Несколько структур из этого списка в полном размере:
04:48 Роман: Точно, забыл написать. Там в архиве я только исполняемый файл добавил, им нужно заменить прежний исполняемый файл. А все остальное не поменялось. Я ближе к концу этой недели снова смогу продолжить делать программу.
Это сделать отдельной программой или в рамках binary_ss?
11:02 Александр Кушелев: Странно. Можете прислать комплект файлов? С новым экзешником старый комплект не работает.
Как Вам удобнее.
Это всё, что делает последняя версия программы. Картинки не появляются, а сообщение выдаётся сразу.
И нужны будут исходники последней версии, когда она будет работать на моём компьютере.
Кстати, на моём компьютере обнаружили два вируса. Может быть они портят программу? Как бы от них избавиться?
TR/Crypt.XPACK.Gen3 и HEUR/Malware
11:14 Роман: Странно.. я пришлю сегодня
Распаковываем первый архив, затем распаковываем второй. В первый архив помещаем файл из второго(заменяем файл).
Binary_SS.rar 15.3 MB
исполняемый файл, конфиг, библиотека opencv и папка с кирпичиками, она должна лежать в корне проекта, чтобы корректно все работало
Binary_SS.rar 66.3 KB
версия программы со шрифтом italic + исправлен кирпич для пролина
Вы так пробовали?
Не, дело точно не в этом..
Нужно какой-нибудь антивирус установить, например, AVG, он бесплатный. Скачать, установить и запустить проверку
11:31 Александр Кушелев: У меня установлен антивирус, но он почему-то не срабатывает. А программа работать не хочет. Старая версия работает. Новая выдаёт сообщение: "Program was finished" и ничего не делает.
Заменяю версию "Italic" на предыдущую. Работает.
Может быть на моём компьютере нет этого шрифта Italic?
А "исправлен кирпич для пролина" находится в экзешнике или это изменённая папка с графическими элементами? Вы можете весь комплект, который работает на Вашем компьютере, прислать? Вы написали, что вечером. Жду.
11:39 Роман: В "исправлен кирпич для пролина" находится только экзешник новый. Который надо закинуть в папку из первого архива
Да, я скину
Не, там шрифт этот внутри библиотеки OpenCV находится
11:52 Александр Кушелев: Тогда странно
15:04 Роман: Binary_SS.rar 22.1 MB прога и исходники
16:16 Александр Кушелев
Этот экзешник работает. Буду тестировать...
Всё отлично работает! Теперь нужна программа, которая будет обрабатывать десятки/сотни тысяч фаст в одной папке. А потом можно будет и за 3D модуль взяться
19:20 Роман: Окей, начну делать с программы обработки fasta
19:57 Александр Кушелев: Ура!
28 June 2024 10:42 Александр Кушелев
0037_CAK6928568.1.fasta 293.3 KB
Фаста для тестирования. Могут быть ещё раза в три крупнее.
fasta_big.rar 170.3 KB
Папка с фастами для теста. В архиве может быть вирус! Мне не удаётся избавиться от вирусов... Может быть Вы сумеете через программу AnyDesk или TeamViewer удалить с моего компьютера вирусы?
14:48 Роман: Насчёт вирусов: я Вам рекомендую на форуме в разделе специальном создать тему, там помогают квалифицированные специалисты. Вот только нужно будет следовать их инструкциям.
Я сам однажды обращался, мне помогли. Бывает, попадаются вирусы, которые сложно вылечить. Там с такими справятся. Прогу начну делать на этих выходных, на неделе вообще времени не было.
Только тему надо создавать по правилам. Вот тут описано:
18:32 Роман: Надеюсь, что там помогут, там очень грамотные специалисты есть
18:54 Александр Кушелев: Благодарю!
30 June 2024 14:01 Роман: Александр, добрый день!
Готова первая версия программы Fasta2Image, которая обрабатывает все файлы из папки fasta и в зависимости от параметров конфигурации создаёт компактные/развернутые изображения. Но есть и не очень хорошая новость. В папке, что Вы мне скидывали с большими фастами, для двух из них программа не может построить развернутую графику. Я пока не разобрался, связано ли это с ресурсами компьютера, или нет. Дело в том, что я работаю на довольно старом ноутбуке, и , возможно, у меня просто ресурсов не хватает, чтобы выполнить построение такого гигантского по высоте изображения. Может, у Вас все построится нормально. Пришлю архив сейчас для тестов.
