Выпуск 230

 Лаборатория Наномир

Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и меркнут чудеса ...

 Nanoworld - The Power Engineering of the Future

Обсуждение

 Кушелев Юрий Николаевич

Он был всегда полон большим количеством идей, предложений, проектов. Не зря среди студентов его называли "генератор идей", "фантастрон". Лично им и в соавторстве было получено более 20 патентов и авторских свидетельств, под его руководством было подготовлено и защищено свыше 15 кандидатских диссертаций.

Обсуждение

 Прецизионный гониометрический пикотехнологический дигитайзер

http://www.hwp.ru/article.php?ID=3442

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6004/nan … 9_orig.jpg

Стандартная перчатка уже продаётся. Остаётся создать программу, которая позволит брать виртуальной рукой модели азотистых оснований тРНК и поворачивать вокруг заданных осей на произвольные композиционные углы.

Интересно, насколько сложно написать такую программу? Вероятно, можно начать с упрощённой версии, где вместо перчатки можно использовать джойстик или даже мышку. Главное - наблюдать за происходящим в 3D, т.е. через стерео-очки. Тогда создание виртуальной пикотехнологической модели будет почти таким же простым занятием, как физической модели.

http://club.itdrom.com/bloger/blogs/hi_tech/14.html

Цитата: сегодня игровую перчатку P5 Glove от компании Essential Reality можно приобрести за 115 долларов

А тут рассказывают, как делают самодельные кибер-перчатки по 500 баксов: http://kiborgov.net/articles-mouses-tat … 15-03.html

В принципе начать можно с усовершенствования скрипта, где углы можно менять в реальном времени мышкой. Главное, чтобы изображение модели было стерео. В моноварианте очень неудобно...

С этой задачей, вероятно, программист справится легко

Кушелев: По-хорошему надо делать и виртуальный конструктор, т.е. для сборки в виртуальном пространстве вручную, и прецизионный дигитайзер. У каждого из этих способов есть свои сильные и слабые стороны...

Цитата:

VERT X 2831-736-621-102
Общая информация

Наименование: VERT X 2831-736-621-102
Дополнительные наименования: Angular-position sensor
Номер по каталогу ELFA: 64-900-46
Производитель: Contelec
Наличие на складе (Швеция, Cтокгольм): 1
Срок поставки: от 4-6 недель

Цена, руб. (с НДС):
5440.98 (от 1 шт.)
5071.4 (от 5 шт.)

Конец цитаты.

Кушелев: Для моделирование петель тРНК необходимо 8, а лучше 10 моделей нуклеотидов, а это значит 8-10 пар датчиков, т.е. 16-20 датчиков по ~5 000 рублей.

Одни датчики для дигитайзера обойдутся в 100 000 рублей...

Материал с форума лаборатории Наномир:

Кушелев: Мне нравится Ваш оптимизм! Вы не могли бы передать мне последовательность рассчитанных Вам пар композиционных углов для тРНК?
Большинство композиционных углов выглядят так: [0,0], но ~10% углов (те, что на повороте петель), отличаются и могут быть типа [~120,-60].
Приблизительно я определил несколько пар композиционных углов для псевдоурациловой петли:

Вот они:

--                                                       turn
anglecomp1 = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,120,0,  60, 120,
,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
anglecomp2 = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0  ,0,-120,-120,
,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
--

Вы не могли бы уточнить их, чтобы произошло точное замыкание, которое у меня получилось неточно?

Кушелев: В виртуальном пространстве 3DS Max я не могу строить модель тРНК так же легко, как в случае пластмассовой модели.

1. В пластмассовой модели я могу замкнуть комплементарную пару, и при этом углы поворота суставов, которые находятся в промежутке занимают свои положения автоматически, т.к. все они связаны в систему. В пространстве 3SD Max я такую связь пока реализовать не могу. Возможно, что для специалистов это - не проблема.

2. В физической (пластмассовой) модели я могу поворачивать элементы в реальном времени. В виртуальном пространстве 3DS Max я пока этого не могу. Возможно, что для этого нужно дописать скрипт или использовать плагин(ы).

