| ← Декабрь 2010 → | ||||||
|
1
|
3
|
4
|
5
|
|||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
6
|
7
|
8
|
9
|
10
|
11
|
12
|
|
13
|
14
|
15
|
16
|
17
|
18
|
19
|
|
20
|
21
|
25
|
26
|
|||
|
27
|
28
|
29
|
30
|
31
|
||
За последние 60 дней 61 выпусков (несколько раз в день)
Сайт рассылки:
http://nanoworld.narod.ru
Открыта:
07-10-2005
Статистика
0 за неделю
Биологи узнаЮт в пикотехнологических моделях формы знакомых белков...
|
Выпуск 208 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны, Биологи узнаЮт в пикотехнологических моделях формы знакомых белков...  Так изображают аминокислоты в "современных" учебниках молекулярной биологии.. Victoria: Нуклеотидная последовательность тропонина С: FT CDS 1..450 Kushelev: Благодарю! Сейчас попробую построить по ней пикотехнологическую модель
с помощью скрипта для 3D Studio. Это оказался тот самый тропонин, который я закачал на Яндекс-видео первым  И похоже, что именно этот troponin-C я моделировал вручную из 8000 пластмассовых колец в ~1992-ом году...  Хотя, может быть, из пластмассовых колец я моделировал похожий, но другой тропонин-Ц / troponin-C, например, этот:  А может быть и ещё какой-нибудь другой. Я тогда не знал, что этих тропонинов-Ц много...
Пикотехнологическая модель РНК-полимеразы бактериофага t7. Там же, в описании, можно посмотреть нуклеотидную последовательность. Подробности Гормон CRH. Пикотехнологическая модель / Pikotechnological model Homo sapiens corticotropin (CRHBP). Pikotechnological model. Кортикотропин. Пикотехнологическая модель. Пикотехнология онлайн / Pico / Piko technology online Кушелев: Теперь все желающие могут почувствовать себя великими пикотехнологами современности. Для этого достаточно кликнуть на этой ссылке. и Вы попадаете в виртуальный мир пикотехнологий. Достаточно поставить галочку против одного из названий белков, и Вы увидите их вторичную и пространственную структуры. Но пикотехнологи могут построить новый белок, который ещё никто до них не строил. Для этого достаточно
выбрать вкладку "Edit Source", и вставить вместо примера любой генетический код. Для начала можно взять код из базы данных: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide Ген гормона плаценты, гонадотропина: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AY307175.1 CDS
114..392 И на первом же белке удалось сделать маленькое открытие:
Таких длинных участков 310-спирали я раньше
не встречал. Может быть Вам удастся сделать более крупное открытие, воспользовавшись пикотехнологией-online ? Создаём пикотехнологическую модель тРНК / tRNA
Виктория Соколик:
А.Ю., давайте в виртуальной реальности 3D Max воплотим то, что
представлено на физических кольцегранных моделях пока ещё отдельных
деталей тРНК аланина. тРНК аланина имеет такую первичную и вторичную структуру. Я для удобства перевернула это изображение вверх ногами: На
следующем фото можно видеть общий вид антикодонового стебля с
антикодоновой петлёй и триплета (IGC) -- антикодон (выделен синим
цветом по рибозе). На предыдущей схеме это верхний фрагмент тРНК.
Инозитол -- первый нуклеотид антикодона, который взаимодействует с
третьим нуклеотидом антикодона урацилом. Эта комплементарная пара
детерминирует один из трёх ротамерных вариантов пептидной связи,
которым аминокислота аланин должна быть присоединена к растущей
полипептидной цепи в ходе матричного синтеза на рибосоме. Стебель антикодоновой петли (комплементарные пары G (фиолетовый)--C (желтый) и A (зелёный)--U (красный): Общий вид дигидроуридиловой петли. На схеме это правый фрагмент тРНК.  Стебель дигидроуридиловой петли Легко заметить, что пространственная структура тРНК не зависит от набора комплементарных пар A-U и G-C, а лишь от их количества в стеблях петель. Всё самое интересное в неспаренных нуклеотидах, в том числе и минорных. Псевдоуридиловая петля со стеблем, вариабельная петля и
ацилированный стебель ещё в работе. К Новому году думаю состоятся.
