← Январь 2012 → | ||||||
1
|
||||||
---|---|---|---|---|---|---|
2
|
4
|
5
|
6
|
7
|
||
9
|
10
|
11
|
12
|
|||
16
|
17
|
18
|
19
|
20
|
21
|
|
23
|
24
|
25
|
26
|
27
|
28
|
|
30
|
31
|
За последние 60 дней 60 выпусков (примерно раз день)
Сайт рассылки:
http://nanoworld.narod.ru
Открыта:
07-10-2005
Статистика
0 за неделю
Пикософт создан!
Выпуск 270 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны, Пикософт создан! Кушелев: В лаборатории Наномир создана коммерческая версия пикософта, которая может выдавать клиентам структуры белков в стандарте PDB и в дополнительном стандарте PIKO 3D лаборатории Наномир, т.е. в виде файлов, которые можно открывать в программе 3DS Max. В качестве примера приведена пикотехнологическая модель инсулина. Файл в стандарте PDB, OCINSAA.ent : PFRMAT TS Так же доступны: вторичная структура в стандарте SS: PFRMAT SS и в стандарте PIKO 2D: Композиционный код: 1,1,4,1,1,4,1,4,4,1,4,1,4,1,4,1,1,1,4,1,1,4,1,1,4,4,3,3,4,1,4,1,1,1,1,1,4,1,1,3,1,1,1,1,1,4,1,1,1,4,1,1,1,1,1 Входными данными для программы PikoSoft являются стандартные файлы из GenBank: ID OCINSAA standard; RNA; MAM; 250 BP. Материал с форума лаборатории Наномир:Виктория Соколик: В настоящее время мы с Prosolver продолжаем совершенствовать интерфейс программы TSP (с моим алгоритмом ), поэтому хочу с ней (программой) присоединиться к Вашей акции по продвижению в народ наших интеллектуальных разработок. Это может быть две сходные программы (Кушелева и Соколик) с немного разными в деталях алгоритмами, интерфейсами и возможностями, но базирующиеся на принципиально новом приёме создания моделей белка путём декодирования его структурного шаблона. В моей программе TSP путём декодирования известной нуклеотидной последовательности (M18533 mRNA. Translation: AAA53189.1.) можно смоделировать структурный шаблон всего белка (3D) с четырьмя структурными доменами (их наличие установлено экспериментально):
В программе Александра Юрьевича тоже должна получиться интересная модель. Я предлагаю Вам А.Ю. её смоделировать в Вашей упрощенной версии 1 октаэдр=1аминокислота. Файл
с нуклеотидной последовательностью вот: FT CDS 1..11055 ATGCTTTGGT GGGAAGAAGT AGAGGACTGT TATGAAAGAG AAGATGTTCA AAAGAAAACA ... Кушелев: Упростив аминокислоту до одной точки, наконец, удалось построить модель из 3685 элементов целиком
-- Nanoworld Laboratory. Alexander Kushelev. Peptide pikotechnology Проверяем пикотехнологию на форуме Molbiol.ru Flyamer,05.01.2012 23:40 пишет:
Кушелев: Для этого нужна нуклеотидная кодирующая последовательность этого белка. Либо в стандарте Генбанка, т.е. файл с расширением dne, либо в стандарте fasta. Если дадите ссылку или сам файл, то я попробую с помощью этого скрипта: http://nanoworld.narod.ru/EMBLReader023L_20101113.txt получить третичную структуру белка. Что касается сборки, то не гарантирую, но попытаюсь.Для скрипта достаточно этих строк:
CDS 145..825 // Композиционный код, полученный по программе Prosolver: 1,3,1,1,4,4,1,4,1,4,4,3,4,1,3,1,1,1,1,3,2,1,1,1,1,1,1,1,1,3 Скрипт для построения третичной структуры белка Cx26: -- Nanoworld Laboratory. Alexander Kushelev. Peptide pikotechnology
Третичная структура коннексина-26. В упрощённой пикотехнологической модели каждый аминокислотный остаток изображён одним 14-гранником. Flyamer,06.01.2012 13:32 пишет:Кушелев: советую распечатывать субъединицы на 3D-принтере и пытаться составить из них четвертичную структуру. Конечно, можно попытаться сложить субъединицы в 3DS Max, как это удалось в случае спирали коллагена и слоя микротрубочки, образованной 13-ю субъединицами, состоящими из A,B и гамма-тубулина. Но в виртуальном пространстве сконструировать четвертичную структуру сложнее, чем из 3D-распечаток. Flyamer,06.01.2012 15:31 пишет:
Пикотехнологическая модель коннексона (в открытом и в закрытом состоянии) Flyamer пишет:
Кушелев: Давайте вместе посчитаем. Шаг альфа-спирали известен - 0,54 нм Считаем число витков, и умножаем на 0.54 нм Если я не ошибся, то внизу получилась масштабная линейка с шагом 0.54 нм. Считаем габаритный размер и размер отверстия. Габаритный размер 0.54*22=~12нм. Это грубая оценка. Если нужно, то можно вывести точный мастшаб в 3DS Max Диаметр отверстия 0.54*(6...7)=~3...4 нм
