← Январь 2012 → | ||||||
1
|
||||||
---|---|---|---|---|---|---|
2
|
4
|
5
|
6
|
7
|
||
9
|
10
|
11
|
12
|
|||
16
|
17
|
18
|
19
|
20
|
21
|
|
23
|
24
|
25
|
26
|
27
|
28
|
|
30
|
31
|
За последние 60 дней 16 выпусков (1-2 раза в неделю)
Сайт рассылки:
http://nanoworld.narod.ru
Открыта:
07-10-2005
Статистика
-2 за неделю
Пикософт создан!
Выпуск 270 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны, Пикософт создан! Кушелев: В лаборатории Наномир создана коммерческая версия пикософта, которая может выдавать клиентам структуры белков в стандарте PDB и в дополнительном стандарте PIKO 3D лаборатории Наномир, т.е. в виде файлов, которые можно открывать в программе 3DS Max. В качестве примера приведена пикотехнологическая модель инсулина. Файл в стандарте PDB, OCINSAA.ent : PFRMAT TS Так же доступны: вторичная структура в стандарте SS: PFRMAT SS и в стандарте PIKO 2D: Композиционный код: 1,1,4,1,1,4,1,4,4,1,4,1,4,1,4,1,1,1,4,1,1,4,1,1,4,4,3,3,4,1,4,1,1,1,1,1,4,1,1,3,1,1,1,1,1,4,1,1,1,4,1,1,1,1,1 Входными данными для программы PikoSoft являются стандартные файлы из GenBank: ID OCINSAA standard; RNA; MAM; 250 BP. Материал с форума лаборатории Наномир:Виктория Соколик: В настоящее время мы с Prosolver продолжаем совершенствовать интерфейс программы TSP (с моим алгоритмом В моей программе TSP путём декодирования известной нуклеотидной последовательности (M18533 mRNA. Translation: AAA53189.1.) можно смоделировать структурный шаблон всего белка (3D) с четырьмя структурными доменами (их наличие установлено экспериментально):
В программе Александра Юрьевича тоже должна получиться интересная модель. Я предлагаю Вам А.Ю. её смоделировать в Вашей упрощенной версии 1 октаэдр=1аминокислота. Файл
с нуклеотидной последовательностью вот: FT CDS 1..11055 ATGCTTTGGT GGGAAGAAGT AGAGGACTGT TATGAAAGAG AAGATGTTCA AAAGAAAACA ... Кушелев: Упростив аминокислоту до одной точки, наконец, удалось построить модель из 3685 элементов целиком
-- Nanoworld Laboratory. Alexander Kushelev. Peptide pikotechnology ![]() Проверяем пикотехнологию на форуме Molbiol.ru Flyamer,05.01.2012 23:40 пишет:
Кушелев: Для этого нужна нуклеотидная кодирующая последовательность этого белка. Либо в стандарте Генбанка, т.е. файл с расширением dne, либо в стандарте fasta. Если дадите ссылку или сам файл, то я попробую с помощью этого скрипта: http://nanoworld.narod.ru/EMBLReader023L_20101113.txt получить третичную структуру белка. Что касается сборки, то не гарантирую, но попытаюсь.Для скрипта достаточно этих строк:
CDS 145..825 // Композиционный код, полученный по программе Prosolver: 1,3,1,1,4,4,1,4,1,4,4,3,4,1,3,1,1,1,1,3,2,1,1,1,1,1,1,1,1,3 Скрипт для построения третичной структуры белка Cx26: -- Nanoworld Laboratory. Alexander Kushelev. Peptide pikotechnology
Третичная структура коннексина-26. В упрощённой пикотехнологической модели каждый аминокислотный остаток изображён одним 14-гранником. Flyamer,06.01.2012 13:32 пишет:Кушелев: советую распечатывать субъединицы на 3D-принтере и пытаться составить из них четвертичную структуру. Конечно, можно попытаться сложить субъединицы в 3DS Max, как это удалось в случае спирали коллагена и слоя микротрубочки, образованной 13-ю субъединицами, состоящими из A,B и гамма-тубулина. Но в виртуальном пространстве сконструировать четвертичную структуру сложнее, чем из 3D-распечаток.
