Выпуск 233

 Лаборатория Наномир

Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и меркнут чудеса ...

Продолжаем создание пикотехнологических моделей.

Видео: http://video.yandex.ru/users/nanoworld2003/view/33/

Эта модель фосфолипида была создана ещё в 1991-ом году. В настоящее время она дополнена разъёмным подшипником скольжения, сделанным из кнопки для одежды. Это позволяет смоделировать процесс изомеризации липида при взаимодействие с фосфатными группами ДНК/РНК.

 Пикотехнологическая модель четырехатомного фосфора P4

Пикотехнологические (кольцегранные) пластмассовые модели P4 были созданы в начале 90-ых годов прошлого века.Подробнее.

Молекула фосфора, состоящая из 4 атомов. Пикотехнологическая модель молекулярной поверхности и внутренних оболочек.

Ключевые слова: hi-tech, kozhevnikov, kushelev, nanoworld lab, ogrzevalski, p4, snelson, sokolik, модель, молекула, пикотех, фосфор

Скрипт:

p = #()
px = #(4.2,-4.2,4.2,-4.2,-4.2,4.2,-4.2,4.2); py = #(-4.2,-4.2,4.2,4.2,4.2,4.2,-4.2,-4.2); pz = #(4.2,4.2,4.2,4.2,-4.2,-4.2,-4.2,-4.2)
pa = #(35.27,35.27,-35.27,-35.27,35.27,35.27,-35.27,-35.27); pb = #(45,-45,45,-45,45,-45,45,-45)
-- P4
newmat = multimaterial name:"MyMultiMat" numsubs: (14)
newmat[1].faceted = on
newmat[2].faceted = on
newmat[3].faceted = on
newmat[4].faceted = on
newmat[5].faceted = on
newmat[6].faceted = on
newmat[7].faceted = on
newmat[8].faceted = on
newmat[9].faceted = on
newmat[10].faceted = on
newmat[11].faceted = on
newmat[12].faceted = on
newmat[13].faceted = on
newmat[14].faceted = on
newmat[1].diffuse = (color 200 0 0)
newmat[2].diffuse = (color 200 100 100)
newmat[3].diffuse = (color 0 200 200)
newmat[4].diffuse = (color 0 0 200)
newmat[5].diffuse = (color 100 0 200)
newmat[6].diffuse = (color 200 0 200)
newmat[7].diffuse = (color 150 0 0)
newmat[8].diffuse = (color 100 50 0)
newmat[9].diffuse = (color 0 80 50)
newmat[10].diffuse = (color 100 100 100)
newmat[11].diffuse = (color 0 200 0)
newmat[12].diffuse = (color 200 200 0)
newmat[13].diffuse = (color 255 255 255)
newmat[14].diffuse = (color 0 0 0)
for ll = 1 to 8 do (p[ll] = torus radius1:4.8 radius2:0.4 segs:20 sides:12 position: [px[ll],py[ll],pz[ll]] wirecolor:[0,200,0]
rotate p[ll] pa[ll] [1,0,0]; rotate p[ll] pb[ll] [0,1,0])
select #(p[01],p[02],p[03],p[04],p[05],p[06],p[07],p[08])
macros.run  "Modifier stack" "convert_to_Mesh"
m1 = copy p[01]
-- m2 = copy p[02]
m3 = copy p[03]
m4 = copy p[04]
-- m5 = copy p[05]
m6 = copy p[06]
-- m7 dno
m7 = copy p[07]
-- m8 = copy p[08]
g1 = group #(m1,m3,m4,m6,m7)
scale g1 [2,2,2]
g2 = group #(p[01],p[02],p[03],p[04],p[05],p[06],p[07],p[08])
g3 = group #(g1, g2)
move g3 [12.5,12.5,12.5]
ungroup g3
ungroup g1
move m7 [-16.7,-16.7,-16.7]
ungroup g2
attach p[01] p[02]
attach p[03] p[04]
attach p[05] p[06]
attach p[07] p[08]
attach p[01] p[03]
attach p[05] p[07]
attach p[01] p[05]
p[01].material = newmat[11]
attach m1 m3
attach m4 m6
attach m1 m4
attach m1 m7
m1.material = newmat[1]
attach m1 p[01]
m2 = copy m1
m2.pivot = [0,0,0]
rotate m2 180 [0,0,1]
attach m1 m2
m2 = copy m1
m2.pivot = [0,0,0]
rotate m2 90 [0,0,1]
rotate m2 180 [0,1,0]
rotate m2 90 [0,0,1]
attach m1 m2
m1.pivot = [0,0,0]
m1.rotation.controller[2].controller.value = 0
animate on
at time 100 m1.rotation.controller[2].controller.value = 360

 Волноводный переход с прямоугольного на треугольное сечение.