3. Физическую модель я вижу в стерео, а виртуальную в моно-режиме. Возможно, что исправить ситуацию позволит современный компьютер, специальное матобеспечение и стереомонитор или очки.

4. Физическую модель я ощущаю, а виртуальную нет. Возможно, что это тоже можно реализовать, но вопрос во времени и в цене.

Кушелев: Так речь и не идёт об унификации. Все композиционные углы уникальны. Даже нулевые углы - это лишь первое приближение. В реальной тРНК даже нулевые углы в зонах петель могут заметно отличаться от нулевых значений

Обсуждение.

Скрипт-генератор ДНК / РНК

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5905/nan … 0_orig.gif

Последовательно менять углы неудобно. Либо нужно делать связность в виртуальной модели, либо нужно делать физическую модель с дигитайзером углов. В конце-концов 20 датчиков углов за 5000 * 20 = 100 000 рублей по цене фактически совпадают с современным компьютером, в котором можно реализовать стерео-режим, а создание виртуального конструктора со связностью элементов может обойтись ещё дороже. Хотя, по-хорошему надо было бы реализовать и то, и другое...

Анимация: http://video.yandex.ru/users/nanoworld2003/view/30/#

Выражаю благодарность всем, кто помог!

Скрипт:

p = #(); p1 = #(); p2 = #(); aa = #(); ax = #(); ay = #(); r = #(); nuclcol = #(); gp = #(); gn = #(); gg = #()
-- adenosine, cytosine, guanine, timidine, uracil, inosine, pseudouracil, dihydrouracil, methyl inosine, x-circles maximum, w-methyl-2-guanine, v-methyl-1-guanine
nucl = #("a","c","g","t","u","i","p","d","m","x","w","v")
nuclcolor = #([200,0,0],[200,100,100],[0,200,200],[0,0,200],[100,0,200],[200,0,200],[150,0,0],[100,50,0],[0,80,50],[100,100,100])
--*****************************************************************************************************************
seq = #("a","c","c","a","c","c","u","g","c","u","c","a","g","g","c","c","u","u","a","g","c","p","t","g","g","c","c"
,"u","c","d","g","g","a","g","a","g","g","g","p","m","c","g","i","u","u","c","c","c","u","c","w"
,"c","g","c","g","a","d","g","g","c","d","g","a","u","g","c","g","v","u","g","u","g","c","g","g","g")
--*****************************************************************************************************************
--                                                       turn
anglecomp1 = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,120,0,  60, 120, 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
anglecomp2 = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0  ,0,-120,-120, 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
--*****************************************************************************************************************
px = #(4.2,-4.2,4.2,-4.2,-4.2,4.2,-4.2,4.2); py = #(-4.2,-4.2,4.2,4.2,4.2,4.2,-4.2,-4.2); pz = #(4.2,4.2,4.2,4.2,-4.2,-4.2,-4.2,-4.2)
pa = #(35.27,35.27,-35.27,-35.27,35.27,35.27,-35.27,-35.27); pb = #(45,-45,45,-45,45,-45,45,-45)
-- PH2
pindex  = #(1,0,0,1,0,1,1,0, 0,0,0,0,0,0,0,0, 1,1,1,1,1,0,1,1, 0,1,1,1,1,1,1,1, 1,1,1,0,1,0,1,1, 1,0,1,1,0,1,1,1)
pindex2 = #(1,0,0,1,0,1,1,0, 0,0,0,0,0,0,0,0, 1,1,1,1,1,0,1,1, 0,1,1,1,1,1,1,1, 0,0,0,0,0,0,0,0, 0,0,0,0,0,0,0,0)
trnk = torus radius1:0.1 radius2:0.04 segs:3 sides:3 position: [0,0,0] wirecolor:[200,200,200]
Converttomesh trnk
newmat = multimaterial name:"MyMultiMat" numsubs: (12)
-- newmat.diffuse = #([200,0,0],[200,100,100],[0,200,200],[0,0,200],[100,0,200],[200,0,200],[150,0,0],[100,50,0],[0,80,50],[100,100,100])
newmat[1].diffuse = (color 200 0 0)
newmat[2].diffuse = (color 200 100 100)
newmat[3].diffuse = (color 0 200 200)