Пикотехнологическая модель коннексона (в открытом и в закрытом состоянии) Flyamer пишет:
Кушелев: Давайте вместе посчитаем. Шаг альфа-спирали известен - 0,54 нм Считаем число витков, и умножаем на 0.54 нм
![]() ![]()
В этом ракурсе видно, что соседние коннексины должны входить в зацепление и двигаться до внешнего изгиба альфа-спирали соседнего коннексина. Четвертичную структуру удобнее собирать из 3D-распечаток субъединиц. В виртуальном пространстве сборку четвертичной структуры делать значительно сложнее. Хотя, если есть суперкомпьютер, специальные программы, шлем, перчатки, то может быть удобнее будет именно в виртуальном пространстве... Flyamer,07.01.2012 17:03:
Кушелев:
Все так считают?
![]() В случае зацепления коннексинов размер отверстия коннексона получается 1.5-2 нм, но нужно учитывать, что в этой модели не показаны радикалы аминокислотных остатков. А радикалы могут уменьшить диаметр отверстия на 0.5...1 нм. Так что имеет смысл построить менее упрощённую пикотехнологическую модель четвертичной структуры коннексона. Flyamer,07.01.2012 17:38 пишет: автор подгоняет результаты работы программы под реальность, все неточности "сбрасывает" на точность РСА. С этим работать невозможно. Кушелев: Программа Пикотех не делает четвертичную структуру. Я же Вам объяснил, что четвертичную структуру приходится собирать вручную. При этом делать это в виртуальном пространстве 3DS Max без виртуальных перчаток, стереошлема и специальной программы очень неудобно. Поэтому с первого раза угадать четвертичную структуру коннексона не удалось. Да и со второго раза тоже, т.к. альфа-спирали налезают друг на друга. Похоже, что субъединицы должны быть несколько повёрнуты по другим осям. Кстати, я не понял, что означает размер Entrance diameter 35A ? Это размер отверстия при максимальном увеличении диафрагмы-коннексона? Тогда получается, что отверстие не может уменьшиться до нуля, как я пытаюсь изобразить в анимации? Тогда понятно, почему альфа-спирали налезают друг на друга. Они просто не могут до такой степени сблизиться, чтобы отверстие уменьшилось до нуля. А с выводами Вы зря торопитесь. Модель ещё не доделана. Есть только пикотехнологическая модель третичной структуры, которая построена автоматически. Flyamer,08.01.2012 13:01 пишет:
Кушелев: У меня тоже нет 3D-принтера, но я заказываю 3D-модели в специализированных мастерских. Это не очень дорого. Десяток субъединиц можно распечатать за 1000 рублей. Если интересно, то могу дать координаты мастерских 3D-печати. Flyamer,08.01.2012 13:01 пишет:
Откуда информация? Если в статье написано, что разрешение 3,5 ангстрема то что, они врут что ли? Кушелев: Они не врут. Просто в статье может
быть указана рекордная точность для данной структуры, т.е. авторы спогли, например, определить расстояние между осями симметрии двух альфа-спиральных участков с точностью 1 анстрем. Вполне реально. Но длину этих же участков спирали они определили с точностью до витка, т.е. уже 5.4А, хвост белка РСА вообще не видит, а он может состоять из 30 аминокислотных остатков, т.е. кусок белка длиной ~100 ангстрем вообще не фиксируется методом РСА. Какой смысл повторять этот факт в каждой научной статье? Но у некоторых
читателей создаётся иллюзия, что точность РСА одинакова для всех частей молекулы белка. Так и рождаются мифы о невероятной точности РСА Пока 97% белков не кристаллизуются. И, возможно, появится другой метод, не требующий кристаллизации, со сходным разрешением. Кушелев: Этот метод (даже более точный) уже появился в 1992-ом году. Называется пикотехнология. Это не просто моделирование. Это - система модельных экспериментов. Именно из модельных экспериментов определяется форма молекулы белка, ведь программа Пикотех, складывает модель белка из моделей аминокислотных остатков, форма которых определена в модельном эксперименте... Так что сравнение данных РСА и данных программы Пикотех в действительности является сравнением результатов разных экспериментов. При этом модели совпадают с точностью РСА, как менее точного из двух методов. Мегалитические кольца Гамбии.