Возможно, что в волноводном переходе с прямоугольного на треугольное сечение будет реализовано преобразование типа волны...

Скрипт для 3DS Max:

m = mesh vertices: #([2,-6,-3],[2,-6,3],[-2,-6,3],[-2,-6,-3],[6,6,-3],[0,6,5],[-6,6,-3]) \
faces: #([1,2,3],[1,3,4],[5,7,6],[2,6,3],[1,5,2],[2,5,6],[3,6,7],[3,7,4],[1,4,5],[4,7,5]) \
wirecolor: [200,200,220]

Материал с форума лаборатории Наномир:

diprospan: http://www.nbuv.gov.ua/portal/natural/RiE/2007_3/12-3-7.pdf

Кушелев: Неплохо они колебательную моду 11EH "прощупали" smile

Кушелев: Любопытная маскировка летательного аппарата под птицу :)

Кушелев: Исследование подвижности электронов, образующих ДНК/РНК показало, что максимальная гибкость приводит к изменению шага спирали ДНК, в частности, к изменению расстояния между соседними фосфатными группами, расположенными вдоль одиночной спирали. В других направлениях ДНК, точнее участки рибозы, тоже обладают гибкостью, хотя и в меньшей степени. Как смоделировать эти свойства пока до конца не ясно, но без учёта гибкости одиночной цепи ДНК/РНК не удастся создать адекватную виртуальную модель тРНК. Так что скрипт-генератор ДНК/РНК придётся дополнить алгоритмом, учитывающим гибкость рибозы по разным направлениям на каждом  сочленении атомных групп типа CH2.

Видео: http://video.yandex.ru/users/nanoworld2003/view/34/

В данной демонстрации использовалась модель нуклеотида с вариантом азотистого основания от Виктории Соколик. Вариант азотистого основания не влияет на гибкость и другие свойства рибозы smile

Для моделирования ДНК/РНК нужны профессиональные программисты. Я написал скрипт-генератор ДНК/РНК фактически для рекламы этого направления. Чтобы показать, что даже примитивная программа, реализующая простейший геометрический алгоритм, даёт результаты, о которых молекулярные биологи, использующие нанотехнологические модели, могут только мечтать :)

http://www.iontorrent.com/
Full Name: Alexander Kushelev
Title: Pikotechnology (DNA/RNA/peptides...)
Company: Nanoworld Laboratory
Subject: Pikotechnological DNA-constructor
Phone Number: +7-926-5101703
Email Address: nanoworld#yandex.ru
Details:
Linear pikotechnological DNA-model: http://video.yandex.ru/users/nanoworld/view/2204/
Pikotechnological DNA-constructor: http://video.yandex.ru/users/nanoworld2003/view/30/#
tRNA (ACC-end + aminoacid): http://video.mail.ru/bk/yaroslav2008/22/100.html
tRNA (codon + anticodon): http://video.yandex.ru/users/nanoworld2003/view/20/
tRNA (Navigation system): http://video.yandex.ru/users/nanoworld2003/view/17/
Details (Russian): http://nanoworld88.narod.ru/data/227.htm

Other models: http://video.yandex.ru/users/nanoworld/collection/22/
The table of the composite genetic code (TCGC):
(Russian): http://nanoworld88.narod.ru/data/212.htm
Pikotecnology (1994): http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/9950224.htm
site: http://nanoworld.narod.ru/
English texts (2011): http://nanoworld88.narod.ru/data/231.htm
Science and popular articles: http://nanoworld88.narod.ru/forum/science/001.htm
Old texts (English): http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.eng/index.htm
Russian: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/text2000.htm
Subscribe to the Ion Forum newsletter

 Материал с форума лаборатории Наномир:

eisschole:

В нашем недалеком будущем ученые прогнозируют прорыв компьютерных технологий. Скоро системы, которые мы могли видеть лишь в фильмах фантастики станут реальностью.

