Отправляет email-рассылки с помощью сервиса Sendsay

Новости лаборатории Наномир

Подписаться Бесплатная «Золотая» новостная рассылка Подписчиков 2.104 RSS
←   Декабрь 2020   →
 1
 2
 3
 4
 5
 6
 7
 8
 9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31


За последние 60 дней 61 выпусков (несколько раз в день)


Сайт рассылки: http://nanoworld.narod.ru
Открыта: 07-10-2005

Автор
Kushelev

Статистика

2.104 подписчиков
0 за неделю
←   Все выпуски   →

743 Аскорбиновая кислота - протонный микропроцессор для ремонта пептидных групп!


Выпуск 743

Лаборатория Наномир

Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и  меркнут чудеса ...

 Аскорбиновая кислота - протонный микропроцессор для ремонта пептидных групп!

 

Пикотехнологическая модель аскорбиновой кислоты.
Показан пятичленный цикл в двух крайних положениях (внизу разомкнут, вверху замкнут через водородную связь).
Молекула аскорбиновой кислоты (витамина С) является резонансной системой. Группа, состоящая из атомов C=O, соединённых двойной связью и атома O показана жёлтым цветом. Она колеблется за счёт теплового движения молекул воды. В одном из крайних положений (показано сверху) атом кислорода образует водородную связь с атомом углерода. Протон изображён маленьким желтым шариком. Это тот самый протон, который на схеме соединён с группой углерода пунктиром. В этом резонансном процессе пико-механизм (молекула аскорбиновой кислоты) присоединяет протон к отрицательно заряженной группе, например, OH-, осуществляя антиоксидантную биологическую функцию. Вероятно, это и есть основная функция витамина С.

 Обсуждение

 Кодируемые аминокислоты могут иметь до 9 изомеров, в т.ч. до 6 пространственных.


 

 Это - таблица пикотехнологических моделей 20 аминокислот, составленная мною в 2014-ом году для книги "Пикотехнология белков". В действительности, кодируемых аминокислот больше. Это связано с наличием изомеров. Например, лейцин и изолейцин являются структурными изомерами и имеют разные коды. Но разные коды имеют и пространственные изомеры, в частности, серина, лейцина и аргинина. На это указывает количество кодов. Например, серин, лейцин и аргинин кодируются шестью кодами. Это значит, что это не один, а как минимум два пространственных изомера. В таблице 3D генетического кода разные изомеры имеют дополнительные названия, например, lamda и teta, top и bottom:

 

На самом деле 6 разных кодов в принципе могут кодировать 6 разных изомеров, поэтому гипотезу о двух изомерах лейцина, серина и аргинина нужно ещё перепроверить. Другими словами, лейцин и изолейцин - это не две разных аминокислоты. Это две группы пространственных изомеров аминокислот, в каждой из которых может быть более одного изомера, точнее до числа кодов. В частности, 6 кодов могут кодировать от 2 до 6 разных пространственных изомеров, но скорее всего 2. Соответственно число кодируемых изомеров лейцина может достигать 9, т.е. 2 структурных и 3+6 пространственных. Уточнить число кодируемых изомеров аминокислот поможет число разных тРНК. Для каждого изомера аминокислоты должна быть своя тРНК. Однако разные тРНК могут нести одинаковые изомеры аминокислот. В этом случае они должны отличаться вариабельными петлями, т.е. начальным углом поворота аминокислоты.

 Обсуждение

 Физический смысл изогнутых химических связей Полинга

Двукратный нобелевский лауреат Полинг предложил считать двойные и тройные химические связи изогнутыми. В таком случае их длина будет такая же, как у одинарных. В чём же заключается физический смысл изогнутых химических связей?
Начнём с того, что химические связи, т.е. линии, соединяющие атомные ядра в молекулах, являются геометрическими абстракциями, т.е. по большому счёту имеют условный физический смысл. В сопряженных химических системах, например, в молекуле бензола эта условность проявляется в дробном значении, т.е. ядра углерода связаны как бы полуторными химическими связями.

 

Пикотехнологическая модель бензола объясняет, почему теория валентности ошибочна. 