![]() ![]() Цитата: Каждое кольцо состоит из 10-24 столбиков из латерита высотой 100—250 см. В общей сложности известно не менее 1000 таких каменных колец, им посвящён особый музей. Координаты мегалитического комплекса в Синегамбии: 13.69,-15.522
![]()
Здесь видно, что пересохшее русло реки подчищено, причём граница подчистки - ломаная линия...
Дифракционные спиральные диэлектрические резонаторы
Здесь уже видны разные признаки резонансной системы...
![]()
Односпиральный дифракционный генератор?
Каменная спираль на склоне... Это в зоне Аркаима. Там три горы с каменными спиралями! http://vymo.ru/arqaim/info:what
Каменные спирали могут быть крупными (десятки метров в диаметре)
Роллрайтский каменный круг
Интересный диэлектрический генератор "трикветра"
Что бы это значило?
![]()
Каменная спираль на плато Наска. Диаметр около 50 метров. Судя по точности изготовления это вполне мог быть рабочий источник энергии выпаривательного комплекса... Знак
массой 100 000 тонн!
Координаты: 51.6507,-3.256 Любопытный конь-рельеф длиной более 100 метров. Интересно, сколько он весит и когда появился? В инете практически нет никакой информации об этом... Кто поможет разобраться? Пришельцы использовали искусственные тела?! ![]() "Крепость" Святой Анны ... выпаривала исток Азовского моря!
Кушелев: Интересно. Нужно изучить...
Ого! Какая удача...
Координаты: 47.253,40.0887
Не нужно быть Шерлоком Холмсом, чтобы понять, что земляной вал построен не по этому кривенькому плану: и не по этому: Люди вообще не насыпали земляной вал, а только реставрировали... "Крепость" Святой Анны ... выпаривала исток Азовского моря
Приглашение к сотрудничеству для людей умеющих самостоятельно мыслить; не просто умных, а мудрых, которые чувствуют, где истинаЛаборатория Наномир готова к любому взаимовыгодному сотрудничеству. У нас есть сторонники как явные, которые помогают морально и материально, есть очень много пассивных наблюдателей, есть и ярые противники, которые используют любые методы и средства (аморальные и просто преступные), чтобы уничтожить работу лаборатории и дискредитировать ее. В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень, невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды. Вклад каждого не останется незамеченным в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия. В этом году были куплены рубиновые шарики для эксперимента на сумму ~1000 долл. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. В этом же году, вероятно, можно будет создать микроволновую энергетику, т.к. удалось найти сырьё (рубин #8), из которого сделаны рубиновые шарики для эксперимента в Дубне. 28 сентября начался эксперимент по созданию "эликсира вечной молодости". Благодаря первому взносу (в размере 500 долларов) Золдракса и поддержке других соинвесторов. Продолжаются переговоры с потенциальными инвесторами по поводу финансирования этого проекта. Созданы первые версии пикотехнологии, с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий. Сотрудничество может быть различным: - участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное) - совместное создание коммерческого продукта - поиск инвесторов - выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов - конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир - содействие в проведении экспериментов и т.п. - написание совместных научных статей и т.п. - материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами) Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир. +7-926-5101703 , +7-903-2003424 , +7-916-8265031 , Skype: Kushelev2009, mail: kushelev2011@yandex.ru веб-мани: WM-кошелек R426964799301 |
В избранное | ||