| ← Январь 2017 → | ||||||
|
1
|
||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
2
|
3
|
5
|
7
|
|||
|
10
|
11
|
12
|
13
|
15
|
||
|
16
|
17
|
18
|
20
|
21
|
22
|
|
|
23
|
24
|
25
|
27
|
28
|
29
|
|
|
30
|
31
|
|||||
За последние 60 дней 60 выпусков (примерно раз день)
Сайт рассылки:
http://nanoworld.narod.ru
Открыта:
07-10-2005
Статистика
0 за неделю
581 Триумф пикотехнологии
|
Выпуск 581 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны, Триумф пикотехнологии Материал с форума лаборатории Наномир: aest: Делайте такие предсказания по ближнему порядку, которые можно проверить физически или химически в лаборатории с реальными белками. Кушелев: Виктория Соколик нашла ещё один лизоцим в базе PDB, где специалисты по РСА угадали замыкание фрагмента через дисульфидный мостик. Виктория Соколик: http://www.uniprot.org/uniprot/P61626 В структуре полипептида лизоцима четыре дисульфидных мостика: С24-С146; С48-С134; С83-С99 и С95-С113. >sp|P61626|LYSC_HUMAN Lysozyme C OS=Homo sapiens GN=LYZ PE=1 SV=1 MKALIVLGLVLLSVTVQGKVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRA Кушелев: DNE-файл фрагмента С95-С113: FT CDS 283..339 //
Практически весь фрагмент представляет собой архитектурный перевертыш:
 А мы уже знаем, что архитектурные перевертыши часто позволяют вернуться в исходную точку белковой "цепи" для образования циклической, т.е. более устойчивой структуры.
Замкнутый цикл человеческого лизоцима (вид слева и спереди). Дисульфидный мостик показан желтым пунктиром. Структура фрагмента человеческого лизоцима тоже замыкается через дисульфидный мостик!   Кстати, по алгоритму Виктории Соколик тут вообще "нет структуры" "Структуры нет", но дисульфидный мостик снова
замкнулся!Мы видим, что во фрагменте человеческого лизоцима цикл замыкается на 18-ом аминокислотном остатке. В курином (chicken) лизоциме фрагмент замкнулся на 22-ом аминокислотном остатке:
  
Виктория Соколик: Замыкание дисульфидных мостиков -- это посттрансляционный процесс, который реализуется в ходе фолдинга (созревания) белка. Из рибосомы лизоцим вылазит без мостиков, поэтому их замыкание детерминировано наличием цистеинов в определённых (закодированных) позициях. Вы хотите конечный результат фолдинга -- функциональную конформацию белка -- декодировать с помощью геометрического алгоритма без учета физ.хим. взаимодействий. Кушелев: Совершенно верно! Я же и говорю, что гибкие участки, в состав которых входит пролин (Pro), могут согнуться/разогнуться после схода белковой молекулы с рибосомы. Их без учёта физико-химических взаимодействий программа Пикотех "не согнёт/не разогнёт". А жёсткие участки может показать уже существующая версия Пикотех, в основе которой лежит геометрический алгоритм. К жёстким участкам относятся альфа-, бета-, пи-, 310-спирали, в т.ч. плавно изогнутые альфа-310-спирали. А таких спиралей в белках - подавляющее количество. Поэтому даже геометрическая версия Пикотех может показать большинство фрагментов белков правильно. А там где встречаются пролины, там можно на первых порах вручную подправить. А в следующих версиях Пикотех можно будет учесть кинематику пролинов. Показывать, как могут гнуться запрограммированные пикомашины. А учёт физико-химических взаимодействий - это ещё сложнее. Поэтому это можно будет учесть уже в будущих динамических версиях Пикотех. Но большой эффективностью обладает не только геометрическая 3D-версия Пикотех, но даже логическая 2D-версия программы Пикотех. Ведь она позволяет исправить вторичную структуру в базе PDB. А это многого стоит,
