Отправляет email-рассылки с помощью сервиса Sendsay

Новости лаборатории Наномир

  Все выпуски  

596 Научная сенсация в молекулярной билологии: Открыта новая вторичная структура белка!


Выпуск 596

Лаборатория Наномир

Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и  меркнут чудеса ...

 Открыта новая вторичная структура белка!

 Научная сенсация в молекулярной биологии

 

 

 

 3D модель

 

 

Анимация в формате avi: https://cloud.mail.ru/public/N5bF/bUViNuwqo
Музыка сборки в стандарте MIDI: https://cloud.mail.ru/public/9bkb/CtgJt9pYx
3D структура в стандарте PDB: https://cloud.mail.ru/public/GEj7/CAdbKGnWe
3D структура с электронными оболочками в стандарте 3DS Max: https://cloud.mail.ru/public/9wTk/Ltcwy4i6h
Кодирующая нуклеотидная последовательность DNE: https://cloud.mail.ru/public/7uZS/32J8iXqns
Кодирующая нуклеотидная последовательность fasta: https://cloud.mail.ru/public/BPWe/zUX3XVsxy
Все эти файлы можно посмотреть в папке: https://cloud.mail.ru/public/3urL/EnXBJyzct

Обсуждение


 Таблица композиционного и музыкального генетического кода

Номер в таб.  Триплет  Аминокислота  вариант-4                   вариант-6                     Нота        Нота 

 

 Графическая музыкальная таблица:

 

 Пример использования:

https://img-fotki.yandex.ru/get/103091/158289418.3e0/0_17631d_20bef567_XL.pnghttps://img-fotki.yandex.ru/get/172684/158289418.3e0/0_1763eb_e5a0cc98_XL.pnghttps://img-fotki.yandex.ru/get/170627/158289418.3e0/0_1763ea_986f637e_XL.png 

Обсуждение


 В коллагене обнаружилась корреляция между первичной, вторичной и музыкальной структурами.

 

В первичной структуре каждый третий аминокислотный остаток - Gly. 

Во вторичной структуре каждый третий аминокислотный остаток установлен под углом альфа-спирали. При этом он не является остатком Gly.

В музыкальной структуре каждая третья нота принадлежит ударному инструменту (барабану). 

Что может означать такая корреляция? Давайте подумаем вместе... 

Обсуждение


 Музыкальный генетический код помог обнаружить белки-антигомологи!

 

https://img-fotki.yandex.ru/get/174613/158289418.3e0/0_176417_735824b9_M.gifhttps://img-fotki.yandex.ru/get/53145/158289418.3e0/0_17632a_231b13db_M.gif 

Полный комплект файлов одного из антигомологов ( D1W0KT5J016 ) находится в папке: https://cloud.mail.ru/public/5YTM/hbAQNfXdM

Полный комплект файлов другого антигомолога ( CDJ31753 ) находится в папке: https://cloud.mail.ru/public/FEhS/N5F3AfPL5 

Одним из признаков антигомологов является разная длительность одинаковых нот. Дело в том, что кодоны альфа/310 спирали быстрые, кодоны пи-спирали медленные, а кодоны бета-спирали сверхмедленные. Поэтому одни и те же ноты сборки антигомологов звучат по-разному.

 

https://img-fotki.yandex.ru/get/31690/158289418.3e0/0_176416_7e3e964e_orig.png
Музыка (упрощённая) сборки белка D1W0KT5J016 в стандарте MIDI: https://cloud.mail.ru/public/DvsU/x7SzcZBKF

Белки-антигомологи наглядно объясняют, почему один из основных методов предсказания белковых структур, метод гомологий, даёт ненадёжные результаты.

Обсуждение


 Новый формат 2D-структуры белковых молекул

Материал с форума лаборатории Наномир: 

[18:24:37] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, я тут новый формат придумал, который снимает проблему длинных картинок.

[18:38:16] Кушелев Александр Юрьевич:

 

https://img-fotki.yandex.ru/get/243369/158289418.3e1/0_1766c8_6f8af910_orig.png
[18:39:34] Кушелев Александр Юрьевич: Т.е. вместо всех этих колонок распечатывается в графическом виде аминокислотная последовательность, для которой под каждую букву-аминокислоту подкладывается фон нужного цвета.
[18:40:28] Кушелев Александр Юрьевич: Между строк должен быть небольшой интервал белого цвета, чтобы цветные строчки не сливались.
[18:44:47] Кушелев Александр Юрьевич: Вообще придётся сделать набор программ. Главная программа показывает меню, где можно "вкл/выкл всё и по отдельности". После этого главная программа запускает подпрограммы, которые выполняют заказ, например, 2D-структуру в виде картинки и миди-файл. И желательно, чтобы главная программа помнила настройки от предыдущего запуска.
[18:49:44] Кушелев Александр Юрьевич: А список меню постепенно растёт...
1. 2D-структура в новом формате.
2. Файл в стандарте MIDI
3. Компактный файл fasta (с отработанными Join и Complement)
4. Компактный файл dne/embl (только идентификатор белка и входной код. С простым CDS 1..n)
5. 2D-структура в старом формате (как сейчас) с разбивкой по 1000 строк. 1600 строк Яндекс уже не принимает.
6. Композиционный код-6
7. Композиционный код-4

 Обсуждение


Каменные супермагнетроны богов

Материал с форума лаборатории Наномир: 

Skype, 2017-03-18:

[14:16:40] anshsky: https://vk.com/album-98811895_219428560
[14:25:44] Кушелев Александр Юрьевич: Круто! Благодарю!

https://img-fotki.yandex.ru/get/225029/158289418.3df/0_17617c_13adf5ef_XL.jpg

https://img-fotki.yandex.ru/get/176331/158289418.3df/0_17617e_c9a8201c_XL.jpg

https://img-fotki.yandex.ru/get/244791/158289418.3df/0_17617d_159f2f7a_XL.jpg

https://img-fotki.yandex.ru/get/225029/158289418.3df/0_17617f_fcc1d667_XL.jpg

 Обсуждение


 Петиция о господдержке лаборатории Наномир набирает силу...