newmat[4].diffuse = (color 0 0 200)
newmat[5].diffuse = (color 100 0 200)
newmat[6].diffuse = (color 200 0 200)
newmat[7].diffuse = (color 150 0 0)
newmat[8].diffuse = (color 100 50 0)
newmat[9].diffuse = (color 0 80 50)
newmat[10].diffuse = (color 100 100 100)
newmat[11].diffuse = (color 0 200 0)
newmat[12].diffuse = (color 200 200 0)
trnk.material = newmat[10]
-- $.mat = MutliSub ()
for k = 18 to 22 do(
for ll = 1 to 8 do(if pindex[ll] > 0 then (p[ll] = torus radius1:4.8 radius2:0.4 segs:20 sides:12 position: [px[ll],py[ll],pz[ll]] wirecolor:[0,200,0]
rotate p[ll] pa[ll] [1,0,0]; rotate p[ll] pb[ll] [0,1,0])); g0 = group #(p[01],p[04],p[06],p[07])
for ll = 17 to 24 do(if pindex[ll] > 0 then (p[ll] = torus radius1:4.8 radius2:0.4 segs:20 sides:12 position: [px[ll-16],py[ll-16],pz[ll-16]] wirecolor:[0,200,0]
rotate p[ll] pa[ll-16] [1,0,0]; rotate p[ll] pb[ll-16] [0,1,0])); g2 = group #(p[17],p[18],p[19],p[20],p[21],p[23],p[24])
rotate g2 60 [-1,-1,1]; move g2 [-8.4,-8.4,8.4]
for ll = 25 to 32 do(if pindex[ll] > 0 then (p[ll] = torus radius1:4.8 radius2:0.4 segs:20 sides:12 position: [px[ll-24],py[ll-24],pz[ll-24]] wirecolor:[0,200,0]
rotate p[ll] pa[ll-24] [1,0,0]; rotate p[ll] pb[ll-24] [0,1,0])); g3 = group #(p[26],p[27],p[28],p[29],p[30],p[31],p[32])
rotate g3 60 [-1,1,-1]; move g3 [-8.4,8.4,-8.4]; g6 = group #(g0,g2,g3); g6.pivot = [0,0,0]
rotate g6 -45 [0,0,1]; rotate g6 -15.5 [1,0,0]; move g6 [-37.5,-9.5,11.5]; ungroup g6; ungroup g3; ungroup g2; ungroup g0
select #(p[01],p[04],p[06],p[07],p[17],p[18],p[19],p[20],p[21],p[23],p[24],p[26],p[27],p[28],p[29],p[30],p[31],p[32])
macros.run  "Modifier stack" "convert_to_Mesh"; element2 = copy p[1] wirecolor: [0,200,0]
for ll = 2 to 32 do(if pindex2[ll] > 0 then (attach element2 p[ll])); delete p[1]
element2.material = newmat[11]
-- rybose
x = #(6,-6,0,0,0,0,15,-15,23.5,-23.5,25,-25,20,-20,19,-19,19,-19,22.5,-22.5,22.5,-22.5,10,-10,10,-10,15.5,-15.5,15.5,-15.5,0,6,-6,0,-5.5,5.5,0,-23.7,-16.5,-26
,-23.5,-18,-15.5,-26,-29.53,-31.51,-21.611,-23.59,-21.611,-19.631,-29.53,-27.55,-43.389,-43.39,-37.45,-37.45,-31.51,-31.51,-37.45,-37.45)
y = #(-58,-58,-58,-58,-49,-49,-55,-55,-47,-47,-37.5,-37.5,-26.5,-26.5,-50.5,-50.5,-50.5,-50.5,-32,-32,-32,-32,-47,-47,-47,-47,-38.5,-38.5,-38.5,-38.5,-55,-63
,-63,-69,-60.5,-60.5,-66,-55.7,-48,-58,-48,-58,-56,-50,-28.049,-26.864,-25.754,-24.57,-32.563,-33.747,-34.857,-36.042,-26.864,-19.981,-23.46,-16.576,-19.981
,-26.864,-23.385,-30.268)
z = #(0,0,6,-6,7,-7,0,0,0,0,0,0,0,0,6,6,-6,-6,6,6,-6,-6,7,7,-7,-7,7,7,-7,-7,-13.5,-8.5,-8.5,-10.5,-16,-16,-18,-17.5,-13,-10,-15.5,-8,-15.5,-8,17.242,9.165
,15.637,7.56,5.902,13.98,7.507,15.584,9.165,4.35,14.032,9.217,4.35,9.165,-0.517,4.297)
a = #(90,90,30,-30,-20,20,90,90,90,90,90,90,90,90,30,30,-30,-30,30,30,-30,-30,-20,-20,20,20,-20,-20,20,20,75,50,50,75,50,50,-30,-30,80,80,60,60,60,60,40,70
,-55,55,40,70,-55,55,71.5,71.5,0,-71.5,71.5,71.5,0,-71.5)
b = #(45,-45,0,0,0,0,-5,5,95,-95,65,-65,-15,15,45,-45,45,-45,120,-120,120,-120,30,-30,30,-30,90,-90,90,-90,0,75,-75,0,75,-75,0,-45,-45,-45,30,30,235,235,-120
,60,-40,-18,-120,60,-40,-18,-60,60,0,0,-60,60,0,0)
ri = #(1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,0,1,1,0,1,1,1,1,1,1,0,1,0,1,1)
for l = 1 to 60 do(
if ri[l] > 0 then (r[l] = torus radius1:4.8 radius2:0.4 segs:20 sides:12 position: [x[l],y[l],z[l]] wirecolor: [200,200,0]
rotate r[l] a[l] [1,0,0]
rotate r[l] b[l] [0,0,1]
))
select #(r[1],r[2],r[3],r[5],r[6],r[7],r[8],r[9],r[10],r[11],r[12],r[13],r[14],r[15],r[16],r[17],r[19]
,r[21],r[22],r[23],r[24],r[25],r[26],r[27],r[28],r[29],r[30],r[31],r[32],r[33],r[34],r[35],r[36],r[37],r[38],r[39]