Однако начать можно со скриптов для уже имеющихся деталей. Далее их
можно просто модифицировать, меняя азотистые основания. Интернет-трансляция из студии Ярослава Старухина Тема: Вопросы к менеджеру-Ярославу Кушелев: Я бы на Вашем месте писал видео- и аудиосигналы на флэшку и регулярно выкладывал наиболее интересные фрагменты на сервера, чтобы можно было посмотреть и послушать трансляцию не только плохого, но и DVD-качества. Вот примеры: Вот что видно из филиала лаборатории Наномир в коммуналке (Москва): http://video.yandex.ru/users/nanoworld/view/2272/ nanoworld: Фрагмент записи из студии Ярослава Старухина (на ту же камеру 2010.11.21): http://video.yandex.ru/users/nanoworld/view/2273/ Первый ролик записанный 2010.11.21 в студии Ярослава Старухина: http://video.yandex.ru/users/nanoworld/view/2274/
Кадр из сюжета N3 от 2010.11.21 К сожалению, длинные сюжеты (более 750Мб) нельзя загрузить на Яндекс-видео, поэтому их придётся делить на части... Так что либо ищите способ размещать фрагменты "весом" более 750 Мб, либо ищите эффективную программу для разрезания mpg-файлов на фрагменты до 750Мб. "Скажите номер вашей планеты в тентуре или хотя бы номер Галактики в спирали..." Кушелев: Две девушки в кадре - это число интернет-зрителей в квадрате Кстати, не пора ли переименовать тему в "Server Global Wave"?  Разговор с Дубной на тему ближайшего измерительного эксперимента. Ориентировочно ближайший измерительный эксперимент в Дубне с моим участием планируется на следующей неделе. Дата будет уточняться специалистами из Дубны. Студия Ярослава Старухина, прямая трансляция 2010.11.21 Фрагмент N8 видеозаписи (230Mb). Работа ученого глазами обывателя Психолог: Приводим пример типичного рассуждения обывателя о работе ученого. У людей имеется стереотип, что, с одной стороны,
ученый-гений - это совершенно одержимый человек, которому вообще чуждо все земное (что, по большому счету, верно), который должен не спать, не есть, а все время "пилить и пилить". Уникальность личности ученого-гения настолько велика, что почувствовать это могут только люди сами личностно развитые, не зашоренные, которые тоже творцы в чем-то в своей жизни, которые чувствуют себя свободными. Обыватель же обычно относится с недоверием, везде видит подвох и считает ученого либо ненормальным, либо обманщиком... Потому как ход мыслей зачастую совсем непонятен. Ведь как в жизни, в бизнесе - вложил деньги - получил прибыль. А тут другое. Сколько сделано открытий, изобретений прежде чем будет получена прибыль. Совместить несовместимое невозможно - невозможно быть ученым и менеджером в одном лице. Один увидит великие свершения, другой только болтовню. Каждому свое!
Кушелев: В своё время в СССР было модно посылать студентов с профессорами на картошку, ну в помощь селу. Там интересный случай произошёл (мне отец рассказывал). Один профессор, которого поставили на фасовку картофеля складывал картошку в бумажные мешки и в каждый мешок свою визитку клал. -Зачем? Профессор: Ну как же. К любому товару должно быть сопровождение. Допустим, Вам не понравилось, как он упакован, Вы звоните на предприятие, сообщаете фамилию упаковщицы, и к ей могут предъявить претензию за некачественную работу. На моей визитке есть телефон. Каждый может позвонить и высказать претензию по качеству моей работы. Я получаю профессорскую зарплату за эту работу. Должен отвечать за качество. -И сколько же стоит упаковка картофеля профессором? Профессор: Считайте сами. Моя зарплата 600 рублей в месяц (новыми это около 2000 долл.). Если принять, что рабочих дней около 20, то в день получается 30 рублей. Вчера я упаковал 30 пакетов. Больше работой не обеспечили. Получается рубль за упаковку. В пакете 3 кг картошки по 10 копеек за кг. Получается, что государство заплатило за мою профессорскую упаковку в 10 раз больше, чем стоит сама картошка. "Я другой такой страны не знаю..." Кушелев: Вот и я "другой такой страны не знаю", где интеллектуальный потенциал используется для вычерпывания отстоя... > меня настораживают фразы, мол моё личное время стоит денег, моя квалификация стоит 200 уе в час, да на данном этапе она вообще ничего не стоит... Кушелев: Во-от. Так и считалось в СССР, когда посылали на картошку профессоров. А сегодня президент говорит о том, что пора бы начать учитывать интеллектуальную собственность, иначе от России скоро ничего не останется... Ты не умеешь учитывать
интеллектуальную собственность, определять квалификацию научных
работников. Для тебя моя квалификация ничего не стоит. А для президента
России уже стоит Ты своё время не ценишь. Написал 150 килобайт текста в чате, истратил на это десятки часов своего квалифицированного труда, но не можешь этого осознать. А я могу. Получился отличный учебный материал, который я в ближайшее время опубликую на форуме. Сколько тебе ещё времени нужно, чтобы дочитать 300-килобайтный текст до конца? Неделя уже прошла... > ... а будут стоить дела совершенные для какой то фирмы, для которой ты принесешь прибыль хоть какую то... Кушелев: Вот видишь, ты даже не в курсе, что такое затратный период. Ты умеешь считать только прибыль Вчера
в новостях написали про оборудование
автотранспорта (автобусы, троллейбусы...) турникетами. Какой-то умник
догадался оборудовать автобусы турникетами по западному образцу. В
результате автобус проходит тот же маршрут, но в два раза медленнее.
