Чтобы запустить какую-нибудь программу из текущего каталога, наберите "./имя_программы". (Bash ищет программы в каталогах, определяемых в системной переменной PATH. По умолчанию в этот перечень каталогов не входит текущий каталог из соображений безопасности).
Вы можете посмотреть свой PATH, используя команду: echo $PATH. Для изменения PATH для всех пользователей системы - отредактируйте файл /etc/profile, а чтобы изменить PATH для конкретного пользователя - файл /home/user_login_name/.bash_profile. Если вы действительно хотите иметь в PATH текущий каталог, добавьте в строку "PATH=" символ "." (точку).