Помогали в проектировании нового чуда техники консультанты науки из фильмов Стивена Спилберга совместно с g-speak. Что у них вышло можете посмотреть сами.

http://youtu.be/dyMVZqJk8s4

Кушелев: С такой технологией можно быстро собирать виртуальные пикотехнологические модели ДНК/РНК...

http://www.niipp.ru/Russian/products/mixer_diode.html

Почтовый адрес: 634034, Россия, г. Томск, ул. Красноармейская, 99а

Факс (3822) 555-089

Заказ: M53401-3 - 3 шт.

Что такое "научный мир"?

Материал с форума лаборатории Наномир:

Из кн. Жак Бержье "Проклятые книги"

ДВОЙНАЯ СПИРАЛЬ

Книжку профессора Джеймса Д. Уотсона «Двойная спираль» легко найти в любом книжном магазине. Его французский перевод был выпущен издательством «Robert Laffont». Существуют также несколько английских изданий в твёрдом переплёте и карманное издание в мягкой обложке.
Почему я выбрал это сочинение для того, чтобы завершить свой рассказ о проклятых книгах? Потому что оно два раза едва не исчезло из оборота: сначала никто не хотел его издавать, потом его усиленно хотели замолчать.
И ещё потому, что история этой книги проливает свет на природу цензуры, на мотивы запретов и даже на природу самой науки.
Начнём с личности автора. Профессор Джеймс Д. Уотсон родился в Чикаго в 1928 году; в 1950 м он получил докторскую степень в Индианском университете, затем работал в Копенгагене и Кембридже, где сделал выдающиеся открытия в области наследственности. В 1962 году он разделил Нобелевскую премию с профессорами Френсисом Криком и Морисом Уилкинсом за открытие молекулярной структуры «наследственной» кислоты ДНК. Молекула этой кислоты образует двойную спираль.
(Заметим – и это наблюдение принадлежит лично мне, не надо его приписывать профессору Уотсону, – что эта спираль до странности напоминает кадуцей, древний символ медицины.)
Это открытие обычно называют одним из самых выдающихся открытий нашего века. Оно привело к расшифровке генетического кода и проложило путь для контроля человеческого разума над наследственностью и мутациями.
По поводу исследований подобного рода, объединённых под именем молекулярной биологии, Фред Хойл написал: «Через двадцать лет физики, которым не выдумать ничего, кроме безобидной водородной бомбы, будут работать на свободе. Но молекулярных биологов упрячут за решётку».
Рассказ об этом великом открытии, написанный одним из его авторов, должен был, естественно, иметь огромный успех. Но отрывки из книги, напечатанные в «Atlantic Monthly», вызвали смятение. А когда рукопись прочли целиком, смятение перешло в ярость.
Дело в том, что профессор Уотсон не стал церемониться ни с кем и ни с чем. В его книге научная среда нисколько не напоминает собрание благородных умов, занятых поисками истины, она похожа скорее на разбойничий притон, где все подстраивают друг другу всевозможные гнусные каверзы. Можно подумать, что речь идёт о партии большевиков или мафии, а не о науке, какой мы привыкли себе её представлять.
Высказывания такого рода – не новость. Жорж Дюамель и Жюль Ромен уже писали нечто подобное. Но гениальный учёный, нобелевский лауреат такое выбалтывает впервые. Кроме того, книга заканчивается вовсе не образом благородного шествия истины, а портретом профессора Уотсона, отправляющегося позабавиться с девицами в Сен Жермен де Пре!