 

 Нас уже 152!

 Обсуждение


Уважаемые коллеги! Все, кто помогает создавать пикотехнологию, рубиновую энергетику, поднимает нашу цивилизацию на новую ступень развития. Всех нас можно поздравить с крупным успехом. Эксперименты в США, Германии и в Израиле подтвердили, что мы находимся на верном пути по трём главным научным направлениям лаборатории Наномир.

По теме "Рубиновая/микроволновая энергетика и транспорт" осталось сделать последний шаг, включить готовые источники энергии. Конечно, с помощью магнетрона миллиметрового диапазона создать рубиновую энергетику можно за считанные дни, но для этого нужно доделать номинальный ряд эллипсоидов и рубиновый энергетический конструктор.

Спасибо за поддержку! 

 

Что нужно лаборатории для ближайших исследований:

Skype, 2016-04-25:

[12:51:45] Jocie Lee: Now we have round shape . the maximum size is 11mm

 

 

[13:26:01] Jocie Lee: The price is 773 usd/pcs

[13:30:11] Кушелев Александр Юрьевич: Thank You very mach!

[13:31:24] Кушелев Александр Юрьевич: Do You have diamond box (color, for example yellow) 4x4x1mm ? If Yes, need price... 

[13:33:50] Кушелев Александр Юрьевич: And I need this forms:

  

[13:59:46] Jocie Lee: oh...I am sorry. We dont sell box

[14:02:33] Кушелев Александр Юрьевич: OK! I wait money from my investors. I need 773usd/pcs diamond.

[14:02:49] Jocie Lee: OK

[14:03:13] Кушелев Александр Юрьевич: Do You make color diamonds?

[14:04:50] Jocie Lee: I think this colorful stone is cubic zirconia

[14:05:23] Кушелев Александр Юрьевич: But I need color synthetic diamonds for science experiments :)

[14:06:50] Кушелев Александр Юрьевич: I have cubic zirconia, but it has bad electromagnetic parameters. I need color synthetic diamond only. Your diamond size is very good!

1. Заказать алмазный энергетический конструктор. Минимальный заказ 773 USD + EMS доставка. 

2. Оплатить покупку или аренду измерительной аппаратуры на диапазон от 4 до 32 ГГц. (От $1000). Идеальный вариант: http://www.keysight.com/en/pd-460865-pn-E8257D/psg-analog-signal-generator?&cc=RU&lc=rus

3. Начать третий этап создания средства для продления жизни: http://nanoworld.org.ru/topic/818/

Книга "Пикотехнология белков" уже в продаже!

Подробности


Менеджеры, которые найдут заказы на структуры белков, получат 80% от суммы заказа! 

 Приглашение к сотрудничеству

Лаборатория "Наномир" готова к взаимовыгодному сотрудничеству. 

В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень,  невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды.

Вклад каждого не останется незамеченным в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия.

Основные разработки: 

 Микроволновый источник энергии

Работы по созданию новой энергетики (микроволновой) ведутся с 1992 года.

В 2011 году были куплены рубиновые шарики для эксперимента на сумму ~1000 долл. Был проведен первый эксперимент в Дубне. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. В марте 2016 года проведен первый этап эксперимента в микроволновой печи. Цель эксперимента - включение рубинового генератора. На первом этапе удалось возбудить рубиновый резонатор до уровня поверхностного пробоя, т.е. до напряжённости 1000 000 вольт на метр. Цель следующего этапа - заставить рубин светиться.

 

 

Для завершающего этапа исследований по созданию микроволновой энергетики не хватает номинального ряда рубиновых резонаторов, который может быть изготовлен на китайской фабрике. Это стоит на порядок дешевле, чем качественная измерительная аппаратура миллиметрового диапазона.

  "Регенерация репродуктивного возраста"

28 сентября 2011г. в Институте геронтологии (г.Киев) начался эксперимент по созданию "Регенератора репродуктивного возраста". В 2012-ом году мы уже знали, как омолодить лабораторных животных. Это было описано в 281-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир. "Прожиточный минимум вампира"

В 2014-ом году американские ученые смогли реализовать этот вариант омоложения. Тем не менее мы ещё можем успеть первыми создать дешевый регенератор, возвращающий молодость, но для этого необходимо закупить праймеры для идентификации сигналов отключения феноптоза (механизма старения), как это делает эмбрион во время беременности. Если омоложение по-американски обойдётся заказчику в 250-500 долл. ежедневно, то дешёвый вариант омоложения будет стоить всего 20-30 копеек в день.

Программа исследований Презентация Обсуждение

  Пикотехнология 

Созданы первые версии пикотехнологии (выпуски рассылки 212 270 271 272 ), с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий. Подготовлена к печати монография "Пикотехнология белков".

Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.

Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).

В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. 

Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.

Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка.

Определены две структуры белка (пробный заказ) для Испанского заказчика.

В книге "Пикотехнология белков" приведены примеры 100 белковых структур

Цена  заказов -- договорная. 

 Сотрудничество может быть различным:

- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)

- совместное создание коммерческого продукта

- поиск инвесторов

- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов 

- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир

- содействие в проведении экспериментов и т.п.

- написание совместных научных статей и т.п.

- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)

 

Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.

+7-926-5101703  +7-903-2003424 +7-916-8265031, Skype: Kushelev2009, mail: kushelev20120@yandex.ru

веб-мани: WM-кошелек R426964799301 Другие способы перевода


В избранное