Естественно, что пассажиров он стал перевозить меньше, прибыль упала,
вероятно, тоже раза в два (точные данные не афишируются). На
оборудование турникетами истрачено 40 миллионов долл. государственных
денег. Теперь спрашивают, где взять деньги на демонтаж турникетов?
Эксперимент обошёлся налогоплательщикам в астрономическую сумму, на
фоне которой 40 миллионов долларов - просто пыль *** Когда я работал в МЭИ на каф. АЭС, в научной группе было несколько сотрудников. Я был одним из трёх инженеров. Моей задачей была разработка измерительных схем, настройка аппаратуры, обучение техников снимать показания и т.д. Второй инженер занимался гидравликой. Третий инженер по существу был партийным работником, т.е. занимался идеологией, партсобраниями, субботниками и т.д. 8 человек, которые получали от 92 рублей чистыми (я) до 600 рублей, не считая вычетов, т.е. грязными (научный руководитель). В среднем где-то 250 рублей. Зарплата группы получалась около 2000 рублей в месяц старыми. Это приблизительно 6000 долл. новыми. ~180 000 рублей новыми. И это только зарплата. Для исследования, которое длилось 3 года была закуплена аппаратура (анализатор спектра, усилители сигналов, многоканальный магнитофон и т.д.) стоимостью 50 000 долл. старыми. Это 150 000 долл. новыми. Вот в такой научной группе я проработал 3 года. Потом случилась перестройка, моя зарплата снизилась до 6 долл. в месяц, и я нашёл инвестора, который предложил мне вдвое больше, т.е. 12 долл. в месяц (старыми), что достаточно скромно, но зато не нужно тратить деньги на транспорт, а работать можно дома. С этого момента мои научные исследования стали развиваться значительно быстрее, т.к. у меня появилось больше времени на науку. Это я рассказываю для того, чтобы ты понял, как была организована работа в рядовой научной группе во времена СССР. Я работаю иначе. Инвестор передаёт мне сумму денег, которую он решил вложить в мои научные исследования. Его не интересует, как я буду их тратить. Его интересует результат. Деньги, как ты знаешь, достаточно скромные, т.е. типовое помещение для лаборатории в Москве на эти деньги снять нельзя. Тем не менее, свободное время есть, а это - главная валюта. Она и позволяет мне вести научные исследования. Конечно, эффективность могла бы быть во много раз выше, но для этого нужно поднять уровень финансирования. > все что у тебя крутится в голове оно как было 20 лет так и осталось без продвижений, Кушелев:
А ты расскажи своими словами, что же у меня крутится в голове? Очень
интересно послушать... Особенно про настройку скрипта "Пикотех" от
Дениса Савина. Кстати, его не было 20 лет назад. Он появился всего
несколько лет назад. А ты попробуй хотя бы перечислить темы, которые
"крутятся у меня в голове". Интересно, сколько их у тебя получится? > зато проедено и прожито много денег - отдачи никакой, прибыли нет. Кушелев: А ты расскажи, как ты оценил,
что движения "черепашьи"? Можно на примере скрипта "Пикотехнология".
Его уже сегодня можно использовать в научных исследованиях по
молекулярной биологии, генной инженерии и т.д. Программист получил за
написание скрипта по моему алгоритму 300 долл. Скрипт может экономить
по 10 000 долл. на каждой структуре белка, а таких структур он может
определить миллион. В рекламных целях я уже построил с его помощью
дюжину пикотехнологических моделей разных белков, в частности,
коллекцию тропонинов, формы которых узнаваемы специалистами.
