Отправляет email-рассылки с помощью сервиса Sendsay

Новости лаборатории Наномир

Подписаться Бесплатная «Золотая» новостная рассылка Подписчиков 2.104 RSS
←   Ноябрь 2011   →
 1
 2
 3
 4
 5
 6
 7
 8
 9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
20.11.2011
20:51:47
23:24:11
21
22
23
24
25
25.11.2011
14:26:26
19:46:07
26
27
28
29
30


За последние 60 дней 61 выпусков (несколько раз в день)


Сайт рассылки: http://nanoworld.narod.ru
Открыта: 07-10-2005

Автор
Kushelev

Статистика

2.104 подписчиков
0 за неделю
←   Все выпуски   →

Продолжаем моделирование тРНК...


Выпуск 239

 Лаборатория Наномир

Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и меркнут чудеса ...

 

Продолжаем моделирование тРНК...

http://img-fotki.yandex.ru/get/5210/nanoworld2003.28/0_4f27b_f9e7e52_S.gif


http://img-fotki.yandex.ru/get/4704/nanoworld2003.28/0_4f279_8e2a3282_S.gif

Линейная модель ДНК/РНК

Все азотистые основания направлены вдоль оси симметрии ДНК. Протоны представляют собой "оперение", на которое натыкаются молекулы воды и подталкивают ДНК в одном направлении. ДНК начинает двигаться, а имея спиральную форму ещё и вращаться, что стабилизирует направление движения.

http://img-fotki.yandex.ru/get/4514/nanoworld2003.28/0_4f04c_e5320700_S.gif

Упрощённая (многогранная) модель "Минор Кушелева". Особенностью минора Кушелева является ортогональность плоскостей азотистых оснований, образующих минорную комплементарную пару C-U / C-T

Скрипт:

-- Nanoworld Laboratory
-- Alexander Kushelev
-- Pikotechnological DNA / RNA - model
-- http://nanoworld.narod.ru/
--                                                       turn
anglecomp1 = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,120,  0,  0,-120,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
anglecomp2 = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,  0,-30,-60, 120,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0)

trnk = torus radius1:0.1 radius2:0.04 segs:3 sides:3 position: [0,0,0] wirecolor:[200,200,200]
Converttomesh trnk