На издателей оказывали всевозможное давление. Безуспешно. Тогда учёные сговорились не писать на неё рецензий. Один выдающийся учёный объявил в серьёзном английском журнале «Nature»: «Вам легче будет уговорить пастора написать рецензию на порнографическую книгу, чем найти учёного, который согласится поговорить о „Двойной спирали“.
И всё же книга имела успех. Вышло американское издание, затем английское в переплёте у Вейнденфельда и Никольсона в 1968 году, «Penguin Books» в 1970 м, французский перевод, переводы по всему миру.
«Двойную спираль» надо прочесть. Поэтому я не стану приводить слишком длинные цитаты из этой книги. Скажу только, что профессор Джеймс Д. Уотсон вполне справедливо замечает:
«Вразрез с распространённым представлением, которое поддерживают газеты и матери учёных, очень многие из учёных не просто ограниченные зануды, но к тому же законченные идиоты».
Это напоминает мне слова одного моего прославленного друга, который после собрания Нобелевского фонда, где присутствовали восемнадцать нобелевских лауреатов, сказал мне: «Процент кретинов среди нобелевских лауреатов такой же, как везде».
Впрочем, в «Двойной спирали» встречаются не одни лишь кретины. Там есть и бесчестные люди, которые борются за власть, подкидывают арбузные корки под ноги тем, у кого возникают новые идеи, и ставят личную неприязнь выше интересов науки. Единственное, что для них имеет значение, – это финансирование и награды.
Что касается молодого профессора Уотсона – в год, когда он сделал своё открытие, ему было двадцать пять лет, – он не скрывает, что больше всего его занимали в то время прелестные девушки, работающие в Англии за стол и кров.
Я знаю многих учёных, которые с удовольствием свернули бы шею профессору Уотсону, но сделать это, к несчастью, уже поздно. Попытки задушить книгу провалились, и Уотсон получил возможность высказаться откровенно. В предисловии сэр Лоуренс Брэгг, выдающийся специалист по рентгеновским лучам и сын учёного, открывшего преломление рентгеновских лучей, попытался спасти положение: «Те, о ком идёт речь в этой книге, – пишет он, – должны читать её, настроившись на прощение. Ситуация нередко бывала более сложной, а побуждения людей, с которыми Уотсону приходилось иметь дело, – менее коварными, чем ему казалось».
Вполне возможно. Это не отнимает у книги её обезоруживающей откровенности. О своём коллеге Френсисе Крике Уотсон пишет так: «Я никогда не замечал у него каких либо проявлений скромности». И дальше опять о Крике: «Он говорит быстрее и громче всех других, и достаточно услышать его голос, чтобы с лёгкостью определить его местонахождение в Кембридже».
Некоторые портреты такого рода явно доставили всем удовольствие, но, воспользовавшись языком рекламы, скажем, что репутации науки, имиджу учёных был нанесён такой удар, от которого им нелегко будет оправиться, если вообще удастся это сделать.
В другое время или при других политических обстоятельствах или другом строе книга никогда не вышла бы, а Уотсон оказался бы в концентрационном лагере, как это произошло в СССР с генетиком Вавиловым.
Уотсон походя разрушает множество штампов. К примеру, миф о коллективной работе: двое трое учёных без особого оборудования и без высоких дипломов (Френсис Крик даже не был доктором, когда вместе с Уотсоном открыл структуру ДНК) совершили одно из величайших открытий всех времён.