Fasta2Image.rar 15.3 MB
14:18 Александр Кушелев: Для крупных фаст можно сделать деление на куски. Ещё был бы интересный режим сохранения картинки в таком виде:
Начало (20 строк) и конец (10 последних строк). Желательно вывод в такой форме тоже задавать в конфиге. И размер блоков для вывода полной структуры.
17:20 Роман: Тоже думал об этом. Только надо определиться, начиная с какого размера мы файл считаем большим. Да, как вариант, такое можно сделать. Такой вариант можно использовать если наткнулся на большой белок и в конфиге стоит единичка, например. А маленькие белки выводить полностью.
17:45 Александр Кушелев: С 1000 аминокислотных остатков (желательно это число задавать в конфиге)
1 July 2024 06:48 Роман: Вы пишите: .. и размер блоков для вывода полной структуры
Я: это имеется в виду то, что на картинке выведено 20 первых и 10 последних элементов? То есть в конфиге 2 числа задаём, например:
sizeBegin = 20
sizeEnd = 10
Верно понял суть?
10:07 Александр Кушелев: Кстати, эти параметры тоже интересно задавать в конфиге. Но я имел в ввиду разбиение на части по 1000 аминокислотных остатков. 1000 или не 1000 - тоже надо задать в конфиге. Может оказаться удобнее другое число для конкретной группы белков.
10:59 Роман: Окей, на этой неделе начну делать.
11:30 Александр Кушелев: Ура!
16:51 Роман: Fasta2Image.rar 15.3 MB
Fasta2Image с исходниками
2 July 2024 23:14 Александр Кушелев: Благодарю!
Приглашение к сотрудничеству
На базе научного открытия нами создан онлайн-сервис по определению структуры белковых молекул. Теперь мы сможем зарабатывать вместе.
По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллиард раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру.
Наш лозунг: "В 1000 раз лучше, в 1000^3 быстрее и в 1000 раз дешевле!"
Ваша задача заключается в размещении рекламы на онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволила на одном персональном компьютере за неделю определить структуры всех 115 000 белков человека, для которых известна нуклеотидная кодирующая последовательность. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллиард раз по быстродействию и в 30 раз шире по номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы.
Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не предел.
Инвестирование научных проектов
Приглашаем инвесторов и меценатов.
Как продвинуть цивилизацию на новый уровень своего развития и получить при этом огромные прибыли?
- Вложить деньги в научные разработки.
Новейшие виды экологически чистых и мощных источников энергии, средство для продления жизни, высокие технологии.
Все это реально создать в ближайший год-два при наличии достаточного финансирования.
Готовые коммерческие продукты
1. Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY
2. Сверхдобротные одномодовые диэлектрические резонаторы в т.ч. с большим диапазоном перестройки
3. Станки для производства высокодобротных одномодовых резонаторов
4. Технология изготовления сапфировых линз
5. Магнитный тороидально-сферический конструктор
Проекты
01 Ruby Emdrive (Микроволновый двигатель без реактивной струи)
02 Ruby Power Source (Микроволновый источник энергии)
03 Средство продления жизни (Возвращение молодости)
04 Октаэдрический редуктор
05 Шестеренчатая передача Кушелева
06 Магнитный подвес-стыковка-герметизация модулей
07 Ионно-микроволновый фрактальный излучатель
08 Гибкий отражатель из жестких элементов
09 Энциклопедия "Наномир"
10 Экспертиза
11 Конструктивные компьютерные игры
12 Интеллектуальный кодовый замок
13 Очки кругового обзора
14 Тетраэдрический сканер
15 Программируемая архитектура
16 Источник энергии промышленной частоты
17 Источник энергии постоянного тока
18 Монокристаллическая видеокамера
19 Система определения активных участков белка
20 Тераваттный лазер непрерывного действия
21 Бактериальный синтез алмазов
22 Шестеренчатые передачи с тремя степенями свободы
23 Сверхсветовая связь
24 Безосевая шестеренчатая передача
25 Aктивный язык программирования
26 Телевидение миллиметрового и оптического диапазонов
27 Микроволновая архитектура
28 Компьютерный экран из автономных элементов
29 Чтение / запись ДНК
30 Сверхсветовая локация / зрение
31 Нейтрализатор акустического сигнала
Коммерческое предложение:
Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.
Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).
В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.
Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.
Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структуре Вашего белка.
Сотрудничество может быть различным:
- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)
- совместное создание коммерческого продукта
- поиск инвесторов
- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов
- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир
- содействие в проведении экспериментов и т.п.
- написание совместных научных статей и т.п.
- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)
Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.