newmat = multimaterial name:"MyMultiMat" numsubs: (13)
-- newmat.diffuse = #([200,0,0],[200,100,100],[0,200,200],[0,0,200],[100,0,200],[200,0,200],[150,0,0],[100,50,0],[0,80,50],[100,100,100])
newmat[1].faceted = on
newmat[2].faceted = on
newmat[3].faceted = on
newmat[4].faceted = on
newmat[5].faceted = on
newmat[6].faceted = on
newmat[7].faceted = on
newmat[8].faceted = on
newmat[9].faceted = on
newmat[10].faceted = on
newmat[11].faceted = on
newmat[12].faceted = on
newmat[13].faceted = on
newmat[1].diffuse = (color 200 0 0)
newmat[2].diffuse = (color 200 100 100)
newmat[3].diffuse = (color 0 200 200)
newmat[4].diffuse = (color 0 0 200)
newmat[5].diffuse = (color 100 0 200)
newmat[6].diffuse = (color 200 0 200)
newmat[7].diffuse = (color 150 0 0)
newmat[8].diffuse = (color 100 50 0)
newmat[9].diffuse = (color 0 80 50)
newmat[10].diffuse = (color 100 100 100)
newmat[11].diffuse = (color 0 200 0)
newmat[12].diffuse = (color 200 200 0)
newmat[13].diffuse = (color 255 255 255)
trnk.material = newmat[10]
-- Sploshnaya stupen' 7х3х1
-- m1 = mesh vertices: #([15,-35,-4.9],[15,35,-4.9],[-15,35,-4.9],[-15,-35,-4.9],[15,-35,4.9],[15,35,4.9],[-15,35,4.9],[-15,-35,4.9]) \
-- faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[1,2,6],[1,6,5],[3,4,8],[3,8,7],[2,3,7],[2,7,6],[4,1,5],[4,5,8]) \
-- wirecolor: [255,0,0]
-- m1.material = newmat[4]
--
-- m0 = mesh vertices: #([5,-15,-5],[5,-5,-5],[-5,-5,-5],[-5,-15,-5],[5,-15,5],[5,-5,5],[-5,-5,5],[-5,-15,5]) \
-- faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[1,2,6],[1,6,5],[3,4,8],[3,8,7],[2,3,7],[2,7,6],[4,1,5],[4,5,8]) \
-- wirecolor: [255,255,255]
-- m0.material = newmat[13]
-- m1 = mesh vertices: #([5,-15,-4.9],[5,5,-4.9],[-5,5,-4.9],[-5,-15,-4.9],[5,-15,4.9],[5,5,4.9],[-5,5,4.9],[-5,-15,4.9]) \
-- faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[1,2,6],[1,6,5],[3,4,8],[3,8,7],[2,3,7],[2,7,6],[4,1,5],[4,5,8]) \
-- wirecolor: [255,0,0]
-- m1.material = newmat[1]
m1 = mesh vertices: #([15,-35,-4.9],[15,-5,-4.9],[-15,-5,-4.9],[-15,-35,-4.9],[15,-35,4.9],[15,-5,4.9],[-15,-5,4.9],[-15,-35,4.9]) \
faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[1,2,6],[1,6,5],[3,4,8],[3,8,7],[2,3,7],[2,7,6],[4,1,5],[4,5,8]) \
wirecolor: [255,0,0]
m1.material = newmat[1]
c0 = copy m1 wirecolor: [0,0,255]
c0.material = newmat[4]
-- attach c0 m0
--
m3 = mesh vertices: #([-2.828,-45.5,-2.828]
,[2.828,-45.5,-2.828],[2.828,-45.5,2.828],[-2.828,-45.5,2.828],[-2.828,-61.5,-2.828],[2.828,-61.5,-2.828]
,[2.828,-61.5,2.828],[-2.828,-61.5,2.828],[-2.828,-53.5,-8.485],[-5.657,-49.5,-5.657],[-8.485,-53.5,-2.828]
,[-5.657,-57.5,-5.657],[8.485,-53.5,2.828],[5.657,-49.5,5.657],[2.828,-53.5,8.485],[5.657,-57.5,5.657]
,[5.657,-49.5,-5.657],[2.828,-53.5,-8.485],[5.657,-57.5,-5.657],[8.485,-53.5,-2.828],[-5.657,-49.5,5.657]
,[-8.485,-53.5,2.828],[-5.657,-57.5,5.657],[-2.828,-53.5,8.485]) \
faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[9,11,10],[9,12,11],[13,14,15],[13,15,16],[17,19,18],[17,20,19],[21,22,23],[21,23,24]
,[1,2,17],[17,18,9],[9,10,1],[1,17,9],[10,22,4],[4,1,10],[10,11,22],[22,21,4],[11,5,23],[23,22,11],[11,12,5],[5,8,23]
,[12,18,6],[6,5,12],[12,9,18],[18,19,6],[8,16,24],[24,23,8],[16,15,24],[8,7,16],[15,3,21],[21,24,15],[15,14,3]
,[3,4,21],[14,20,2],[2,3,14],[14,13,20],[20,17,2],[13,7,19],[19,20,13],[13,16,7],[7,6,19]) \
wirecolor: [255,255,0]
m3.material = newmat[12]
m4 = copy m3 wirecolor: [255,255,0]
m4.material = newmat[12]
m4.pivot = [0,-40,0]
rotate m4 -120 [0,0,1]
move m4 [-7.5,-0.5,0]
m6 = copy m3  wirecolor: [255,255,0]
m6.material = newmat[12]
m13 = copy m3 wirecolor: [255,255,0]
m13.material = newmat[12]
m13.pivot = [0,-66,0]
rotate m13 -72 [1,0,0]
m14 = copy m13 wirecolor: [0,255,0]
m14.material = newmat[11]
g1 = group #(m6, m14)
g1.pivot = [0,-40,0]
rotate g1 -45 [0,0,1]
move g1 [-5.5,2.5,0]
ungroup g1
m5 = copy m6 wirecolor: [255,255,0]
m5.material = newmat[12]
m7 = copy m4 wirecolor: [255,255,0]
m7.material = newmat[12]
g2 = group #(m5, m7)
g2.pivot = [0,-40,0]
rotate g2 180 [0,1,0]
ungroup g2
m8 = mesh vertices: #([-4,0,-8],[0,-4,-8],[4,0,-8],[0,4,-8],[-4,0,8],[0,-4,8],[4,0,8],[0,4,8]
,[-8,-4,0],[-8,0,-4],[-8,4,0],[-8,0,4],[8,-4,0],[8,0,-4],[8,4,0],[8,0,4]
,[0,-8,-4],[-4,-8,0],[0,-8,4],[4,-8,0],[0,8,-4],[-4,8,0],[0,8,4],[4,8,0]) \
faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[9,11,10],[9,12,11],[13,14,15],[13,15,16],[17,19,18],[17,20,19],[21,22,23],[21,23,24]
,[1,2,17],[17,18,9],[9,10,1],[1,17,9],[10,22,4],[4,1,10],[10,11,22],[22,21,4],[11,5,23],[23,22,11],[11,12,5],[5,8,23]
,[12,18,6],[6,5,12],[12,9,18],[18,19,6],[8,16,24],[24,23,8],[16,15,24],[8,7,16],[15,3,21],[21,24,15],[15,14,3]
,[3,4,21],[14,20,2],[2,3,14],[14,13,20],[20,17,2],[13,7,19],[19,20,13],[13,16,7],[7,6,19]) \
wirecolor: [0,255,0]
m8.material = newmat[11]
rotate m8 45 [1,0,0]
rotate m8 90 [0,0,1]
move m8 [-37.5,0,0]
m9 = copy m8 wirecolor: [0,255,0]
m9.material = newmat[11]
m9.pivot = [-37.5,-13,-0.5]
rotate m9 72 [1,0,0]
m10 = copy m8 wirecolor: [0,255,0]
m10.material = newmat[11]
m10.pivot = [-37.5,-13,-0.5]
rotate m10 144 [1,0,0]
m11 = copy m8 wirecolor: [0,255,0]
m11.material = newmat[11]
m11.pivot = [-37.5,-13,-0.5]
rotate m11 18 [1,0,0]
rotate m11 90 [0,0,1]
rotate m11 180 [1,0,0]
rotate m11 -18 [1,0,0]
move m11 [0,7,24]
m12 = copy m9 wirecolor: [255,255,0]
m12.material = newmat[12]
m12.pivot = [-37.5,-23.5,15]
rotate m12 -120 [0,0,1]
attach m3 m4
attach m5 m7
attach m6 m13
attach m3 m5
attach m3 m6
attach m8 m9
attach m8 m11
attach m3 m10
attach m12 m14
c1 = copy c0
-- c3 = copy m3
attach m1 m3
attach m1 m12
c3 = copy m1
c8 = copy m8
gn = #(c1,c3,c8)
gn.pivot = [0,0,0]
rotate gn 180 [1,0,0]
rotate gn -90 [0,1,0]
move gn [0,-20,0]
ungroup gn
-- delete m1
-- delete m8
-- delete c0
attach trnk m1
attach trnk m8
attach trnk c0
attach trnk c1
attach trnk c3
attach trnk c8
animate on
at time 100 trnk.rotation.controller[2].controller.value = 360