В этом ракурсе видно, что соседние коннексины должны входить в зацепление и двигаться до внешнего изгиба альфа-спирали соседнего коннексина. Четвертичную структуру удобнее собирать из 3D-распечаток субъединиц. В виртуальном пространстве сборку четвертичной структуры делать значительно сложнее. Хотя, если есть суперкомпьютер, специальные программы, шлем, перчатки, то может быть удобнее будет именно в виртуальном пространстве... Flyamer,07.01.2012 17:03:
Кушелев: Все так считают?
В случае зацепления коннексинов размер отверстия коннексона получается 1.5-2 нм, но нужно учитывать, что в этой модели не показаны радикалы аминокислотных остатков. А радикалы могут уменьшить диаметр отверстия на 0.5...1 нм. Так что имеет смысл построить менее упрощённую пикотехнологическую модель четвертичной структуры коннексона. Flyamer,07.01.2012 17:38 пишет: автор подгоняет результаты работы программы под реальность, все неточности "сбрасывает" на точность РСА. С этим работать невозможно. Кушелев: Программа Пикотех не делает четвертичную структуру. Я же Вам объяснил, что четвертичную структуру приходится собирать вручную. При этом делать это в виртуальном пространстве 3DS Max без виртуальных перчаток, стереошлема и специальной программы очень неудобно. Поэтому с первого раза угадать четвертичную структуру коннексона не удалось. Да и со второго раза тоже, т.к. альфа-спирали налезают друг на друга. Похоже, что субъединицы должны быть несколько повёрнуты по другим осям. Кстати, я не понял, что означает размер Entrance diameter 35A ? Это размер отверстия при максимальном увеличении диафрагмы-коннексона? Тогда получается, что отверстие не может уменьшиться до нуля, как я пытаюсь изобразить в анимации? Тогда понятно, почему альфа-спирали налезают друг на друга. Они просто не могут до такой степени сблизиться, чтобы отверстие уменьшилось до нуля. А с выводами Вы зря торопитесь. Модель ещё не доделана. Есть только пикотехнологическая модель третичной структуры, которая построена автоматически. Flyamer,08.01.2012 13:01 пишет:
Кушелев: У меня тоже нет 3D-принтера, но я заказываю 3D-модели в специализированных мастерских. Это не очень дорого. Десяток субъединиц можно распечатать за 1000 рублей. Если интересно, то могу дать координаты мастерских 3D-печати. Flyamer,08.01.2012 13:01 пишет:
Откуда информация? Если в статье написано, что разрешение 3,5 ангстрема то что, они врут что ли? Кушелев: Они не врут. Просто в статье может быть указана рекордная точность для данной структуры, т.е. авторы спогли, например, определить расстояние между осями симметрии двух альфа-спиральных участков с точностью 1 анстрем. Вполне реально. Но длину этих же участков спирали они определили с точностью до витка, т.е. уже 5.4А, хвост белка РСА вообще не видит, а он может состоять из 30 аминокислотных остатков, т.е. кусок белка длиной ~100 ангстрем вообще не фиксируется методом РСА. Какой смысл повторять этот факт в каждой научной статье? Но у некоторых читателей создаётся иллюзия, что точность РСА одинакова для всех частей молекулы белка. Так и рождаются мифы о невероятной точности РСА Flyamer,08.01.2012 13:01 пишет:Пока 97% белков не кристаллизуются. И, возможно, появится другой метод, не требующий кристаллизации, со сходным разрешением. Кушелев: Этот метод (даже более точный) уже появился в 1992-ом году. Называется пикотехнология. Это не просто моделирование. Это - система модельных экспериментов. Именно из модельных экспериментов определяется форма молекулы белка, ведь программа Пикотех, складывает модель белка из моделей аминокислотных остатков, форма которых определена в модельном эксперименте... Так что сравнение данных РСА и данных программы Пикотех в действительности является сравнением результатов разных экспериментов. При этом модели совпадают с точностью РСА, как менее точного из двух методов. Мегалитические кольца Гамбии. Мегалитические кольца Гамбии. Данное кольцо состоит из 14 одинаковых элементов. Эта резонансная система расчитана на колебательную моду 7HE. Уровень грунта внутри кольца явно превышает уровень грунта за пределами кольца, т.е. перед нами - насыпной холм-"шестерёнка" Цитата: Каждое кольцо состоит из 10-24 столбиков из латерита высотой 100—250 см. В общей сложности известно не менее 1000 таких каменных колец, им посвящён особый музей. Координаты мегалитического комплекса в Синегамбии: 13.69,-15.522 Более светлое пятно диаметром более 2 км отчётливо просматривается уже в этом масштабе. Вероятно, в этой зоне снят грунт на площади около 4 квадратных км.