,r[41],r[42],r[43],r[44],r[45],r[47],r[48],r[50],r[51],r[52],r[53],r[54],r[55],r[57],r[59],r[60])
macros.run  "Modifier stack" "convert_to_Mesh"
element1 = copy r[1] wirecolor: [200,200,0]
for ll = 2 to 60 do(if ri[ll] > 0 then (attach element1 r[ll]))
delete r[1]
element1.material = newmat[12]
-- adenosine, cytosine, guanine, timidine, uracil, inosine, pseudouracil, dihydrouracil, methyl inosine, x-circles maximum, w-methyl-2-guanine, v-methyl-1-guanine
if (seq[k] == nucl[10]) then (ai = #(1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1); axi = #(1,1,1,1,1,1,1,1); ayi = #(1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1); nuclcol = nuclcolor[10]; nc=10)
if (seq[k] == nucl[1]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0); nuclcol = nuclcolor[1]; nc=1)
if (seq[k] == nucl[2]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0,0,0); nuclcol = nuclcolor[2]; nc=2)
if (seq[k] == nucl[3]) then (ai = #(0,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0); nuclcol = nuclcolor[3]; nc=3)
if (seq[k] == nucl[4]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0,0,0); nuclcol = nuclcolor[4]; nc=4)
if (seq[k] == nucl[5]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0,0,0); nuclcol = nuclcolor[5]; nc=5)
if (seq[k] == nucl[6]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0); nuclcol = nuclcolor[6]; nc=6)
if (seq[k] == nucl[7]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0,0,0); nuclcol = nuclcolor[7]; nc=7)
if (seq[k] == nucl[8]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0,0,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0,0,0); nuclcol = nuclcolor[8]; nc=8)
if (seq[k] == nucl[9]) then (ai = #(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,0); axi = #(0,0,1,1,0,0,0,0); ayi = #(0,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,0); nuclcol = nuclcolor[9]; nc=9)
--
element0 = torus radius1:0.1 radius2:0.05 segs:3 sides:3 position:[0,0,0] wirecolor: nuclcol
select #(element0); macros.run  "Modifier stack" "convert_to_Mesh"
for i = 1 to 3 do for j = 1 to 5 do (n = i + 3*(j-1)
if ai[n] > 0 then (aa[n] = torus radius1:4.8 radius2:0.4 segs:20 sides:12 position:[10*(i-2),10*(j-5),10*0.5] wirecolor: nuclcol
aa[n+12]=copy aa[n] wirecolor: nuclcol; move aa[n] [0,0,-10]; select #(aa[n],aa[n+12]); macros.run  "Modifier stack" "convert_to_Mesh"
attach element0 aa[n];attach element0 aa[n+12]))
for i = 1 to 2 do for j = 1 to 4  do (m = i + 2*(j-1)
if axi[m] > 0 then (ax[m] = torus radius1:4.8 radius2:0.4 segs:20 sides:12 position:[10*(3*(i-1.5)),10*(j-4),0] wirecolor: nuclcol
rotate ax[m] 90 [0,1,0]; select #(ax[m]); macros.run  "Modifier stack" "convert_to_Mesh"
attach element0 ax[m]))
for i = 1 to 3 do for j = 1 to 5  do (m = i + 3*(j-1)
if ayi[m] > 0 then (ay[m] = torus radius1:4.8 radius2:0.4 segs:20 sides:12 position:[10*(i-2),10*(j-4.5),0] wirecolor: nuclcol
rotate ay[m] 90 [1,0,0]; select #(ay[m]); macros.run  "Modifier stack" "convert_to_Mesh"
attach element0 ay[m])
element0.material = newmat[nc])
-- first vector
gr1 = group #(element0, element1,trnk)
gr1.pivot = [-37.451, -2.887, 14.138]
rotate gr1 anglecomp1[k] [0, -27.384, -9.84]
ungroup gr1
-- second vector
gr2 = #(element0, element1, element2,trnk)
gr2.pivot = [-43.391, -10.855, 7.631]
rotate gr2 anglecomp2[k] [-11.880, -2.245, -8.094]
ungroup gr2
-- translation vector
attach trnk element0
attach trnk element1
attach trnk element2
move trnk [5.511 ,-49.39, -25.725]
trnk.pivot = [-26, -58, -10]
-- translation angles
rotate trnk 50 [0, 1, 0]
rotate trnk 35 [0, 0, 1])