http://img-fotki.yandex.ru/get/5708/nanoworld2003.28/0_4f334_71e21ccd_L.png

http://img-fotki.yandex.ru/get/5908/nanoworld2003.28/0_4f333_771d7b01_S http://img-fotki.yandex.ru/get/5706/nanoworld2003.28/0_4f335_3e755a19_S

Кушелев: Это - модель ~половины тРНК, т.е. только одна цепь. Должны быть ещё обратные цепи, которые пока не показаны. Конечно, это ещё неправильная модель, но уже "близко к тексту", т.е. в первом приближении тРНК имеет именно такую форму.

-- Nanoworld Laboratory
-- Alexander Kushelev
-- Pikotechnological DNA / RNA - model
-- http://nanoworld.narod.ru/

--                                                       turn
anglecomp1 = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,  0,0,0,0,0,0,0,120,  0,  0,-120,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0, 0,0,0,0,0,0,0,0,0,  0,120,0,0,0
,0,120,  0,  0,-120,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
anglecomp2 = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,120,0,0,0,0,0,0,  0,-30,-60, 120,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0, 0,0,0,0,0,0,0,0,0, 60,  0,0,0,0
,0,  0,-30,-60, 120,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
trnk = torus radius1:0.1 radius2:0.04 segs:3 sides:3 position: [0,0,0] wirecolor:[200,200,200]
Converttomesh trnk

