В марте 1979 года, во время мятежа в городе Герат, последовала первая просьба афганского руководства о прямом советском военном вмешательстве (всего таких просьб было около 20). Но комиссия ЦК КПСС по Афганистану, созданная ещё в 1978 году, доложила Политбюро ЦК КПСС об очевидности негативных последствий прямого советского вмешательства, и просьба была отклонена.
Однако гератский мятеж заставил провести усиление советских войск у советско-афганской границы и по приказу министра обороны Д. Ф. Устинова началась подготовка к возможному десантированию в Афганистан посадочным способом 105-й гвардейской воздушно-десантной дивизии.
Дальнейшее развитие ситуации в Афганистане — вооружённые выступления исламской оппозиции, мятежи в армии, внутрипартийная борьба и особенно события сентября 1979 года, когда лидер НДПА Нур Мохаммад Тараки был арестован и затем убит по приказу отстранившего его от власти Хафизуллы Амина — вызвали серьёзное беспокойство у советского руководства. Оно настороженно следило за деятельностью Амина во главе Афганистана, зная его амбиции и жестокость в борьбе за достижения личных целей. При Амине в стране развернулся
террор не только против исламистов, но и против членов НДПА, бывших сторонниками Тараки. Репрессии коснулись и армии, главной опоры НДПА, что привело к падению её и без того низкого морального боевого духа, вызвало массовое дезертирство и мятежи. Советское руководство боялось, что дальнейшее обострение ситуации в Афганистане приведёт к падению режима НДПА и приходу к власти враждебных СССР сил. Более того, по линии КГБ поступала информация о связях Амина в 1960-е годы с ЦРУ и о тайных контактах его эмиссаров
с американскими официальными представителями после убийства Тараки.
Бывший начальник Управления нелегальной разведки КГБ СССР, генерал-майор Ю.И. Дроздов, утверждает, что введение наших войск в Афганистан было объективной необходимостью, так как американцы туда активно лезли, в том числе выдвигали свои технические наблюдательные посты к нашим южным границам и заключили соглашение с Китаем по Афганистану. Кроме того, Советский Союз и раньше несколько раз вводил свои войска в Афганистан с подобной миссией и не планировал там надолго задерживаться. По его словам существовал
план вывода советских войск из Афганистана в 1980 году, подготовленный лично им, совместно с генералом армии С.Ф. Ахромеевым, который впоследствии был уничтожен по указанию Председателя КГБ СССР В.А. Крючкова.
В итоге было решено готовить свержение Амина и замену его более лояльным СССР лидером. В качестве такового рассматривался Бабрак Кармаль, чью кандидатуру поддерживал председатель КГБ Ю. В. Андропов.
При разработке операции по свержению Амина было решено использовать просьбы самого Амина о советской военной помощи. Всего с сентября по декабрь 1979 года было 7 таких обращений. В начале декабря 1979 года в Баграм был направлен так называемый «мусульманский батальон» — отряд особого назначения ГРУ — специально созданный летом 1979 года из советских военнослужащих среднеазиатского происхождения для охраны Тараки и выполнения особых задач в Афганистане. В первых числах декабря 1979 года министр обороны СССР
Д. Ф. Устинов сообщил узкому кругу должностных лиц из числа высшего военного руководства, что в ближайшее время будет, очевидно, принято решение о применении советских войск в Афганистане. С 10 декабря по личному приказанию Устинова проводилось развёртывание и отмобилизация частей и соединений Туркестанского и Среднеазиатского военных округов. Начальник Генерального штаба Н.В. Огарков, однако, был против ввода войск.
Решение о вводе войск было принято на заседании Политбюро 12 декабря 1979 года:
К положению в «А».
1. Одобрить соображения и мероприятия, изложенные тт. Андроповым Ю. В., Устиновым Д. Ф., Громыко А. А. Разрешить им в ходе осуществления этих мероприятий вносить коррективы непринципиального характера. Вопросы, требующие решения ЦК, своевременно вносить в Политбюро. Осуществление всех этих мероприятий возложить на тт. Андропова Ю. В., Устинова Д. Ф., Громыко А. А.
2. Поручить тт. Андропову Ю. В., Устинову Д. Ф., Громыко А. А. информировать Политбюро ЦК о ходе выполнения намеченных мероприятий".
По свидетельству В.И. Варенникова, в 1979 года единственным членом Политбюро, не поддержавшим решение об отправке советских войск в Афганистан, был А.Н. Косыгин, и с этого момента у Косыгина произошёл полный разрыв с Брежневым и его окружением.