Прокомментируй >с
другой стороны кто я тут в этой ситуации, человек который пытается на
начальном этапе как то помочь и присматривается ко всей этой кухне, Кушелев: А денежки ты где увидел? Пока преобладает отстой > еще здесь есть много трепа на форуме, якобы научном..., но на самом деле куча бормонят сидят и прикалываются над тобой по полной программе , а ты им подигрываешь, получая удовольствие, неееет дела так не решаются Кушелев: Бормонята были нужны на начальном этапе, т.е.
"для разогреву". А теперь на форуме лаборатории Наномир бормонят уже не
осталось. Всех забанили Конечно, при наличии нормального финансирования так дела не решаются, а если денег нет, поём песни > Еще я точно знаю, у человека который бы был одержим своими идеями и которые находятся на полшага от их реализации так бы себя не вел..., Кушелев: Ты точнее напиши: ты бы на моём месте так
себя не вёл. И с этим я соглашусь. Каждый ведёт себя так, как считает
нужным. А ты можешь предложить, как надо себя вести. При этом надо
обосновать и дать прогноз результатов поведения. И мы посмотрим,
сбудется ли твой прогноз или "пальцем в небо"? > он бы работал и работал, стремился проработать каждую деталюшечку, где-то что-то найти, где-то что-то сделать руками, где-то догвоориться, где то подзаработать... Кушелев: Именно так я и
работал на начальном этапе. Но со временем к этой работе стали
подключаться всё новые участники. Началось финансирование моих
исследований. Деталюшечки уже не пришлось делать напильником и
лобзиком. Появилась возможность заказать их на токарном, фрезерном и
других станках... Почему сейчас я не настраиваю эти уникальные станки и не прорабатываю каждую деталюшечку? Да потому что они уже проработаны. Более того, удалось применить для рубиновых генераторов изделия массового производства. Если разработка типового магнетрона стоит сегодня около миллиона долларов, то рубиновый супермагнетрон я могу сделать из 4 рубиновых шариков для прецизионных подшипников, которые оптом стоят по 0.7 долл. Но во-первых, для включения этого генератора нужен либо ускоритель, либо электронно-лучевая сварка, хотя от неё включить раз в 100 сложнее... А
проблемой оказалось купить алмазные свёрла и моторчик для сверления
этих шариков. "Мелочёвка", поэтому шарики будут лежать
непросверленными, пока Кушелев не заработает на оборудование для их
сверления. Я правильно понял твою мысль? Кстати, интересно было бы
услышать, куда ты меня на подработки отправляешь? Какую работу ты
предлагаешь мне выполнять, чтобы "самому заработать на мелочёвку и на
съём помещения для лаборатории"? Ждём-с конкретных предложений Нобелевская премия по химии 2009 года
Цитата: Нобелевская премия по химии 2009 года. Молекулярная фабрика из добелкового мира. Опубликовано empirv в 27 декабря, 2009 - 16:12 В этом году Нобелевская премия по химии присуждена американцу Тому Стайцу из Йельского университета, британскому учёному Венкатраману Рамакришнану из лаборатории молекулярной биологии в Кембридже и профессору Института Вейцмана (Израиль) Аде Йонат. Эти исследователи определили структуру рибосомы. Что такое рибосома и как она работает? Зачем нужно её изучать и, в частности, почему было так важно определить структуру этого громадного макромолекулярного комплекса? Как можно использовать полученные знания на практике? Постараемся ответить на эти вопросы. Исправляем ошибки в учебнике молекулярной биологии...
Исправленная картинка. Итак, если я не ошибаюсь, правые альфа- и 310-спирали получаются из D-форм аминокислот, а в учебнике написано, что из L-форм. Давайте разберёмся, кто прав? Итак, откуда пошло утверждение, что альфа-спираль белка построена из L-форм аминокислот?  Абстрагируемся на время от радикалов аминокислот...  Eсли
вращать группу COOH вокруг оси, соединяющей её с атомом C-альфа, то
можно получить три устойчивых пространственных изомера L-формы
аминокислоты и D-формы аминокислоты. С этим Вы согласны? При этом одна
из них может вращать ось поляризации в одну сторону, а две других - в
другую. Согласны? Отсюда следует, что направление поляризации не
указывает, какая форма аминокислоты находится в растворе. Правильно? А
значит экспериментаторы могли ошибиться, заявив, что белки строятся из
аминокислот L-форм. Другое дело - альфа-спирали. Если они правые, то
должны вращать ось поляризации света вправо, т.к. разные радикалы
меняют это значение в противоположных направлениях, и при усреднении
дают вклад близкий к нулевому. Так что учебники по молекулярной
биологии придётся слегка подправить...
|
| В избранное | ||