newmat = multimaterial name:"MyMultiMat" numsubs: (13)
-- newmat.diffuse = #([200,0,0],[200,100,100],[0,200,200],[0,0,200],[100,0,200],[200,0,200],[150,0,0],[100,50,0],[0,80,50],[100,100,100])
newmat[1].faceted = on
newmat[2].faceted = on
newmat[3].faceted = on
newmat[4].faceted = on
newmat[5].faceted = on
newmat[6].faceted = on
newmat[7].faceted = on
newmat[8].faceted = on
newmat[9].faceted = on
newmat[10].faceted = on
newmat[11].faceted = on
newmat[12].faceted = on
newmat[13].faceted = on
newmat[1].diffuse = (color 200 0 0)
newmat[2].diffuse = (color 200 100 100)
newmat[3].diffuse = (color 0 200 200)
newmat[4].diffuse = (color 0 0 200)
newmat[5].diffuse = (color 100 0 200)
newmat[6].diffuse = (color 200 0 200)
newmat[7].diffuse = (color 150 0 0)
newmat[8].diffuse = (color 100 50 0)
newmat[9].diffuse = (color 0 80 50)
newmat[10].diffuse = (color 100 100 100)
newmat[11].diffuse = (color 0 200 0)
newmat[12].diffuse = (color 200 200 0)
newmat[13].diffuse = (color 255 255 255)
trnk.material = newmat[10]
-- Sploshnaya stupen' 7х3х1
-- m1 = mesh vertices: #([15,-35,-4.9],[15,35,-4.9],[-15,35,-4.9],[-15,-35,-4.9],[15,-35,4.9],[15,35,4.9],[-15,35,4.9],[-15,-35,4.9]) \
-- faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[1,2,6],[1,6,5],[3,4,8],[3,8,7],[2,3,7],[2,7,6],[4,1,5],[4,5,8]) \
-- wirecolor: [255,0,0]
-- m1.material = newmat[4]
--
m0 = mesh vertices: #([5,-15,-5],[5,-5,-5],[-5,-5,-5],[-5,-15,-5],[5,-15,5],[5,-5,5],[-5,-5,5],[-5,-15,5]) \
faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[1,2,6],[1,6,5],[3,4,8],[3,8,7],[2,3,7],[2,7,6],[4,1,5],[4,5,8]) \
wirecolor: [255,255,255]
m0.material = newmat[13]
m1 = mesh vertices: #([5,-15,-4.9],[5,5,-4.9],[-5,5,-4.9],[-5,-15,-4.9],[5,-15,4.9],[5,5,4.9],[-5,5,4.9],[-5,-15,4.9]) \
faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[1,2,6],[1,6,5],[3,4,8],[3,8,7],[2,3,7],[2,7,6],[4,1,5],[4,5,8]) \
wirecolor: [255,0,0]
m1.material = newmat[1]
m2 = mesh vertices: #([15,-35,-4.9],[15,-5,-4.9],[-15,-5,-4.9],[-15,-35,-4.9],[15,-35,4.9],[15,-5,4.9],[-15,-5,4.9],[-15,-35,4.9]) \
faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[1,2,6],[1,6,5],[3,4,8],[3,8,7],[2,3,7],[2,7,6],[4,1,5],[4,5,8]) \
wirecolor: [255,0,0]
m2.material = newmat[1]
c0 = copy m2 wirecolor: [0,0,255]
c0.material = newmat[4]
attach c0 m0
attach m1 m2
--
m3 = mesh vertices: #([-2.828,-45.5,-2.828]
,[2.828,-45.5,-2.828],[2.828,-45.5,2.828],[-2.828,-45.5,2.828],[-2.828,-61.5,-2.828],[2.828,-61.5,-2.828]
,[2.828,-61.5,2.828],[-2.828,-61.5,2.828],[-2.828,-53.5,-8.485],[-5.657,-49.5,-5.657],[-8.485,-53.5,-2.828]
,[-5.657,-57.5,-5.657],[8.485,-53.5,2.828],[5.657,-49.5,5.657],[2.828,-53.5,8.485],[5.657,-57.5,5.657]
,[5.657,-49.5,-5.657],[2.828,-53.5,-8.485],[5.657,-57.5,-5.657],[8.485,-53.5,-2.828],[-5.657,-49.5,5.657]
,[-8.485,-53.5,2.828],[-5.657,-57.5,5.657],[-2.828,-53.5,8.485]) \
faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[9,11,10],[9,12,11],[13,14,15],[13,15,16],[17,19,18],[17,20,19],[21,22,23],[21,23,24]
,[1,2,17],[17,18,9],[9,10,1],[1,17,9],[10,22,4],[4,1,10],[10,11,22],[22,21,4],[11,5,23],[23,22,11],[11,12,5],[5,8,23]
,[12,18,6],[6,5,12],[12,9,18],[18,19,6],[8,16,24],[24,23,8],[16,15,24],[8,7,16],[15,3,21],[21,24,15],[15,14,3]
,[3,4,21],[14,20,2],[2,3,14],[14,13,20],[20,17,2],[13,7,19],[19,20,13],[13,16,7],[7,6,19]) \
wirecolor: [255,255,0]
m3.material = newmat[12]
m4 = copy m3 wirecolor: [255,255,0]
m4.material = newmat[12]
m4.pivot = [0,-40,0]
rotate m4 -120 [0,0,1]
move m4 [-7.5,-0.5,0]
m6 = copy m3  wirecolor: [255,255,0]
m6.material = newmat[12]
m13 = copy m3 wirecolor: [255,255,0]
m13.material = newmat[12]
m13.pivot = [0,-66,0]
rotate m13 -72 [1,0,0]
m14 = copy m13 wirecolor: [0,255,0]
m14.material = newmat[11]
g1 = group #(m6, m14)
g1.pivot = [0,-40,0]
rotate g1 -45 [0,0,1]
move g1 [-5.5,2.5,0]
ungroup g1
m5 = copy m6 wirecolor: [255,255,0]
m5.material = newmat[12]
