| ← Январь 2012 → | ||||||
|
1
|
||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
2
|
4
|
5
|
6
|
7
|
||
|
9
|
10
|
11
|
12
|
|||
|
16
|
17
|
18
|
19
|
20
|
21
|
|
|
23
|
24
|
25
|
26
|
27
|
28
|
|
|
30
|
31
|
|||||
За последние 60 дней 61 выпусков (несколько раз в день)
Сайт рассылки:
http://nanoworld.narod.ru
Открыта:
07-10-2005
Статистика
0 за неделю
Осваиваем программу PyMOL
|
Выпуск 278 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны, Осваиваем программу PyMOL
Модель инсулина Используя файл с координатами атомов в стандарте PDB (Protein Data Base) можно воспользоваться функциями стандартных браузеров Материал с форума лаборатории Наномир:Кушелев: Лёд тронулся. Меня научили работать в программе PyMol на уровне копирования объектов, поворотов, перемещений и сохранения файла с новыми координатами атомов в стандарте PDB. Благодарю всех, кто помог! Типовые команды PyMOL: rotate x, 90,obj04 translate [0,1,0] ,obj04 translate [0,0,10] ,obj04 save 1.pdb
Файл в стандарте PDB готов! Упрощённая пикотехнологическая модель гексамера инсулина построена по файлу: insulin_piko.pdb Наконец, файл с координатами атомов в стандарте PDB удалось скоректировать (промасштабировать и "отразить в зеркале"). Теперь мы имеем первый коммерческий продукт, готовый к реализации.  После масштабирования модели PyMOL стала показывать прямые участки спиралей тонкими линиями, а изгибы широкими. Таким образом, удалось попасть в правильный масштабный диапазон. При этом радиус кольцевого электрона составляет приблизительно 0.85+-0.15A Этот размер ещё предстоит уточнить... Попробуем создать PDB-файл спирали коллагена
Для этого попробуем переориентировать молекулу коллагена в программе PyMOL
После этого сохраним файл PDB под другим именем.
Теперь можно объединять две субъединицы в один объект
PDB-файл можно открывать любым стандартным браузером
Например, Swiss Viewer
PyMOL и т.д. Две цепи спирали в первом приближении получились. Однако вручную дублировать координаты атомов неудобно. Попробуем модифицировать скрипт Савина-Кушелева, чтобы он мог автоматически создавать PDB-файлы с любым числом субъединиц. Кстати, выяснилось, что построена пикотехнологическая модель коллагена 9-ого типа. Интересно было бы построить модели всех 28 типов коллагена. 
Создатель одной из версий Пикотех решил создать новую версию, которая поможет конструировать не только третичную, но и четвертичную структуру белка ... Чем отличается пикотехнология от нанотехнологии? Материал с форума лаборатории Наномир:Игорь: Кушелев пишет: Пикотехнологические модели имеют точность, определяемую толщиной кольца-электрона, т.е. ~1пм. ...радиус кольцевого электрона составляет приблизительно 0.85+-0.15A Кушелев: Вы можете представить себе спортивный обруч, большой радиус тора 1 метр, а малый - 1 см?  Игорь: Значит, "точность" (вернее сказать - погрешность определения линейных размеров или координат) - не более ± 0.15A? Если Вы расскажите, куда и как конкретно можно применить модели - определится и круг возможных заказчиков на структурки и пикософт, да и цена. Кушелев: 0.15А = 15 пикометров, т.к. 1А=10^-10м, а 1пм=10^-12м Можно образно выразиться, что пикотехнология точнее нанотехнологии
