Перечень проблем, возникающих с внедрением и уходом за приложениями управления материально-производственными запасами предприятия, (обновление, расчёт времени простоя, сохранение, устаревание программного обеспечения, и т.д.) может быть очень длинной. Такого рода проблемы могут даже самую стабильную компанию заставить перепрофилироваться только для того, чтобы получить другую сеть поставщиков или же другую программную реализацию управления материально-техническими запасами.