m7 = copy m4 wirecolor: [255,255,0]
m7.material = newmat[12]
g2 = group #(m5, m7)
g2.pivot = [0,-40,0]
rotate g2 180 [0,1,0]
ungroup g2
m8 = mesh vertices: #([-4,0,-8],[0,-4,-8],[4,0,-8],[0,4,-8],[-4,0,8],[0,-4,8],[4,0,8],[0,4,8]
,[-8,-4,0],[-8,0,-4],[-8,4,0],[-8,0,4],[8,-4,0],[8,0,-4],[8,4,0],[8,0,4]
,[0,-8,-4],[-4,-8,0],[0,-8,4],[4,-8,0],[0,8,-4],[-4,8,0],[0,8,4],[4,8,0]) \
faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[9,11,10],[9,12,11],[13,14,15],[13,15,16],[17,19,18],[17,20,19],[21,22,23],[21,23,24]
,[1,2,17],[17,18,9],[9,10,1],[1,17,9],[10,22,4],[4,1,10],[10,11,22],[22,21,4],[11,5,23],[23,22,11],[11,12,5],[5,8,23]
,[12,18,6],[6,5,12],[12,9,18],[18,19,6],[8,16,24],[24,23,8],[16,15,24],[8,7,16],[15,3,21],[21,24,15],[15,14,3]
,[3,4,21],[14,20,2],[2,3,14],[14,13,20],[20,17,2],[13,7,19],[19,20,13],[13,16,7],[7,6,19]) \
wirecolor: [0,255,0]
m8.material = newmat[11]
rotate m8 45 [1,0,0]
rotate m8 90 [0,0,1]
move m8 [-37.5,0,0]
m9 = copy m8 wirecolor: [0,255,0]
m9.material = newmat[11]
m9.pivot = [-37.5,-13,-0.5]
rotate m9 72 [1,0,0]
m10 = copy m8 wirecolor: [0,255,0]
m10.material = newmat[11]
m10.pivot = [-37.5,-13,-0.5]
rotate m10 144 [1,0,0]
m11 = copy m8 wirecolor: [0,255,0]
m11.material = newmat[11]
m11.pivot = [-37.5,-13,-0.5]
rotate m11 18 [1,0,0]
rotate m11 90 [0,0,1]
rotate m11 180 [1,0,0]
rotate m11 -18 [1,0,0]
move m11 [0,7,24]
m12 = copy m9 wirecolor: [255,255,0]
m12.material = newmat[12]
m12.pivot = [-37.5,-23.5,15]
rotate m12 -120 [0,0,1]
attach m3 m4
attach m5 m7
attach m6 m13
attach m3 m5
attach m3 m6
attach m8 m9
attach m8 m11
attach m3 m10
attach m12 m14
-- c1 = copy c0
-- c3 = copy m3
attach m1 m3
attach m1 m12
-- c8 = copy m8
-- gn = #(c1,c3,c8)
-- gn.pivot = [0,0,0]
-- rotate gn 180 [1,0,0]
-- ungroup gn
-- attach m1 m8
-- attach c1 c8
-- attach c1 c3
-- attach m1 c1
-- dnk = copy m1
-- for k = 1 to 9 do(
-- nuk = copy m1
-- move dnk [0, 50, 0]
-- dnk.pivot = [-60,0,0]
-- rotate dnk -36 [0,1,0]
-- attach dnk nuk
-- )
--
for k = 47 to 66 do(
element1 = copy m1
element2 = copy m8
-- first vector
gr1 = group #(element1,trnk)
gr1.pivot = [-37.451, -2.887, 14.138]
rotate gr1 anglecomp1[k] [0, -27.384, -9.84]
ungroup gr1
-- second vector
gr2 = #(element1, element2, trnk)
gr2.pivot = [-43.391, -10.855, 7.631]
rotate gr2 anglecomp2[k] [-11.880, -2.245, -8.094]
ungroup gr2-- translation vector
-- attach trnk element0
attach trnk element1
attach trnk element2
move trnk [0,-50, 0]
trnk.pivot = [-60,0,0]
-- translation angles
rotate trnk 36 [0, 1, 0]
-- rotate trnk 35 [0, 0, 1]
)
--
delete m1
delete m8
delete c0
trnk.rotation.controller[2].controller.value = 0
-- animate on
-- at time 100 trnk.rotation.controller[2].controller.value = 360
newmat[13].diffuse = (color 255 255 255)
trnk.material = newmat[10]
-- Sploshnaya stupen' 7х3х1
-- m1 = mesh vertices: #([15,-35,-4.9],[15,35,-4.9],[-15,35,-4.9],[-15,-35,-4.9],[15,-35,4.9],[15,35,4.9],[-15,35,4.9],[-15,-35,4.9]) \
-- faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[1,2,6],[1,6,5],[3,4,8],[3,8,7],[2,3,7],[2,7,6],[4,1,5],[4,5,8]) \
-- wirecolor: [255,0,0]
-- m1.material = newmat[4]
--
m0 = mesh vertices: #([5,-15,-5],[5,-5,-5],[-5,-5,-5],[-5,-15,-5],[5,-15,5],[5,-5,5],[-5,-5,5],[-5,-15,5]) \
faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[1,2,6],[1,6,5],[3,4,8],[3,8,7],[2,3,7],[2,7,6],[4,1,5],[4,5,8]) \
wirecolor: [255,255,255]
m0.material = newmat[13]
m1 = mesh vertices: #([5,-15,-4.9],[5,5,-4.9],[-5,5,-4.9],[-5,-15,-4.9],[5,-15,4.9],[5,5,4.9],[-5,5,4.9],[-5,-15,4.9]) \
faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[1,2,6],[1,6,5],[3,4,8],[3,8,7],[2,3,7],[2,7,6],[4,1,5],[4,5,8]) \
wirecolor: [255,0,0]
m1.material = newmat[1]
m2 = mesh vertices: #([15,-35,-4.9],[15,-5,-4.9],[-15,-5,-4.9],[-15,-35,-4.9],[15,-35,4.9],[15,-5,4.9],[-15,-5,4.9],[-15,-35,4.9]) \
faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[1,2,6],[1,6,5],[3,4,8],[3,8,7],[2,3,7],[2,7,6],[4,1,5],[4,5,8]) \
wirecolor: [255,0,0]
m2.material = newmat[1]
c0 = copy m2 wirecolor: [0,0,255]
c0.material = newmat[4]
attach c0 m0
attach m1 m2
--
m3 = mesh vertices: #([-2.828,-45.5,-2.828]
,[2.828,-45.5,-2.828],[2.828,-45.5,2.828],[-2.828,-45.5,2.828],[-2.828,-61.5,-2.828],[2.828,-61.5,-2.828]
,[2.828,-61.5,2.828],[-2.828,-61.5,2.828],[-2.828,-53.5,-8.485],[-5.657,-49.5,-5.657],[-8.485,-53.5,-2.828]
,[-5.657,-57.5,-5.657],[8.485,-53.5,2.828],[5.657,-49.5,5.657],[2.828,-53.5,8.485],[5.657,-57.5,5.657]
,[5.657,-49.5,-5.657],[2.828,-53.5,-8.485],[5.657,-57.5,-5.657],[8.485,-53.5,-2.828],[-5.657,-49.5,5.657]
,[-8.485,-53.5,2.828],[-5.657,-57.5,5.657],[-2.828,-53.5,8.485]) \
faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[9,11,10],[9,12,11],[13,14,15],[13,15,16],[17,19,18],[17,20,19],[21,22,23],[21,23,24]
,[1,2,17],[17,18,9],[9,10,1],[1,17,9],[10,22,4],[4,1,10],[10,11,22],[22,21,4],[11,5,23],[23,22,11],[11,12,5],[5,8,23]
,[12,18,6],[6,5,12],[12,9,18],[18,19,6],[8,16,24],[24,23,8],[16,15,24],[8,7,16],[15,3,21],[21,24,15],[15,14,3]
,[3,4,21],[14,20,2],[2,3,14],[14,13,20],[20,17,2],[13,7,19],[19,20,13],[13,16,7],[7,6,19]) \
wirecolor: [255,255,0]
m3.material = newmat[12]
m4 = copy m3 wirecolor: [255,255,0]
m4.material = newmat[12]
m4.pivot = [0,-40,0]
rotate m4 -120 [0,0,1]
move m4 [-7.5,-0.5,0]
m6 = copy m3  wirecolor: [255,255,0]
m6.material = newmat[12]
m13 = copy m3 wirecolor: [255,255,0]
m13.material = newmat[12]
m13.pivot = [0,-66,0]
rotate m13 -72 [1,0,0]
m14 = copy m13 wirecolor: [0,255,0]
m14.material = newmat[11]
g1 = group #(m6, m14)
g1.pivot = [0,-40,0]
rotate g1 -45 [0,0,1]
move g1 [-5.5,2.5,0]
ungroup g1
m5 = copy m6 wirecolor: [255,255,0]
m5.material = newmat[12]
m7 = copy m4 wirecolor: [255,255,0]
m7.material = newmat[12]
g2 = group #(m5, m7)
g2.pivot = [0,-40,0]
rotate g2 180 [0,1,0]
ungroup g2
m8 = mesh vertices: #([-4,0,-8],[0,-4,-8],[4,0,-8],[0,4,-8],[-4,0,8],[0,-4,8],[4,0,8],[0,4,8]
,[-8,-4,0],[-8,0,-4],[-8,4,0],[-8,0,4],[8,-4,0],[8,0,-4],[8,4,0],[8,0,4]
,[0,-8,-4],[-4,-8,0],[0,-8,4],[4,-8,0],[0,8,-4],[-4,8,0],[0,8,4],[4,8,0]) \
faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[9,11,10],[9,12,11],[13,14,15],[13,15,16],[17,19,18],[17,20,19],[21,22,23],[21,23,24]
,[1,2,17],[17,18,9],[9,10,1],[1,17,9],[10,22,4],[4,1,10],[10,11,22],[22,21,4],[11,5,23],[23,22,11],[11,12,5],[5,8,23]
,[12,18,6],[6,5,12],[12,9,18],[18,19,6],[8,16,24],[24,23,8],[16,15,24],[8,7,16],[15,3,21],[21,24,15],[15,14,3]
,[3,4,21],[14,20,2],[2,3,14],[14,13,20],[20,17,2],[13,7,19],[19,20,13],[13,16,7],[7,6,19]) \
wirecolor: [0,255,0]
m8.material = newmat[11]
rotate m8 45 [1,0,0]
rotate m8 90 [0,0,1]
move m8 [-37.5,0,0]
m9 = copy m8 wirecolor: [0,255,0]
m9.material = newmat[11]
m9.pivot = [-37.5,-13,-0.5]
rotate m9 72 [1,0,0]
m10 = copy m8 wirecolor: [0,255,0]
m10.material = newmat[11]
m10.pivot = [-37.5,-13,-0.5]
rotate m10 144 [1,0,0]
m11 = copy m8 wirecolor: [0,255,0]
m11.material = newmat[11]
m11.pivot = [-37.5,-13,-0.5]
rotate m11 18 [1,0,0]
rotate m11 90 [0,0,1]
rotate m11 180 [1,0,0]
rotate m11 -18 [1,0,0]
move m11 [0,7,24]
m12 = copy m9 wirecolor: [255,255,0]
m12.material = newmat[12]
m12.pivot = [-37.5,-23.5,15]
rotate m12 -120 [0,0,1]
attach m3 m4
attach m5 m7
attach m6 m13
attach m3 m5
attach m3 m6
attach m8 m9
attach m8 m11
attach m3 m10
attach m12 m14
-- c1 = copy c0
-- c3 = copy m3
attach m1 m3
attach m1 m12
-- c8 = copy m8
-- gn = #(c1,c3,c8)
-- gn.pivot = [0,0,0]
-- rotate gn 180 [1,0,0]
-- ungroup gn
attach m1 m8
-- attach c1 c8
-- attach c1 c3
-- attach m1 c1
dnk = copy m1
for k = 1 to 9 do(
nuk = copy m1
move dnk [0, 50, 0]
dnk.pivot = [-60,0,0]
rotate dnk -36 [0,1,0]
attach dnk nuk
)
delete m1
delete c0
dnk.rotation.controller[2].controller.value = 0
animate on
at time 500 dnk.rotation.controller[2].controller.value = 1000