Ну что же, скрипт практически готов. Теперь можно приступать к созданию физического или виртуального дигитайзера...

Материал с форума лаборатории Наномир:

Victoria: Я Вас поздравляю с этим достижением и уже с нетерпением жду того момента, когда и у меня дойдут руки до моделирования тРНК в виртуальном пространстве. Будет очень интересно сравнить наши модели тРНК, а они, как повелось, несомненно будут различными . Вам огромное спасибо за проделанную работу, которая ещё раз демонстрирует, что для достижения поставленной цели учёный может справиться с любой даже не профильной задачей. Ещё раз поздравляю.

 Обсуждение.

 Транспозиционные углы ДНК/РНК/белков

В процессе настройки композиционных углов тРНК выяснилось, что их вариациями принципиально невозможно параллельно перенести азотистое основание для сопряжения антипараллельной цепи.

Меняя композиционные углы можно совместить комплементарные нуклеотиды лишь в одной точке, но повернуть азотистое основание без смещения невозможно.

Вот пример композиционных углов. при котором происходит совмещение комлпементарных нуклеотидов в одной точке:

anglecomp1 = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,120,  0, 100, 150, 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
anglecomp2 = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0  , 40,-160,-160, 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0)

Анимация: http://video.yandex.ru/users/nanoworld2003/view/31/

Напомню, как выглядит матрица правильных композиционных углов:

anglecomp1 = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,120,0,  60, 120, 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
anglecomp2 = #(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,10 ,0,-120,-120, 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0)

Анимация: http://video.yandex.ru/users/nanoworld2003/view/30/

Отсюда следует, что кроме композиционных углов в ДНК/РНК существуют транспозиционные углы. На пластмассовой модели они заметны. В ближайшее время я покажу эти углы с помощью демонстрационной анимации. Достаточно трёх пар транспоцизионных углов (в каждом нуклеотиде - одна пара), чтобы параллельно передвинуть (в разумных пределах) четвёртый по счёту нуклеотид. Именно четвёртый нуклеотид и замыкает псевдоурациловую петлю тРНК.