Миф о прикладной математике тоже рушится: Крик и Уотсон применяли расчёты, не превосходившие сложностью тройное правило, короче, обошлись здравым смыслом и моделями типа конструктора, сделанными для них механиком. Само собой разумеется, никаких компьютеров у них не было.
В настоящее время профессор Уотсон преподаёт в Гарвардском университете молекулярную биологию и биохимию и, вероятно, продолжает крушить привычные понятия. Он открыл самое мощное оружие из всего, чем человечество располагает на сегодняшний день. Модифицируя структуру ДНК и введя её в таком изменённом виде в организм человека, можно производить либо улучшенных людей, либо, поднимаясь по ступенькам от низшего к высшему, добраться до сверхчеловеческого мутанта.
Что мне нравится в Уотсоне – он не притворяется скромником. Он пишет просто и откровенно: «Мы открыли тайну жизни». И он прав, это действительно та великая тайна, которая позволит роду человеческому установить контроль за наследственностью.
Некоторые учёные считают, что надо уничтожить не только популярную книгу Уотсона, но и саму его научную работу. Выдающийся биолог сэр Мак Фарлан Барнет пишет: «Существуют вещи, которых знать не следует; они слишком опасны». Зато другие генетики считают, что необходимо, напротив, идти вперёд. Нобелевский лауреат У. Ниренберг пишет: «Я думаю, что через двадцать пять лет станут программировать человеческие клетки при помощи синтетических посредников, а клетки бактерий – уже через пять лет».
Он написал это в 1969 году, а началось всё с работ, проделанных молодыми парнями, у которых и средств то почти не было! Но у них была смелость и были идеи. Вот этим «Двойная спираль» и нанесла жестокий удар почтенной науке и научному big business, который называют ещё меганаукой.
Эта книга показывает, что дело не в финансировании, – Уотсону вечно не хватает сотни долларов, – а в уме! И нельзя не задаться вопросом, почему огромные организации меганауки, которые тратят миллиарды долларов, не добиваются никаких результатов, в то время как несколько парней в лаборатории, носящей славное и загадочное имя физика Кавендиша, преобразуют мир. Уотсон издевается над встречами, где собираются по две тысячи биохимиков и говорят, говорят без передышки, а слушатели тем временем постепенно расползаются. Среди редких академиков, не выполняющих роль снотворного, он называет Жака Моно, который позже получил Нобелевскую премию и написал замечательную книгу «Случай и необходимость», упоминавшуюся выше.
Отметим, что Уотсон открыл и ещё кое что совершенно новое – пол у бактерий, – о чём до сих пор никто не подозревал. Вообще, все его книги и статьи полны новых идей.
И вот здесь встаёт проблема, выходящая за рамки «Двойной спирали»; проблема замалчивания и цензуры открытий, проблема «Людей в чёрном». Бертран Рассел справедливо пишет: «Люди боятся оригинальной мысли больше, чем чего либо другого на Земле, больше разорения, больше самой смерти». А ведь оригинальная мысль как раз и высказана в «Двойной спирали» с большей силой, чем в любой другой недавно вышедшей книге, и именно это, как мне кажется, вызывало и продолжает вызывать тревогу куда сильнее, чем описание вражды и борьбы в научной среде.
Последствия, которые может иметь открытие Уотсона и его коллег, были изучены группой специалистов; составлена таблица, которую можно найти в книге Г. Реттрея Тейлора «Биологическая революция». Аналогичная таблица была составлена экспертами из «Rank Corporation».