 

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/016.htm 

Тем не менее, прорисовка изогнутых связей позволяет понять их соответствие пикотехнологическим моделям, т.к. изогнутые связи проходят через нормали к центрам отсутствующих электронов. А общая молекулярная оболочка образуется как раз путём заполнения эквипотенциальной поверхности молекулы. 

 

 Модель двойной связи Полинга

  

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/287.htm 

Если же рассматривать электронный механизм полуацетали и соответственно пептидной группы, то здесь изогнутые связи Полинга уже не помогут. Модель пико-механизма аминокислоты показывает, что электронные оболочки поворачиваются на большой угол, т.е. оболочка групы Сальфа поворачивается относительно оболочки группы OH почти на 180 градусов, а расстояние между ядрами углерода и кислорода практически не меняются.

  Обсуждение

 Как отличить изгиб от излома молекулы?

Выше мы рассмотрели пикотехнологическую модель аминокислоты, в которой электронные оболочки и, следовательно, химические связи образованные этими группами атомов, поворачиваются друг относительно друга на угол почти в 180 градусов. Но топология молекулы не меняется. Такую молекулу я назвал эластомером: https://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/202007/30235551.html/
Сегодня мы рассмотрим длинные молекулы, например, углеводородов, где все связи одинарные, т.е. сравнительно жёсткие. Соседние группы атомов можно повернуть друг относительно друга на угол 120 градусов, т.е. до следующего энергетического минимума, что объясняет пикотехнологическая модель одинарной связи:

 

 

 До образования одинарной химической связи молекулу можно поворачивать на произвольный угол

 

Но после образования одинарной химической связи вращение на 120 градусов до следующего энергетического минимума превращает один изомер в другой. 

 

 Кодируются именно изомеры, в которых наблюдается энергетический минимум.

 

Изменение угла эластомера не кодируется.

 

Оно определяется физико-химическими взаимодействиями.


Но сейчас нас интересует изменение не эластомера, а цепи обычных одинарных связей. 

 

За счёт чего изгибается модель длинного фосфолипида? Она изгибается не за счёт перехода молекулы из одного изомера в другой. В данном случае слабо изменяются углы между соседними группами СH2. Примерно так же гнётся позвоночник за счёт небольшого изменения углов между соседними позвонками. Таким образом мы может отличать изгиб молекулы без изменения изомера от излома молекулы, т.е. перехода одного изомера в другой.

При исследовании молекул, например, радикалов аминокислот методом ЯМР спектры первых групп радикалов различимы, а спектры вторых, третьих и т.д. групп нет. Специалисты по ЯМР делают вывод, что дальние группы атомов крутятся в растворе, т.е. изомеры переходят один в другой. В действительности углы между соседними группами меняются слабо, поэтому перехода изомеров не происходит, а радикалы двигаются подобно хвостам животных, не меняя изомеров, т.е. не ломаясь: 

 

 Обсуждение

 "Голубые" токсины мухи це-це

 

Все знают, что укус мухи це-це может оказаться смертельным даже для взрослого человека. При этом количество яда у мухи це-це меньше, чем у скорпиона и тем более разных змей. Это означает что яд мухи це-це более ядовитый при той же концентрации. Давайте посмотрим на вторичную структуру белковых ядов мухи це-це...

https://www.uniprot.org/uniprot/H6Q5S2

https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/api/fasta/AFA40977.1?lineLimit=1000

>ENA|AFA40977|AFA40977.1 Wigglesworthia glossinidia endosymbiont of Glossina morsitans morsitans (Yale colony) oligoketide cyclase

ATGTCATATATTAATAAAAGTATGATAGCTCCTTATAATATACAATATATGTTTGAATTA

ATTAATGATGTTAATAAATATTCAAAATTTTTTCCTTGGTGTACTAGTAGTCGTATTTTA

AAAAAAAATAATAATATATTTATTTGCGAAATACAATTATCTTTTTTAGGTTTCAAAGAA

ATATTAATTACTCAAAATACATGTATTAAATATGTTAGCATTAATATTCAACTAATTTCA

GGTAAATTTAGTTCGTTTAAAGCAGAATGGAAATTTCTTGCAATTAATTCTAATACTACT

AAAATAAAATTCGAGTTAATGTTTAATTCCAATCAAAAATATATAAATAAATGCTTTAAT

TTATTCTTAAAAAAAAAATTGAACAGTATTATGTATTTATTTTTACAAGAAGCAAATTAT

AGAAGCAAACTTAAATAG

 