13 декабря 1979 года была сформирована Оперативная группа Министерства обороны по Афганистану во главе с первым заместителем начальника Генерального штаба генералом армии С.Ф. Ахромеевым, приступившая к работе в Туркестанском военном округе с 14 декабря. 14 декабря 1979 года в Баграм был направлен батальон 345-го гвардейского отдельного парашютно-десантного полка, для усиления батальона 111-го гвардейского парашютно-десантного полка 105-й гвардейской воздушно-десантной дивизии, который с 7 июля 1979 года
охранял в Баграме советские военно-транспортные самолёты и вертолёты.
Одновременно Кармаль и несколько его сторонников были тайно привезены в Афганистан 14 декабря 1979 года и находились в Баграме среди советских военнослужащих. 16 декабря 1979 года была произведена попытка убийства Амина, но он остался жив, и Кармаля срочно вернули в СССР. 20 декабря 1979 года из Баграма в Кабул был переброшен «мусульманский батальон», который вошёл в бригаду охраны дворца Амина, что существенно облегчило подготовку к запланированному штурму этого дворца. Для этой операции в середине декабря
в Афганистан прибыли также 2спецгруппы КГБ СССР.
До 25 декабря 1979 года в Туркестанском военном округе были подготовлены к вводу в Афганистан полевое управление 40-й общевойсковой армии, 2 мотострелковые дивизии, армейская артиллерийская бригада, зенитно-ракетная бригада, десантно-штурмовая бригада, части боевого и тылового обеспечения, а в Среднеазиатском военном округе — 2 мотострелковых полка, управление смешанного авиакорпуса, 2 авиаполка истребителей-бомбардировщиков, 1 истребительный авиаполк, 2 вертолётных полка, части авиационно-технического
и аэродромного обеспечения. В качестве резерва в обоих округах были отмобилизованы ещё три дивизии. На доукомплектование частей было призвано из запаса более 50 тысяч человек из среднеазиатских республик и Казахстана, было передано из народного хозяйства около 8 тыс. автомобилей и другой техники. Это было крупнейшее мобилизационное развертывание Советской Армии с 1945 года. Кроме того, к переброске в Афганистан также была подготовлена 103-я гвардейская воздушно-десантная дивизия из Белоруссии, которая уже 14
декабря была переброшена на аэродромы в Туркестанском военном округе.
К вечеру 23 декабря 1979 года было доложено о готовности войск к вводу в Афганистан. 24 декабря Д. Ф. Устинов подписал директиву № 312/12/001, в которой говорилось:
«Принято решение о вводе некоторых контингентов советских войск, дислоцированных в южных районах нашей страны, на территорию ДРА в целях оказания помощи дружественному афганскому народу, а также создание благоприятных условий для воспрещения возможных антиафганских акций со стороны сопредельных государств».
Участие советских войск в боевых действиях на территории Афганистана директивой не предусматривалось, не был определен порядок применения оружия даже в целях самообороны. Правда, уже 27 декабря появился приказ Д. Ф. Устинова о подавлении сопротивления мятежников в случаях нападения. Предполагалось, что советские войска станут гарнизонами и возьмут под охрану важные промышленные и другие объекты, высвободив тем самым части афганской армии для активных действий против отрядов оппозиции, а также против возможного
внешнего вмешательства. Границу с Афганистаном было приказано перейти в 15:00 московского времени (17.00 кабульского) 27 декабря 1979 года. Но ещё утром 25 декабря по наведенному понтонному мосту через пограничную реку Амударья переправился 4-й батальон 56-й гвардейской десантно-штурмовой бригады, которому поставили задачу захватить высокогорный перевал Саланг на дороге Термез — Кабул, чтобы обеспечить беспрепятственный проход советских войск.
В Кабуле части 103-й гвардейской воздушно-десантной дивизии к полудню 27 декабря закончили десантирование посадочным способом и взяли под свой контроль аэропорт, блокировав афганскую авиацию и батареи ПВО. Другие подразделения этой дивизии сосредоточились в назначенных районах Кабула, где получили задачи по блокированию основных правительственных учреждений, афганских воинских частей и штабов, других важных объектов в городе и его окрестностях. Над Баграмским аэродромом после стычки с афганскими военнослужащими
установили контроль 357-й гвардейский парашютно-десантный полк 103-й дивизии и 345-й гвардейский парашютно-десантный полк. Они также обеспечивали охрану Б. Кармаля, которого с группой ближайших сторонников вновь доставили в Афганистан 23 декабря.