Первая фаза – с 1971 до 1975 года

– Трансплантация членов и органов тела.
– Оплодотворение человеческих яйцеклеток в пробирках.
– Имплантация оплодотворённой яйцеклетки в матку женщины.
– Неограниченная консервация яйцеклеток и сперматозоидов.
– Предопределение пола по желанию.
– Бесконечное продление клинической смерти.
– Изменение сознания при помощи наркотиков и регулирование желаний.
– Стирание памяти.
– Искусственная плацента.
– Синтетические вирусы.

Вторая фаза – до 2000 года

– Изменение сознания и перестройка личности.
– Введение памяти и переписывание памяти.
– Дети, «изготовленные» промышленным способом.
– Полностью перестроенные организмы.
– Искусственное охлаждение организма.
– Продление молодости.
– Размножение животных черенками.
– Синтезирование одноклеточных организмов.
– Регенерация органов.
– Гибриды человек животное по типу химер.

Третья фаза – после 2000 года.

– Отмена старости.
– Синтезирование полноценных живых организмов.
– Мозг, отделённый от тела.
– Соединение мозга с компьютером.
– Изъятие и введение генов.
– Размножение человека черенками.
– Связь между мозгом и мозгом.
– Гибриды человек машина.
– Бессмертие.

Первая мысль, которая приходит в голову при перечне этих предсказаний, – они не посмеют! Но «Двойная спираль» как раз показывает, что люди, подобные Уотсону, способны на всё. Дух Прометея и Фауста, овладевший некоторыми из персонажей этой книги, дух, который с переменным успехом на протяжении веков пытались подавить, вырвался на свободу. И под знаком двойной спирали отправляется завоёвывать мир.
Дж. Б. С. Хелден пишет: «То, чего не было, будет, и никто не убережётся от этого».
Будущие историки, может быть, решат, что «Двойную спираль» скорее, чем все другие проклятые книги, о которых здесь говорилось, следовало подвергнуть цензуре и уничтожить, чтобы помешать человеку добиться такой мощи, с которой ему уже не справиться. А может быть, они сочтут, что последнее слово не останется за «Людьми в чёрном», что прогресс можно замедлить, но остановить его нельзя и что человек в конце концов все равно добьётся высшей мощи, какие бы силы этому ни противились.
«Двойная спираль» – книга, свободная от каких либо философских или моральных соображений. Автор умнее тех обветшалых учёных, которых он высмеивает, но он абсолютно не отягощён чувством ответственности за судьбу человечества. В то время как большинство учёных согласились на ограничения в распространении своих открытий лишь в очень узком кругу специалистов, Уотсон только и думает о том, чтобы их обнародовать. Потому и вызывает негодование. Он не скрывает, что жаждет денег, славы и власти – именно в таком порядке. Но, преследуя эти цели, Уотсон открывает перед человечеством удивительные пути.
Очевидно, остаётся выяснить, сможет ли человечество пережить открытия, вытекающие из «Двойной спирали», список которых мы привели.
Лично я считаю, что человечество может пережить всё что угодно и что перечисленные мной проклятые книги были уничтожены напрасно. Но это мнение личное, а следовательно спорное.
Интересно было бы проследить за психологической эволюцией профессора Уотсона, придёт ли к нему чувство ответственности перед людьми. Пока это молодой хищник, одержимый духом алхимиков и доктора Фауста.
Будущее покажет, останутся ли Уотсон и его друзья последними биологами, работающими свободно, не принудят ли их преемников к соблюдению строжайшей тайны и не будут ли введены суровые ограничения на публикацию их работ.
Как бы там ни было, конец нашего века обещает быть интересным.

Комментарий Виктории Соколик - биолога из Харькова:

Здорово! Приведенный отрывок подчеркивает, что для генерирования новых идей нужны не только сила ума, интуиция и огромный кругозор, но пожалуй ещё в большей степени смелость и честность. Ну и огромное терпение, без которого не пробиться через заслон "людей в чёрном". Надо ещё понимать, что эта хорошо организованная и сплочённая структура "научного сообщества" (чтобы не сказать мафии smile) иначе существовать и функционировать не в состоянии. Они сильны только в своём вынужденном сплочении и истинна здесь перестаёт играть хоть какую-то роль. Важным остаётся удержаться на выборенной "непосильным трудом" жёрдочке карьерной лестницы. Однако целесообразность такой структуры всё-таки есть: они обусловливают преемственность знания. Я имею ввиду профессорско-преподавательский коллектив Вузов, а не чиновников Ваков и академий. Беда в другом, что студентам при подачи информации не высвечивается то огромное количество белых пятен и прорех в даваемом материале, а наоборот замалчивается. В результате чего у слушателей складывается псевдоцелостностное представление об устройстве мира, которое последние как слепые котята радостно продолжают тиражировать.
Такие учёные как Джеймс Д. Уотсон устроены иначе. Им не нужна свита и карьера, чтобы застолбить себе тёплое местечко на научном лежбище "научных котиков" smile. Это совсем другой психологический тип: люди да Винчи или гении. К этой категории относиться и А.Ю. Кушелев. Таких людей меньшинство (10%), но именно им человечество обязано своим прогрессом, поскольку люди да Винчи получают удовольствие от постижения неизвестного, а не от усвоения и повторения известного, как все остальные.
Проблема современного кризиса в науки (будь-то физика или биология, да и математика, судя по грустной истории с Перельманом) в её безответственном игнорировании своего назначения. Обвиняя новаторов в "абсолютном не отягощении чувством ответственности за судьбу человечества", научное сообщество в борьбе за гранты и финансирование продолжает строчить "брехливую науку", отчеты то за использованные деньги писать надо. Хуже всего, что публикуется огромное количество "результатов научных исследований", которым нельзя верить, особенно медицинским. Я подозреваю, что скоро произойдет перенасыщение полученными "новыми" результатами, которые сформируют трясину для любой их интерпретации. Новые концепции то на гора почти не выдаются, а те,  что выдаются, сразу же освистываются или замалчиваются, поскольку понять и оценить их рецензенты просто не в состоянии ибо это выходит за рамки того, чему их учили.