МИ-88. (500 евро). Это восстановленный на специализированной фирме в Германии.
Для включения номинального ряда рубиновых генераторов.
Приглашение к сотрудничеству
Лаборатория "Наномир"
готова к любому взаимовыгодному сотрудничеству.
В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень, невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды.
Вклад каждого не останется незамеченным в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия.
Основные разработки:
Микроволновый источник энергии
Работы по созданию новой энергетики (микроволновой) ведутся с 1992 года.
В 2011 году были куплены рубиновые шарики для эксперимента на сумму ~1000 долл. Был проведен первый эксперимент в Дубне. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. Осенью 2013 года планируется второй эксперимент в Дубне, цель которого - включение рубинового генератора.
Летом 2013 получены тысячи шариков из рубина и шпинели из Китая. Из них собраны супермагнетроны, которые готовятся к включению от микроволновой печи.
Параллельно готовятся эксперименты на рентгеновской установке в диапазоне 45 ... 96 ГГц и в сильном магнитном поле ("Бубен").
Для
завершающего этапа исследований по созданию микроволновой энергетики не хватает номинального ряда шариков, который может быть изготовлен на китайской фабрике. Ещё желательно приобрести магнетрон 8-мм диапазона для включения рубинового генератора. Всё это стоит на порядок дешевле, чем качественная измерительная аппаратура миллиметрового диапазона.
"Эликсир вечной молодости"
28 сентября 2011г. в Институте геронтологии (г.Киев) начался эксперимент по созданию "эликсира вечной молодости". Благодаря первому взносу (в размере 500 долларов) Золдракса и поддержке других соинвесторов. В 2012-ом году в Институт геронтологии доставлены 200 клеток для лабораторных животных. За это время американские и японские исследователи
определили полный гормональный спектр плаценты, используя 15 000 мышей. В октябре 2013 собраны средства (более 18 000 долл.) и начался второй этап эксперимента, в котором ожидается, что лабораторные мыши станут вечно молодыми и вместо смерти от старости снова начнут рожать.
Созданы первые версии пикотехнологии (выпуски рассылки 212270271272 ), с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий.
Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся
на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.
Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).
В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном
пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.
Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.
Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте
либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка.