Подписаться Бесплатная «Золотая» новостная рассылка Подписчиков 2.104 RSS

←   Май 2022   →
						1
2	3	4	5	6	7	8
9	10	11	12	13	14	15
16	17	18	19	20	21 21.05.2022 11:45:20 22:10:16	22
23	24	25	26 26.05.2022 01:19:28 12:57:10 22:05:32	27	28	29
30	31

За последние 60 дней 60 выпусков (примерно раз день)

Сайт рассылки: http://nanoworld.narod.ru
Открыта: 07-10-2005

Автор

Kushelev

Статистика

2.104 подписчиков
0 за неделю

• Выпуски
• Статистика

←   Все выпуски   →

819 Шедевры белковой архитектуры.Часть 6.

Выпуск 819 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны, уходят в тень и  меркнут чудеса ... [10:45, 27.05.2022] Александр Кушелев: Альфа-спираль получилась левая, но это не страшно. Я не угадал знак угла psi. Он не 120, а минус 120 градусов. Группы C=O наклонены неправильно, но тут уже проблема интерпретатора... [11:01, 27.05.2022] Дарья: Вы ж уже это делали все [11:02, 27.05.2022] Александр Кушелев: И чем кончилось? Геометрия пи-спирали получается при значениях углов phi=-60, psi=-120 [11:30, 27.05.2022] Александр Кушелев: Если угол phi=120, а угол psi остаётся -120, то получается традиционный бета-стренд  :) [11:30, 27.05.2022] +7 916 656-58-29: много картинок. не понял. Как это поможет в дальнейшем ? [11:30, 27.05.2022] Александр Кушелев: Поможет, если удастся подобрать правильные пары углов фи и пси. Те, что указаны в картах Рамачандрана не соответствуют пикотехнологическим моделям. [11:35, 27.05.2022] +7 916 656-58-29: Естественно. они не для пикотехнологических моделей [11:36, 27.05.2022] Александр Кушелев: А если подобрать углы, чтобы ход основной цепи был правильным, то стандартные браузеры покажут правильно основную цепь. А радикалы будут торчать как получится Проблема в том, что геометрия пептидной группы в стандартных браузерах неправильная. Там не туда торчат оси вращения. И как ни крути, правильной структуры не получается. При этом в стандартных браузерах группы атомов крутятся вокруг связей, а в реальности оси вращения не совпадают ни по числу осей, ни по направлению вращения. Поэтому всё-таки  нужно делать свой 3D-браузер... Вот такие элементы нужно уметь программировать: http://nanoworld88.ru/files/700-800/712.htm Подробнее Если на моделирование одного элемента уходят годы, то на создание браузера жизни точно не хватит. Нужно искать программиста, который может написать 3D модуль за реальные сроки. [12:20, 27.05.2022] +7 916 656-58-29: Нужно - значит ищи. [12:20, 27.05.2022] Александр Кушелев: А разве есть альтернатива? [12:20, 27.05.2022] +7 916 656-58-29: Ты о чем ? Про какую альтернативу ? [12:21, 27.05.2022] Дарья: Есть. Это я когда дойду до правильного алгоритма. Сама и спрограммирую как надо [12:22, 27.05.2022] Александр Кушелев: Если до правильного алгоритма, который показан на проволочных моделях, нужно идти годы, то такая альтернатива тоже в одну жизнь не уложится [12:22, 27.05.2022] Дарья: Мы опять идём по кругу. День сурка [12:24, 27.05.2022] +7 916 656-58-29: Саша ,ты про какую альтернативу говоришь ? [12:24, 27.05.2022] Александр Кушелев: Про ту, что через год снова "окунай мочало, начинай сначала" Я помню, как пытался объяснять Дарье, сколькими способами можно положить один правильный треугольник на второй. Так до сих пор и не знаю, удалось или нет? :) [12:26, 27.05.2022] +7 916 656-58-29: Какая альтернатива может быть твоему поиску ? [12:27, 27.05.2022] Александр Кушелев: Альтернатива поиску - довольствоваться тем, что есть. :) [12:27, 27.05.2022] Дарья: Мы вообще то про белки. Это часто мудро.  Тише едешь дальше будешь [12:28, 27.05.2022] +7 916 656-58-29: Так ты отказался сам. Значит потратишь время свое на что-то полезное [12:30, 27.05.2022] Александр Кушелев: Так сколько лет можно биться, как об стенку горох? Конечно нужно  искать другое, т.е. эффективное решение. [12:30, 27.05.2022] +7 916 656-58-29: Ищи [12:31, 27.05.2022] Дарья: ))) [12:33, 27.05.2022] Александр Кушелев: Зато 2D Пикотех получился очень даже классно. Вот, свежий результат:    Подробнее [12:37, 27.05.2022] +7 916 656-58-29: это картинки . и только картинки + словосочетание "фрактальная спираль". Некий такой вот тобой придуманный сленг. "Между слоями может находиться зона реактора в т.ч. сверхвысокого или сверхнизкого давления. При этом  реактор может быть гиперзвуковой..." - например. Ты же уже на этом языке общался с микробиологами в пущино. тебя не поняли. совсем не поняли. Нету такого языка [12:39, 27.05.2022] Дарья: Пусть пусть все нормально [12:39, 27.05.2022] +7 916 656-58-29: будем считать, что "зона реактора" есть жидкость, что скорее всего так и есть. В жидкости скорость звука 1500м.с = это и есть гиперзвуковая скорость. Что НОВОГО ты сказал ? [12:40, 27.05.2022] Александр Кушелев: В Пущино меня как раз понял директор института. Он и вопросы по делу задавал. Это всё на видео записано. Но на следующий день он мне позвонил и сказал, что "оказывается лаборатория Наномир не принадлежит академии наук. В таком случае сотрудничество невозможно. Если опубликуете видео, я подам на Вас в суд." [12:40, 27.05.2022] Дарья: Опять тот же цикл друзья) [12:41, 27.05.2022] Александр Кушелев: Что касается фрактальных спиралей, то есть же 3D модели, где видно, как из одинаковых участков альфа- или пи- или других фундаментальных спиралей складывается спираль второго фрактального уровня. [12:42, 27.05.2022] Дарья: Какой же сленг фрактальная спираль). Сленг говорят все. А это говорит только Александр [12:42, 27.05.2022] +7 916 656-58-29: "есть же 3D модели" но твои 2д картинки к ним не имеют никакого отношения [12:43, 27.05.2022] +7 916 656-58-29: Да не сленг. ты верно сказала. не прав. [12:45, 27.05.2022] Дарья: Ну пусть говорит. Никто не против [12:46, 27.05.2022] Александр Кушелев: 2D схемы имеют прямое отношение к 3D моделям. Это просто другое представление. Вот 3D модель программной (фрактальной) спирали, которая состоит из одинаковых фрагментов альфа-спирали (по 2 аминокислотных остатка), которые соединени пи-поворотом:  [12:46, 27.05.2022] Дарья: Уау [12:47, 27.05.2022] Александр Кушелев: А это - 2D-схема той же спирали Кушелева:    Подробнее Так же однозначно связана структура альфа-спирали с её 2D-схемой [12:50, 27.05.2022] Дарья: Я думала спирали белков а оказалось Кушелева). Ну с другой стороны. Да за ради Бога) [12:55, 27.05.2022] Александр Кушелев: До этого были известны альфа-, бета-, пи-, 310-спирали, а я открыл программную спираль, где коды альфа- и пи-спирали чередуются. Ну и назвал её Q-спираль. А потом были открыти тысячи разновидностей программных спиралей и даже новый тип белковой структуры, "вязь":    Подробнее [12:56, 27.05.2022] Дарья: Я поняла. А вязь это чего? Кружево скоро будет. Это циклопептиды [12:57, 27.05.2022] Александр Кушелев: Вы посмотрите анимацию. Как будто крючком связано [12:57, 27.05.2022] +7 916 656-58-29: Нет объяснения того, что есть такое "программная спираль" [12:58, 27.05.2022] Александр Кушелев: Когда 3D коды чередуются по программе. [12:58, 27.05.2022] Дарья: В коммьюнити нет но это он же ввёл ) [12:59, 27.05.2022] Александр Кушелев: Если 3D коды одинаковые, то получаются фундаментальные спирали, например, 111111 - альфа-спираль 2222222222 - бета 3333333333 - пи 4444444444 - 310 А если программное чередование, например, 13131313131 - то получается программная Q-спираль Из одинаковых аминокислот можно собрать огромное разнообразие программных спиралей. Вот примеры:    Подробнее [13:02, 27.05.2022] Дарья: Понятно [13:05, 27.05.2022] +7 916 656-58-29: Это и до тебя было понятно. Есть N - кол-во вариантов "действий". Есть М - кол-во "шагов" действий, которые можно сделать. Далее - да хоть перебором  проводи шаги действий У тебя отсутствует самое важное - краевые условия заданы частично. не все. [13:08, 27.05.2022] Александр Кушелев: Структура программируется. Она зависит не от граничных условий, а от программы. Нет ограничений на комбинации 3D кода. Другое дело, что не любые комбинации дают хорошие белки. В процессе эволюции выживают только нужные [13:10, 27.05.2022] Дарья: Конечно! [13:32, 27.05.2022] +7 916 656-58-29: Верно но не истина [14:27, 27.05.2022] Александр Кушелев: Схемы типичных фрактальных (программных) спиралей:  Шедевры белковой архитектуры Часть 6.  "Мерцающий" фрактал, где чередуются участки альфа-спиралей PACP (красный) с модифицированными уастками PACP (розовый). Каждое такое чередование означает поворот фрактальной спирали. Из участков альфа-спиралей (красный) складывается второй фрактальный уровень спирали. Фрактальная спираль на основе альфа-спиральный участков (красный) переходит в другую фрактальную спираль на основе пириодов SSPAPVFPGGLR, которые могут выполнять функцию сложных суставов (три пролина в периоде). Фрактальная спираль на основе альфа-спиральных участков (красный) "Мерцающий" фрактал, спираль на основе 310-спиральных участков (оранжевый) Фрактальная спираль с пролиновой юстировкой (желтый) Фрактальная спираль на основе альфа-спиральных участков (красный) [15:11, 27.05.2022] Рясина Т: АЮ, вы приводили статью, где про программные спирали писалось, либо учебник, но там был другой термин..... Если есть, дайте эту рассылку или источник. [15:32, 27.05.2022] Александр Кушелев: В учебнике программные спирали называются сверхвторичными структурами. Гугл знает... Цикл этой фрактальной спирали состоит из 124 аминокислотных остатков  [16:07, 27.05.2022] Рясина Т: Сверх вторичные структуры. Да, Вы писали про них. [16:13, 27.05.2022] Александр Кушелев: Сверхвторичными их назвали по той причине, что не знали, что эта сверхвторичная структура программируется. До сих пор официально считается, что программируется только первичная структура. А на самом деле существует не только программируемая первичная последовательность белка, но и программируемая вторичная, программируемая сверхвторичная и программируемая третичная структура. Поэтому логично назвать сверхвторичную структуру фрактальной спирали открытым текстом: "программная спираль". При этом программируются все фрактальные уровни такой спирали.  Желающие внедрить пикотехнологию белков уже сегодня, обращайтесь: kushelev20120@yandex.ru

---

В избранное

{#template MAIN} <div id="loginForm" style="display:none;" class="subscriberu_popup"> <div class="popup_register"> {#include js_tmpl_auth_reg_tab} {#if $P.login_register_tab == 1} <form class="authentication-form" method="post" action="/MEMBERLOGIN_authen_cred"> <dl class="rg_block_options"> <dt id="js_tap_panel_auth"> <h1>Войти на сайт</h1> {* {#include js_tmpl_auth_reg_button} *} {#include js_tmpl_auth_reg_action} <hr class="logreg_line noPhones"> <div class="logreg_descr noPhones"><p>{#include js_tmpl_auth_reg_descr} </p></div> <div class="logreg_advice noPhones"> Если вы еще не с нами, то начните с <a href="#" onclick="rgNav('js_tab_reg');return false;" class="dashed" data-func="registr">регистрации</a> </div> <br><br> <a class="dashed auth-enter" href="/manage/author/"><b>Вход для авторов</b></a> </dt> </dl> </form> {#/if} {#if $P.login_register_tab == 2} <div class="rg_block_options"> <div id="js_tap_panel_auth"> <h1>Регистрация</h1> <div class="social_reg"> {* <div class="rg_description">{#include js_tmpl_soc_auth_reg_descr}</div> *} {#include js_tmpl_auth_reg_soc} <div class="rg_soc_auth_agree">{#include js_tmpl_auth_reg_agree}</div> </div> <div class="subscribe_reg"> {* <div class="rg_description"> #include js_tmpl_auth_reg_descr </div> *} {#include js_tmpl_auth_reg_action} </div> {* {#include js_tmpl_auth_reg_button} *} <div class="clr"> </div> <hr class="logreg_line noPhones"> <div class="logreg_descr noPhones">{#include js_tmpl_auth_reg_descr} {#include js_tmpl_soc_auth_reg_descr} </div> </div> </div> {#/if} </div> {* <div class="gray_bg register_shadow"></div> *} </div> {#/template MAIN} {#template js_tmpl_auth_reg_tab} <ul class="rg_nav"> <li id="js_tab_auth" class="{#if $P.login_register_tab == 1} rg_active_nav {#/if} rg_first_nav"><a onclick="rgNav('js_tab_auth');return false;" href="">Вход на сайт</a></li> <li id="js_tab_reg" class="{#if $P.login_register_tab == 2} rg_active_nav {#/if}"><a onclick="rgNav('js_tab_reg');return false;" href="">Регистрация </a></li> </ul> <span onclick="hidebo();" class="rg_closed"> </span> {#/template js_tmpl_auth_reg_tab} {#template js_tmpl_auth_reg_action} {#if $P.login_register_tab == 1} {#include js_tmpl_auth_reg_soc} {#/if} <div class="rg_forms"> <input type="hidden" id="login_register_destination" value="{$P.login_register_destination}"/> {#if $P.login_register_tab == 1} <div class="rg_for_input"> <span class="rg_text_inner">E-mail или код подписчика</span> <input id="credential_0" class="js_keydown_selector rg_input_text" data-js_submit="no" data-js_next_input_name="credential_1" name="" type="text" /> </div> <div class="rg_for_input"> <span class="rg_text_inner">Пароль</span> <input id="credential_1" class="js_keydown_selector rg_input_text" data-js_submit="yes" data-js_action="js_loginFormBut" name="" type="password" onkeyup="showAttention(this,!!window.event.shiftKey)" /> <span class="pswd_attention" id="attention_pswd"> <span class="icon_attention"></span> <span class="pswd_attention-text" id="attention-text_pswd1">Русская раскладка клавиатуры!</span> <span class="pswd_attention-text" id="attention-text_pswd2">У вас включен Caps Lock!</span> <span class="pswd_attention-text" id="attention-text_pswd3">У вас включен Caps Lock и русская раскладка клавиатуры!</span> </span> </div> <div class="rg_for_input input-alien"> <span class="chk noPhones"><input id="chk_alien" name="" type="checkbox" /></span><label for="chk_alien" class="noPhones"> Чужой компьютер</label> <a class="forgot_pass" href="/member/totalrecall">Забыли пароль?</a> </div> <div class="rg_for_input"> <em id="auth_msg" class="reg_error"></em> <input id="lf_typeauthid" value="email" type="hidden"> <input type="submit" class="button button-red logreg_submit" id="js_loginFormBut" value="Войти"> <!--</a>--> <div class="loading loading-cover" style="display: none;"><div class="loader"></div></div> </div> {#/if} {#if $P.login_register_tab == 2} <div class="rg_for_input"> <span class="rg_text_inner">E-mail</span> <input id="arfemail" class="js_keydown_selector rg_input_text" name="" type="text" data-js_submit="yes" data-js_action="js_regFormBut"/> </div> <div class="rg_for_input rg_set_lineh rg_for_input_wide"> <label class="js_tap_panel_checkbox"> <span class="chk"><input name="" id='js_tap_panel_checkbox_terms' type="checkbox" data-js_submit="yes" /></span> Я ознакомился и согласен с <a class="link_txd logreg_accLink" href="/faq/vereinbarung.html">условиями сервиса Subscribe.ru</a> </label> <br /> <label class="js_tap_panel_checkbox"> <span class="chk"><input name="" id='js_tap_panel_checkbox_personal' type="checkbox" data-js_submit="yes" /></span> Нажимая на кнопку "Готово!", я даю <a class="link_txd logreg_accLink" href="/faq/persverordnung.html">согласие на обработку персональных данных</a> </label> </div> {* <div style="float: left;position: absolute;left: 11em;"> <img src="http://www.kupivip.ru/images/vip/logo.png?1604" style="width: 86px; vertical-align: middle;display: block;"> </div> <div class="rg_for_input rg_set_lineh"> <label class="js_tap_panel_checkbox"><input name="" id="js_tap_panel_checkbox_kupivip" type="checkbox" data-js_submit="yes"> Я хочу получать новости о скидках на одежду</label> </div> *} <div class="rg_for_input"> <em id="reg_msg" class="reg_error rg_for_input_wide"></em> <em id="reg_msg2" class="reg_error rg_for_input_wide"></em> <input id="rf_typeauthid" value="email" type="hidden"> <a class="button button-red logreg_submit" id="js_regFormBut" href="#">Готово!</a> <div class="loading loading-cover" style="display: none;"><div class="loader"></div></div> </div> {#/if} </div> {#/template js_tmpl_auth_reg_action} {#template js_tmpl_auth_reg_agree} <div class="rg_for_input rg_set_lineh rg_for_input_wide"> <label class="js_tap_panel_checkbox"> <span class="chk"><input name="" id='js_tap_panel_checkbox_terms_reg' type="checkbox" data-js_submit="yes" /></span> Я ознакомился и согласен с <a class="link_txd logreg_accLink" href="/faq/vereinbarung.html">условиями сервиса Subscribe.ru</a></label> <em id="reg_msg_soc" class="reg_error rg_for_input_wide"></em> </div> {#/template js_tmpl_auth_reg_agree} {#template js_tmpl_auth_reg_button} <div class="rg_butons_socials"> {#if $P.login_register_tab == 1} <a class="rg_btn_soc rg_bs_01 js_tap_panel_selector" action="auth_email" href="#"><span><i></i>Email</span></a> <a class="rg_btn_soc rg_bs_01 js_tap_panel_selector" action="auth_openid" href="#"><span><i></i>OpenID</span></a> <a class="rg_btn_soc rg_bs_02 js_tap_panel_selector" action="auth_vkontakte" href="#"><span><i></i>Вконтакте</span></a> <a class="rg_btn_soc rg_bs_02 js_tap_panel_selector" action="auth_mailru" href="#"><span><i></i>Mail.Ru</span></a> {#/if} {#if $P.login_register_tab == 2} <a class="rg_btn_soc rg_bs_01 js_tap_panel_selector" action="reg_email" href="#"><span><i></i>Email</span></a> <a class="rg_btn_soc rg_bs_01 js_tap_panel_selector" action="reg_openid" href="#"><span><i></i>OpenID</span></a> <a class="rg_btn_soc rg_bs_02 js_tap_panel_selector" action="reg_vkontakte" href="#"><span><i></i>Вконтакте</span></a> <a class="rg_btn_soc rg_bs_02 js_tap_panel_selector" action="reg_mailru" href="#"><span><i></i>Mail.Ru</span></a> {#/if} </div> {#/template js_tmpl_auth_reg_button} {#template js_tmpl_auth_reg_descr} {#if $P.login_register_tab == 1} Для оформления подписки на выбранную рассылку, работы с интересующей вас группой или доступа в нужный вам раздел, просим авторизоваться на Subscribe.ru {#/if} {#if $P.login_register_tab == 2} Для регистрации укажите ваш e-mail адрес. Адрес должен быть действующим, на него сразу после регистрации будет отправлено письмо с инструкциями и кодом подтверждения. {#/if} {#/template js_tmpl_auth_reg_descr} {#template js_tmpl_soc_auth_reg_descr} Или зарегистрируйтесь через социальную сеть. {#/template js_tmpl_soc_auth_reg_descr} {#template js_tmpl_auth_reg_soc} <div class="rg_soc"> {#if $P.login_register_tab == 1} <a onclick="return _checkSocConfirm(event)" href="https://oauth.vk.com/authorize?client_id=3954260&scope=wall,offline,photos,groups,video,audio,email&redirect_uri={location.protocol+'//'+location.host}/member/login/vk/&response_type=code&v=5.15" class="login_register_vk_button"> <span class="login_register_vk_icon"></span> </a> {#/if} {#if $P.login_register_tab == 2} <a onclick="return _checkSocConfirm(event)" href="https://oauth.vk.com/authorize?client_id=3954260&scope=wall,offline,photos,groups,video,audio,email&redirect_uri={location.protocol+'//'+location.host}/member/join/vk&response_type=code&v=5.15" class="login_register_vk_button"> <span class="login_register_vk_icon"></span> </a> {#/if} </div> {#/template js_tmpl_auth_reg_soc}