http://img-fotki.yandex.ru/get/5706/nanoworld2003.28/0_4f335_3e755a19_M.gif

Теперь понятно, откуда взялся позвоночник :)

Пикотехнологический ДНК-процессор.

Даже в структуре суперспирали ДНК половина ОН-групп могут вращаться, т.е. ступени можно раздвигать. В двойной спирали ДНК вращаться могут 75% OH-групп. При этом не только можно раздвигать ступени и снимать копии, но и менять форму двойной спирали, например, формировать шпильки. В одинарной цепи ДНК/РНК вращаться могут 100% OH-групп. При этом цепь может наращиваться в произвольном направлении и фиксироваться. Для жёсткой фиксации формы используются комплементарные архитектурные перевертыши.

Фосфатные группы ДНК/РНК по существу представляют собой пикотехнологический процессор, а точнее механизм, который меняет форму молекулы, которая может запоминаться за счёт взаимодействия комплементарных (и не очень) азотистых оснований. Удачная РНК-конструкция может тиражироваться, но может и модифицироваться, т.е. деградировать или развиваться. Эволюция, вероятно, началась или приобрела гигантский размах с разделения функций памяти и механизма, т.е. дифференцирования универсальных одноцепочечных ДНК на РНК и двухцепочечные ДНК.

http://img-fotki.yandex.ru/get/4810/nanoworld2003.28/0_4f4a1_890e485c_S

Модель гексафосфата, который по существу является элементом "центрального" пикотехнологического процессора суперспирали ДНК. Число таких элементов в три раза меньше числа нуклеотидных пар, входящих в состав суперспирали ДНК.

newmat = multimaterial name:"MyMultiMat" numsubs: (13)
newmat[1].faceted = on
newmat[2].faceted = on
newmat[3].faceted = on
newmat[4].faceted = on
newmat[5].faceted = on
newmat[6].faceted = on
newmat[7].faceted = on
newmat[8].faceted = on
newmat[9].faceted = on
newmat[10].faceted = on
newmat[11].faceted = on
newmat[12].faceted = on
newmat[13].faceted = on
newmat[1].diffuse = (color 200 0 0)
newmat[2].diffuse = (color 200 100 100)
newmat[3].diffuse = (color 0 200 200)
newmat[4].diffuse = (color 0 0 200)
newmat[5].diffuse = (color 100 0 200)
newmat[6].diffuse = (color 200 0 200)
newmat[7].diffuse = (color 150 0 0)
newmat[8].diffuse = (color 100 50 0)
newmat[9].diffuse = (color 0 80 50)
newmat[10].diffuse = (color 100 100 100)
newmat[11].diffuse = (color 0 200 0)
newmat[12].diffuse = (color 200 200 0)
newmat[13].diffuse = (color 255 255 255)
m0 = box length:0.1 width:0.1 height:0.1 pos:[0,0,0]
m3 = mesh vertices: #([-3.5,0,-7],[0,-3.5,-7],[3.5,0,-7],[0,3.5,-7],[-3.5,0,7],[0,-3.5,7],[3.5,0,7],[0,3.5,7]
,[-7,-3.5,0],[-7,0,-3.5],[-7,3.5,0],[-7,0,3.5],[7,-3.5,0],[7,0,-3.5],[7,3.5,0],[7,0,3.5]
,[0,-7,-3.5],[-3.5,-7,0],[0,-7,3.5],[3.5,-7,0],[0,7,-3.5],[-3.5,7,0],[0,7,3.5],[3.5,7,0]) \
faces: #([1,3,2],[1,4,3],[5,6,7],[5,7,8],[9,11,10],[9,12,11],[13,14,15],[13,15,16],[17,19,18],[17,20,19],[21,22,23],[21,23,24]
,[1,2,17],[17,18,9],[9,10,1],[1,17,9],[10,22,4],[4,1,10],[10,11,22],[22,21,4],[11,5,23],[23,22,11],[11,12,5],[5,8,23]
,[12,18,6],[6,5,12],[12,9,18],[18,19,6],[8,16,24],[24,23,8],[16,15,24],[8,7,16],[15,3,21],[21,24,15],[15,14,3]
,[3,4,21],[14,20,2],[2,3,14],[14,13,20],[20,17,2],[13,7,19],[19,20,13],[13,16,7],[7,6,19]) \
wirecolor: [255,255,0]
m3.material = newmat[11]
m3.pivot=[0,0,0]
m4 = copy m3
m4.material = newmat[11]
move m4 [7.1,7.1,7.1]
rotate m4 60 [1,1,1]
m4.parent = m3
m5 = copy m3
m5.material = newmat[11]
move m5 [-7.1,-7.1,7.1]
rotate m5 60 [-1,-1,1]
m5.parent = m3
m6 = copy m3
m6.material = newmat[11]
move m6 [-7.1,7.1,-7.1]
rotate m6 60 [-1,1,-1]
m6.parent = m3
animate on
at time 100 rotate m4 -120 [1,1,1]
-- animate on
-- at time 100 rotate m5 -120 [-1,-1,1]
animate on
at time 100 rotate m6 -120 [-1,1,-1]
rotate m3 45 [1,0,0]
rotate m3 -35.27 [0,1,0]
rotate m3 60 [0,0,1]
move m3 [-23.2,0,4.1]
mm1 = copy m3
mm2 = copy m4
mm2.parent = mm1
mm3 = copy m5
mm3.parent = mm1
mm4 = copy m6
mm4.parent = mm1
mm1.pivot = [-23.2,0,4.1]
rotate mm1 -70.54 [0,1,0]
move mm1 [0,0,-8.2]
mm1.pivot = [0,0,0]
rotate mm1 -60 [0,0,1]
ma1 = copy m3
ma2 = copy m4
ma2.parent = ma1
ma3 = copy m5
ma3.parent = ma1
ma4 = copy m6
ma4.parent = ma1
ma1.pivot = [0,0,0]
rotate ma1 -120 [0,0,1]
ma5 = copy mm1
ma6 = copy mm2
ma6.parent = ma5
ma7 = copy mm3
ma7.parent = ma5
ma8 = copy mm4
ma8.parent = ma5
ma5.pivot = [0,0,0]
rotate ma5 -120 [0,0,1]
mb1 = copy m3
mb2 = copy m4
mb2.parent = mb1
mb3 = copy m5
mb3.parent = mb1
mb4 = copy m6
mb4.parent = mb1
mb1.pivot = [0,0,0]
rotate mb1 120 [0,0,1]
mb5 = copy mm1
mb6 = copy mm2
mb6.parent = mb5
mb7 = copy mm3
mb7.parent = mb5
mb8 = copy mm4
mb8.parent = mb5
mb5.pivot = [0,0,0]
rotate mb5 120 [0,0,1]
m3.parent = m0
mm1.parent = m0
ma1.parent = m0
ma5.parent = m0
mb1.parent = m0
mb5.parent = m0
animate on
at time 100 rotate m0 -120 [0,0,1]