в 1/alfa =~137 раз, но учитывая, что точность нанотехнологии не 1, а 3, а чаще 10 нм, получается в ~1000 раз А по большому счёту точность пикотехнологии вообще неограничена, т.к. классические модели свободны от неопределённости квантовой "механики". Представьте себе, что Вы наблюдаете не гимнастику, а поведение электронов, которые взаимодействуют с другими объектами микромира. На уровне пикотехнологии Вы видите кольцевую форму электрона и формы других объектов. Если же загрубить качество до уровня нанотехнологии, то электроны Вы вообще не увидите ... Где можно применить пикотехнологию? Во-первых, там, где сейчас пытаются применять нанотехнологию. А во-вторых, там, где не хватает нанотехнологической точности. А именно в области фармацевтики, биотехнологии, генной инженерии и др. Игорь: ... погрешность определения линейных размеров ... и даже не "определения" , а - расчета Кушелев: Пикотехнология - это не расчёт. Это - модельный эксперимент. Посмотрите, как проводятся модельные эксперименты:  Что касается прямых измерений, то их тоже можно провести с любой точностью. Просто для этого нужно заморозить объект в прямом смысле, после чего прозондировать не электронами, имеющими диаметр ~1.7A (170 пикометров), а, например, ультрахолодным пучком нейтронов. Диаметр нейтрона в ~30 000 раз меньше диаметра электрона. Речь идёт о свободных частицах и малых скоростях относительно эфирной решётки. В этом случае точность можно поднять до размера нейтрона. LOS: У Вас мат модель, а не супер-пупер микроскоп ... Кушелев: У меня во-первых, не только математическая модель. Я рассматриваю физику процесса, который представляет собой электрон. Система, состоящая из статических и динамических деформаций кристаллоподобного эфира - это физическая модель электрона. Далее я упрощаю модель до уровня геометрической. Далее проводятся модельные эксперименты с учётом физики взаимодействия электронов с ядрами и между собой. Далее используются численные методы, чтобы перевести эксперименты в виртуальный мир, что позволяет получить новые (экспериментальные!) результаты:
Анимация (модельный эксперимент) Моделирование кварков и нуклонов в программе HFSS Смоделируем все типы инсулинов? A-цепь инсулина слона. Обратите внимание на атомы серы (жёлтого цвета). Все 4 атома рсположены с одной стороны спирали ...
В-цепь инсулина слона. Сходство формы с формой инсулина дикого кролика очевидна. Удастся ли сконструировать из A- и B- цепей модель инсулина слона, покажет время... Преодолеем гигантскую дистанцию масштабов от пико- до макро- ? Фотография фибрилл коллагена. Электронный микроскоп. Почему фибриллы коллагена полосатые, причём все полоски строго одной ширины и светлые уже тёмных? Представьте себе, что тёмные участки притягиваются к светлым, как разноимённые полюса магнитов. Можно ли примагнитить третью фибриллу, если ширина светлых и тёмных полос будет одинаковой? Отвечая на этот вопрос, трудно не догадаться, зачем светлые полоски уже тёмных :) Теперь попробуйте догадаться, почему светлые уже тёмных не ровно в два раза :) Мобильные инопланетные увлажнители?! Кушелев: Может быть это изображение гидравлического приспособления для инопланетян, которым на нашей планете без этого никак... Ну, типа увлажнителя. Исус Христос-то оказался переписанным с древнеегипетских манускриптов, а переводится "помазанная рыба". Если прототипом Христа был рыбо-человек (помните священного крокодила, Осириса?), то ему на нашей планете, вероятно, было суховато... А с увлажнителями прокатило. Естественно, что это всего лишь версия, гипотеза... Почему ангелы разговаривают на птичьем языке? Догадайтесь с трёх раз... Кому нужны летательные браслеты? Так ездят на работу и домой в Индонезии ...
А так работают контролеры в Индонезии ... Ежегодно на этих линиях гибнет около 50 "зайцев". Вот кто будет счастлив приобрести летательные браслеты... Когда бесы были богами ... The god Bes (New Kingdom, late Eighteenth Dynasty, circa 1400-1300 BC) Перевод - бог Бес. Святой Христофор из Египта... А может быть слева вообще изображена русалка, в смысле русал Исус Христос - рыбочеловек?