 

Он построен исключительно на пи-спиралях. "Голубой токсин" 

https://b.radikal.ru/b00/2012/65/0cc4ba56ce79.png

https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/api/fasta/KDB19257.1?lineLimit=1000

>ENA|KDB19257|KDB19257.1 Wolbachia endosymbiont of Glossina morsitans morsitans aromatic-rich protein family

ATGCTTCATCAATACAAAGAACAGGGTGTTTTCCTATGTTTGCCTAATGAAGTATTCCAA

ATTGTAATTGATGTTGAAAGGTATCCTGATTTTGTTCCTTGGTGCAAAGCCGTTTATATA

AAAGAAAAAATTAACAACCAAATGGTTGTGGATCTCCTCGCAGCTTTTCATGGAATTAAA

GGTAGATATACATCAGAAGTTACTTCTCTTTCTCCAAGTGGAACAAATGAAGGTTGGATA

AAAGCTGTAACATCAAATGGAATATTTAAACATCTATACAATGAATGGCAATTCATTCCC

ATAGATGAAAATAAAACTATGGTAAAGTTTTATATAGAGTTTAAGTTTAAGTCCAACTCA

TTTTCCACTTTATTAAACTCAGTATATAAGTATACACAAAGTAAAATAATTGCTGCATTT

AAAGATAGGGCTGAAAGCCTTGCTAAACAAAAGTTATCTTGA

 

 

 И снова "голубой токсин", хотя есть и один виток бета-спирали (зелёный)

Любопытно, что весь геном коронавируса тоже "голубой", т.е. белки коронавируса пи-спиральные: https://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/202003/03000101.html/

  Обсуждение

 Гиперхимеры "восемь осьмушек". Матричная половая система.

 

Мы уже обсуждали особенности гипотетических ультрахимер: https://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/202011/15220256.html/

 Сегодня мы продолжим экстраполяцию до гиперхимер:

 

Гиперхимеры в отличие от ультрахимер объединяют в одном организме не два, а четыре квази-личности, например, двух мужчин и двух женщин. Или даже 4 различных полов. Известно, что некоторые насекомые имеют 4 пола. Естественно, что каждый из 4 полов имеет особенности мышления. Объединение 4 типов мышления может оказаться выгодным на очередном этапе эволюции. Исследуя химер, обнаружили так называемый "истинный гермафродитизм" и соответствующую половую систему:

 

Гиперхимерная семья может состоять, например, из двух особей, т.е. "из восьми осьмушек", если проводить аналогию с "двумя половинками" человеческой семьи. 

 Может ли половая система гиперхимер быть матричной, т.е. такой же, как система растений?

 

 А почему бы и нет? В таком случае гиперхимерный гарем можно назвать "морем цветов".

Читатели могут подумать, что до ультра- и гипер-химер так же далеко, как до Луны пешком, но генная инженерия идёт гигантскими шагами. Кто бы мог подумать, что на рубеже веков генные инженеры создадут рыб, которые светятся разными цветами? 

 

 

Сегодня уже прыгают по лабораторным пляжам прозрачные лягушки

 

Бегают по лабораторным лабиринтам светящиеся мыши 

 

 Ползают двухголовые

 

и трёхголовые змеи-"Горынычи"...

 

Так что не удивляйтесь, если встретите фрактально-рукую ультрахимеру... 

Обсуждение

 Создан онлайн сервис "Определение структуры белка по нуклеотидной последовательности"

Профессиональный онлайн-сервис 

Определены структуры всех белков человека Часть 1 Часть 2


3D генетический код подтвержден методами РСА, ЯМР и КД:

 

  
   


На базе научного открытия нами создан онлайн-сервис по определению структуры белковых молекул. Теперь мы сможем зарабатывать вместе.