http://img-fotki.yandex.ru/get/5606/nanoworld2003.28/0_4f4b6_7a069606_L.jpg

Пластмассовая модель кольцевого элемента "центрального" пикотехнологического ДНК-процессора.

http://img-fotki.yandex.ru/get/5906/nanoworld2003.29/0_4f4c1_705c19df_L.jpg

Модель элемента с присоединёнными OH-группами. Те же 24 атома, что на анимации виртуальной модели:

http://img-fotki.yandex.ru/get/4810/nanoworld2003.28/0_4f4a1_890e485c_S

Другие фотки на эту тему см. в альбоме: "Пикотехнологические модели": http://fotki.yandex.ru/users/nanoworld2 … um/109941/

Материал с форума лаборатории Наномир:

Victoria: Я же "в ручном режиме" за несколько дней состряпаю модель всей тРНК, с Вашей помощью, конечно.

Кушелев: Модели прямолинейных участков состряпать легко. Даже с кусками петель:

http://img-fotki.yandex.ru/get/5706/nanoworld2003.28/0_4f335_3e755a19_S

Чтобы вместо одинаковых азотистых оснований были разные, достаточно дописать страничку-генератор азотистых оснований.

А самое трудное - выставить правильные углы в зонах петель. Для этого нужно либо дигитайзер, либо специальная программа, которую я вряд ли смогу написать самостоятельно в обозримом будущем. Тут нужна помощь профессионального программиста, освоившего максскрипт...

И, конечно же, интересно создать не "мёртвую", а "живую" модель тРНК, чтобы подвижные элементы двигались, и модель демонстрировала свои функциональные возможности...

Схематично я это уже обрисовал. Псевдоуридиловая и дигидроуридиловая петли выполняют функцию рулей, поворачивая тРНК "на зов рибосомы". Акцепторная несёт аминокислоту, антикодоновая срезает триплет иРНК и продолжает вращение до терминирующего азотистого основания. Вариабельные петли нужны для задания начальных углов поворота тРНК в рибосоме. Вариабельные участки дигидроуридиловой петли нужны для балансировки, т.к. вариабельные петли нарушают балансировку тРНК.

Всё это показать наглядно и точно можно либо на физической модели, либо с помощью более крутой программы, чем та, что мне удалось создать лично. Я даже подпрограммы-скрипты ещё не умею писать. А без них уровень автоматизации очень низкий...

Какой смысл писать скрипты-"простыни", если можно сделать подпрограмму для синтеза любого нуклеотида?

Я попытаюсь написать такую подпрограмму, но без поддержки программиста-профессионала это может затянуться...

 Приглашение к сотрудничеству

для людей умеющих самостоятельно мыслить; не просто умных, а мудрых, которые чувствуют, где истина

Лаборатория Наномир готова к любому взаимовыгодному сотрудничеству. У нас есть  сторонники как явные, которые помогают морально и материально, есть очень много пассивных наблюдателей, есть и ярые противники, которые используют любые методы и средства (аморальные и просто преступные), чтобы уничтожить работу лаборатории и дискредитировать ее.

В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень,  невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды.

Вклад каждого не останется незамеченным  в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия.

В этом году были куплены рубиновые шарики для эксперимента на сумму ~1000 долл. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. В этом же году, вероятно, можно было создать микроволновую энергетику, если бы удалось купить рубиновых шариков на сумму ~5000 долл. или найти сырьё (рубин N11), из которого можно сделать рубиновые шарики для эксперимента в Дубне.

Уже готов эксперимент по созданию "эликсира вечной молодости". Благодаря первому взносу (в размере 500 долларов) Золдракса в ближайшие дни он начнется. Сейчас ведутся переговоры еще с двумя потенциальными инвесторами по поводу финансирования этого проекта.

Созданы первые версии пикотехнологии, с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий.

Сотрудничество может быть различным:

- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)

- совместное создание коммерческого продукта

- поиск инвесторов

- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов

- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир

- содействие в проведении экспериментов и т.п.

- написание совместных научных статей и т.п.

- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)


Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.

+7-926-5101703, +7-903-2003424, +7-916-8265031, Skype: Kushelev2009, mail: kushelev2011@yandex.ru

веб-мани: WM-кошелек R426964799301
В избранное