Здесь видно, что пересохшее русло реки подчищено, причём граница подчистки - ломаная линия...
Дифракционные спиральные диэлектрические резонаторы
Здесь уже видны разные признаки резонансной системы...
Односпиральный дифракционный генератор?
Каменная спираль на склоне... Это в зоне Аркаима. Там три горы с каменными спиралями! http://vymo.ru/arqaim/info:what
Каменные спирали могут быть крупными (десятки метров в диаметре)
Роллрайтский каменный круг
Интересный диэлектрический генератор "трикветра"
Что бы это значило?
Каменная спираль на плато Наска. Диаметр около 50 метров. Судя по точности изготовления это вполне мог быть рабочий источник энергии выпаривательного комплекса... Знак
массой 100 000 тонн!
Координаты: 51.6507,-3.256 Любопытный конь-рельеф длиной более 100 метров. Интересно, сколько он весит и когда появился? В инете практически нет никакой информации об этом... Кто поможет разобраться? Пришельцы использовали искусственные тела?! "Крепость" Святой Анны ... выпаривала исток Азовского моря!
Кушелев: Интересно. Нужно изучить...
Ого! Какая удача...
Координаты: 47.253,40.0887
Не нужно быть Шерлоком Холмсом, чтобы понять, что земляной вал построен не по этому кривенькому плану: и не по этому: Люди вообще не насыпали земляной вал, а только реставрировали... "Крепость" Святой Анны ... выпаривала исток Азовского моря
Приглашение к сотрудничеству для людей умеющих самостоятельно мыслить; не просто умных, а мудрых, которые чувствуют, где истинаЛаборатория Наномир готова к любому взаимовыгодному сотрудничеству. У нас есть сторонники как явные, которые помогают морально и материально, есть очень много пассивных наблюдателей, есть и ярые противники, которые используют любые методы и средства (аморальные и просто преступные), чтобы уничтожить работу лаборатории и дискредитировать ее. В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень, невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды. Вклад каждого не останется незамеченным в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия. В этом году были куплены рубиновые шарики для эксперимента на сумму ~1000 долл. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. В этом же году, вероятно, можно будет создать микроволновую энергетику, т.к. удалось найти сырьё (рубин #8), из которого сделаны рубиновые шарики для эксперимента в Дубне. 28 сентября начался эксперимент по созданию "эликсира вечной молодости". Благодаря первому взносу (в размере 500 долларов) Золдракса и поддержке других соинвесторов. Продолжаются переговоры с потенциальными инвесторами по поводу финансирования этого проекта. Созданы первые версии пикотехнологии, с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий. Сотрудничество может быть различным: - участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное) - совместное создание коммерческого продукта - поиск инвесторов - выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов - конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир - содействие в проведении экспериментов и т.п. - написание совместных научных статей и т.п. - материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами) Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир. +7-926-5101703 , +7-903-2003424 , +7-916-8265031 , Skype: Kushelev2009, mail: kushelev2011@yandex.ru веб-мани: WM-кошелек R426964799301 |
В избранное | ||