Пишите письма! Уважаемый Александр Юрьевич, Посылаю проект текста письма к ***** (см. ниже). Текст не лишен некоторой пафосности, но это необходимо при первом обращении, поверьте моему опыту деловой переписки. От Вас необходимо: – общее одобрение или замечания к тексту; – ссылка на адрес с отобранными моделями (лучше меньше да лучше!); – типовой бланк письма Лаборатории Наномир с реквизитами; – если Вас смущает моя подпись в конце письма, можете использовать любую. Тоже по поводу реквизитов. Всего доброго, ***** Уважаемый *****, Обращаюсь к Вам от имени и по поручению другого выдающегося ученого - Александра Кушелева из России, которому принадлежит ряд гениальных идей, одной из которых является Композиционный генетический код (1992) и развитие на этой основе геометрического проектирования конструкций биологических молекул (белков, в частности) и кристаллов с высоким разрешением. Эта идея готова к практическому применению, и вы можете увидеть некоторые примеры здесь: ... Основой этих моделей является взгляд на мир в целом с точки зрения новой физики. Мы считаем, что Вы, создатель *****, по достоинству оцените выдающиеся возможности пикотехнологии, разработанные компанией Наномир и Александром Кушелевым лично. Мы надеемся, что Вы сможете использовать эти модели, которые имеют геометрическую точность более чем в 1000 раз превышающую точность Nano моделей. Пикомодели создаются в среде 3DS Max и отвечают общепринятому стандарту (формату) PDB. Для лучшего понимания (восприятия) наших возможностей, мы готовы разработать некоторые образцовые модели с учетом Ваших пожеланий. С надеждой на сотрудничество, С наилучшими пожеланиями, … далее перевод: Dear *****, Appeal to you for and on behalf of another eminent scientist - Alexander Kushelev from Russia, which owns a number of genius ideas, one of which is the Composite Genetic Code (1992) and development on this base the geometric design of biological molecules (proteins in particular) and crystals structures with a high resolution. This idea is finished to a practical embodiment and you can see the some examples here: ... (ссылка на подборку примеров) In foundations of these models is the sight at the Universe in terms of new physics. We believe that you, the creator *****, will appreciate the outstanding opportunities pikotechnology from Nanoworld Company by Alexander Kushelev. We hope you will be able to use these models, which geometric accuracy is more than 1000 times greater than the precision of nano models. Pikomodels are created in 3DS Max environment and meet the PDB generally accepted standard. For the best perception of our possibilities, we are ready to develop some exemplary models taking into account your wishes. With hope of cooperation, Best Regards, *****, Nanoworld Company, Russia Attach:
avi (low quality): http://video.yandex.ru/users/kushelev2011/view/391/# avi (hi quality): http://narod.ru/disk/38142015001/insuli … 4.avi.html PDB-standard file: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/insulin_piko.pdb Composition genetic code table:
 Origin size: http://img-fotki.yandex.ru/get/5700/nan
… 6_orig.png
 Origin size: http://img-fotki.yandex.ru/get/4402/nan … 2_orig.png
 Origin size: http://img-fotki.yandex.ru/get/5106/nan … 9_orig.gif
avi (low quality): http://video.yandex.ru/users/kushelev2011/view/388/ avi (hi quality): http://narod.ru/disk/38135957001/insuli … e.avi.html Приглашение к сотрудничеству для людей умеющих самостоятельно мыслить; не просто умных, а мудрых, которые чувствуют, где истинаЛаборатория Наномир готова к любому взаимовыгодному сотрудничеству. У нас есть сторонники как явные, которые помогают морально и материально, есть очень много пассивных наблюдателей, есть и ярые противники, которые используют любые методы и средства (аморальные и просто преступные), чтобы уничтожить работу лаборатории и дискредитировать ее. В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень, невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды. Вклад каждого не останется незамеченным в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия. Основные разработки: Микроволновый источник энергии В 2011 году были куплены рубиновые шарики для эксперимента на сумму ~1000 долл. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. В этом году, вероятно, можно будет создать микроволновую энергетику, т.к. удалось найти сырьё (рубин #8), из которого сделаны рубиновые шарики для эксперимента в Дубне. Параллельно началась серия экспериментов на ускорителе "B" в диапазоне 20 ... 140 ГГц. "Эликсир вечной молодости" 28 сентября в институте геронтологии (г.Киев) начался эксперимент по созданию "эликсира вечной молодости". Благодаря первому взносу (в размере 500 долларов) Золдракса и поддержке других соинвесторов. Продолжаются переговоры с потенциальными инвесторами по поводу финансирования этого проекта. Программа исследований Презентация Пикотехнология Созданы первые версии пикотехнологии (выпуски рассылки 212 270 271 272 ), с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий. Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок. Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB). В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами. Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка. Первые 10 заказов -- бесплатно . Цена следующих заказов -- договорная. Сотрудничество может быть различным: - участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное) - совместное создание коммерческого продукта - поиск инвесторов - выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов - конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир - содействие в проведении экспериментов
и т.п. - написание совместных научных статей и т.п. - материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами) Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир. +7-926-5101703, +7-903-2003424, +7-916-8265031, Skype: Kushelev2009, mail: kushelev2011@yandex.ru веб-мани: WM-кошелек R426964799301
|
| В избранное | ||