Презентация для заказчиков белковых структур 

По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллиард раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру.

Наш лозунг: "В 1000 раз лучше, в 1000^3 быстрее и в 1000 раз дешевле!"

Ваша задача заключается в размещении рекламы на онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволила на одном персональном компьютере за неделю определить структуры всех 115 000 белков человека, для которых известна нуклеотидная кодирующая последовательность. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллиард раз по быстродействию и в 30 раз шире по номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы.

Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур  и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не предел.


Фрагмент модели лизоцима, замкнувшийся через дисульфидный мостик в процессе автоматической сборки по таблице композиционного генетического кода.

https://img-fotki.yandex.ru/get/371487/158289418.4bc/0_18a588_ce47e849_orig.gif

"Монстр" первой хромосомы человека насчитывает 5207 аминокислотных остатков.

Словарь вторичных структур:


Подробнее: https://picotechnology-of-proteines.nethouse.ru/  

Вторичная структура белка (фрактальная программная спираль) в компактном изображении: 


Первая 1000 белковых структур за счёт лаборатории Наномир (по старой технологии это стоило бы 10 миллионов евро). 

Обсуждение

Инвестирование научных проектов

Приглашаем инвесторов и меценатов.

Как продвинуть цивилизацию на новый уровень своего развития и получить при этом огромные прибыли?

- Вложить деньги
в научные разработки.

Новейшие виды экологически чистых и мощных источников энергии, средство для продления жизни, 
высокие технологии.

Все это реально создать в ближайший год-два при наличии достаточного финансирования.

Готовые коммерческие продукты

1. Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

2. Сверхдобротные одномодовые диэлектрические резонаторы в т.ч. с большим диапазоном перестройки

3. Станки для производства высокодобротных одномодовых резонаторов 

4. Технология изготовления сапфировых линз 

5. Магнитный тороидально-сферический конструктор

Проекты

01 Ruby Emdrive (Микроволновый двигатель без реактивной струи)

02 Ruby Power Source (Микроволновый источник энергии) 

03 Средство продления жизни (Возвращение молодости)

04 Октаэдрический редуктор

05 Шестеренчатая передача Кушелева

06 Магнитный подвес-стыковка-герметизация модулей

07 Ионно-микроволновый фрактальный излучатель

08 Гибкий отражатель из жестких элементов

09 Энциклопедия "Наномир"

10 Экспертиза

11 Конструктивные компьютерные игры

12 Интеллектуальный кодовый замок

13 Очки кругового обзора

14 Тетраэдрический сканер

15 Программируемая архитектура

16 Источник энергии промышленной частоты

17 Источник энергии постоянного тока

18 Монокристаллическая видеокамера

19 Система определения активных участков белка

20 Тераваттный лазер непрерывного действия

21 Бактериальный синтез алмазов

22 Шестеренчатые передачи с тремя степенями свободы

23 Сверхсветовая связь

24 Безосевая шестеренчатая передача

25 Aктивный язык программирования

26 Телевидение миллиметрового и оптического диапазонов

27 Микроволновая архитектура

28 Компьютерный экран из автономных элементов

29 Чтение / запись ДНК

30 Сверхсветовая локация / зрение

31 Нейтрализатор акустического сигнала

Коммерческое предложение: 

Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.

Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).

В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. 

Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.

Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структуре Вашего белка.

 Сотрудничество может быть различным:

- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)

- совместное создание коммерческого продукта

- поиск инвесторов

- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов 

- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир

- содействие в проведении экспериментов и т.п.

- написание совместных научных статей и т.п.

- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)

 

Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.

+7-926-5101703,   +7-903-2003424, mail: kushelev20120@yandex.ru

Карта VISA Сбербанка  4276400045661130

PayPal: kushelev20120@yandex.ru (вариант перевода друзьям) 

веб-мани: WM-кошелек R426964799301

Кошелек Яндекс-деньги: 410011905885672 

Огромное спасибо всем за помощь и поддержку!    


 
В избранное