согласитесь И это замыкание экспериментально подтверждено в обоих случаях. Согласны? Конечно, если бы в этих фрагментах встретился Pro, то тогда замыкание могло произойти в результате изгиба аминокислотного остатка Pro (пролина). А жёсткая структура замыкается при изготовлении рибосомой сразу. Так же, как сразу формируется альфа-, бета-, пи-, 310-спираль. Для тех, кто не в теме, сообщаю, что композиционный генетический код возник в процессе эволюции, поэтому он дублирует физико-химические взаимодействия. Другими словами, если запрограммированная композиционным кодом структура частично разрушается под внешним воздействием, то физико-химические взаимодействия её восстанавливают. Это и наблюдается при денатурации и ренатурации белков. Цитата:... способность белков к
самоорганизации, путь которой предопределён последовательностью аминокислот в полипептидной цепи, т. е. её первичной структурой, детерминированной наследств. информацией Кушелев: После открытия композиционного генетического кода эта цитата будет звучать иначе: "способность белков к самоорганизации, путь которой предопределён кодирующей нуклеотидной последовательностью, детерминированной наследств. информацией" Замыкание фрагментов лизоцимов из разных организмов, подтверждённое экспериментально, является убедительным доказательством существования композиционного генетического кода, представленного в таблице (зеленый столбец):
Уважаемые коллеги! Все, кто помогает создавать пикотехнологию, рубиновую энергетику, поднимает нашу цивилизацию на новую ступень развития. Всех нас можно поздравить с крупным успехом. Эксперименты в США, Германии и в Израиле подтвердили, что мы находимся на верном пути по трём главным научным направлениям лаборатории Наномир. По теме "Рубиновая/микроволновая энергетика и транспорт" осталось сделать последний шаг, включить готовые источники энергии. Конечно, с помощью магнетрона миллиметрового диапазона создать рубиновую энергетику можно за считанные дни, но для этого нужно доделать номинальный ряд эллипсоидов и рубиновый энергетический конструктор. Спасибо за поддержку!
Что нужно лаборатории для ближайших исследований: Skype, 2016-04-25: [12:51:45] Jocie Lee: Now we have round shape . the maximum size is 11mm
[13:26:01] Jocie Lee: The price is 773 usd/pcs [13:30:11] Кушелев Александр Юрьевич: Thank You very mach! [13:31:24] Кушелев Александр Юрьевич: Do You have diamond box (color, for example yellow) 4x4x1mm ? If Yes, need price...
[13:33:50] Кушелев Александр Юрьевич: And I need this forms:
[13:59:46] Jocie Lee: oh...I am sorry. We dont sell box [14:02:33] Кушелев Александр Юрьевич: OK! I wait money from my investors. I need 773usd/pcs diamond. [14:02:49] Jocie Lee: OK [14:03:13] Кушелев Александр Юрьевич: Do You make color diamonds?
[14:04:50] Jocie Lee: I think this colorful stone is cubic zirconia [14:05:23] Кушелев Александр Юрьевич: But I need color synthetic diamonds for science experiments :) [14:06:50] Кушелев Александр Юрьевич: I have cubic zirconia, but it has bad electromagnetic parameters. I need color synthetic diamond only. Your diamond size is very good! 1. Заказать алмазный энергетический конструктор. Минимальный заказ 773 USD + EMS доставка. 2. Оплатить покупку или аренду измерительной аппаратуры на диапазон от 4 до 32 ГГц. (От $1000). Идеальный вариант: http://www.keysight.com/en/pd-460865-pn-E8257D/psg-analog-signal-generator?&cc=RU&lc=rus 3. Начать третий этап создания средства для продления жизни: http://nanoworld.org.ru/topic/818/ Книга "Пикотехнология белков" уже в продаже!
Менеджеры, которые найдут заказы на структуры белков, получат 80% от суммы заказа! Приглашение к сотрудничеству
|
| В избранное | ||