{#template MAIN} <div id="loginForm" style="display:none;" class="subscriberu_popup"> <div class="popup_register"> {#include js_tmpl_auth_reg_tab} <dl class="rg_block_options"> <dt id="js_tap_panel_auth"> <p class="rg_description">{#include js_tmpl_auth_reg_descr}</p> <div class="clr"> </div> {#include js_tmpl_auth_reg_action} <div class="clr"> </div> </dt> </dl> </div> <!-- <div class="gray_bg register_shadow"></div> --> </div> {#/template MAIN} {#template js_tmpl_auth_reg_tab} <ul class="rg_nav"> <li id="js_tab_reg" class="rg_active_nav rg_first_nav"><a href="" onclick="return false;" >Регистрация</a></li> </ul> <span onclick="hidebo();" class="rg_closed"> </span> {#/template js_tmpl_auth_reg_tab} {#template js_tmpl_auth_reg_descr} <strong>Пожалуйста, подтвердите ваш адрес.</strong><br><br>Вам отправлено письмо для подтверждения вашего адреса {$P.register_confirm_mail}.<br>Для подтверждения адреса перейдите по ссылке из этого письма. {#/template js_tmpl_auth_reg_descr} {#template js_tmpl_auth_reg_action} <div class="rg_forms confirm_code_from_letter"> <div class="rg_for_input"> <span class="rg_inp_descr" style="width:15em;">Или введите код из письма:</span> <input type="text" value="" id="confirm_code" name="" data-js_submit="yes" data-js_action="js_confirmFormBut" class="js_keydown_selector rg_input_text_conf" > </div> <div class="rg_for_input"><label>Не пришло письмо? <b>Пожалуйста, проверьте папку Спам</b><br /> (папку для нежелательной почты).</label><br />  <a href="" onclick="ajax_recall_code();return false" >Вышлите мне письмо еще раз!</a></div> <div class="rg_for_input"> <em class="reg_error" id="confirm_msg"></em> <a href="#" class="button button-red" id="js_confirmFormBut">Готово</a> <div class="loading loading-cover" style="display: none;"><div class="loader"></div></div> <br> </div> </div> {#/template js_tmpl_auth_reg_action}