Для точного позиционирования нуклеотидов тРНК придётся модифицировать скрипт-генератор ДНК/РНК, т.е. дополнить его парами транспозиционных углов для каждого нуклеотида.

Достаточно один раз определить пары композиционных и транспозиционных углов для каждого типа петли ДНК/РНК, чтобы в дальнейшем можно было пользоваться табличными значениями этих углов.

Напомню, что композиционные углы оказались кратны 60 градусов, т.е. соответствуют положениям устойчивого или неустойчивого равновесия.

Транспозиционные углы могут быть произвольными, но так же сопряжёнными между собой. Например, при увеличении одного из них на повороте ДНК/РНК на 180 градусов, изменение второго угла равно изменению первого, но с противоположным знаком. И так для каждого из трёх нуклеотидов.

Видео: http://video.yandex.ru/users/nanoworld2003/view/32/

  Обсуждение.

 Пикотехнологическая модель обратной транскриптазы.

Обратная транскрипция — это процесс образования двуцепочечной ДНК на матрице одноцепочечной РНК. Данный процесс называется обратной транскрипцией, так как передача генетической информации при этом происходит в «обратном», относительно транскрипции, направлении.[1]

Идея обратной транскрипции вначале была очень непопулярна, так как противоречила центральной догме молекулярной биологии, которая предполагала, что ДНК транскрибируется в РНК и далее транслируется в белки.[2]

Однако в 1970 году Темин[3] и Балтимор[4] независимо друг от друга открыли фермент, названный обратной транскриптазой (ревертазой), и возможность обратной транскрипции была окончательно подтверждена. В 1975 году Темину и Балтимору была присуждена Нобелевская премия в области физиологии и медицины.

***

DNA polymerase

http://www.qbiogene.com/products/pcr/isis.shtml

 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/1261044

Анимация: http://video.yandex.ru/users/nanoworld2003/view/28/

Обсудить

 Монетизация микроволновой энергетики...

Соинвесторы лаборатории Наномир затаили дыхание, т.к. в ближайшем эксперименте в Дубне может включиться рубиновый генератор.

 

Эксперимент в Дубне 2011-02-17 превзошёл все ожидания... Подробнее

Вы тоже хотите присутствовать на этом эпохальном эксперименте?
-А это возможно?
-Нет ничего невозможного.
-И каковы условия?
-Если Вы хотите находиться в помещении, где будет включаться рубиновый генератор, то цена этому - жизнь. Дело в том, что в помещении, где проводится эксперимент, уровень радиации смертельный, поэтому исследователи находятся за пределами лабиринтной защиты, куда не может проникнуть смертельное излучение ускорителя.
-А если присутствовать вместе с исследователями, чтобы увидеть "засветится / не засветится" в реальном времени?
Кушелев: А давайте дадим возможность определить цену самим участникам. Пусть они сами решат, сколько стоит участие в решающем эксперименте.
-А сколько человек могут там находиться?
Кушелев: Кроме специалистов из Дубны в зале могут находиться ещё три человека.
В настоящее время планируется присутствие:
1. Александра Кушелева
2. Ярослава Старухина
3. Вячеслава Васильева
Вот и давайте спросим, за какую сумму каждый из трёх уступит своё место?
Я предлагаю провести аукцион, который позволит уточнить цену.
Начальная цена, при которой я уступлю своё место - 100 000 евро.
Тот, кто заплатит, тот будет участвовать в эксперименте вместо меня.
Повлияет ли эта замена на результат эксперимента?
Может повлиять, если в процессе эксперимента нужно будет принять важное решение, а вместо меня там будет находиться соинвестор.
Давайте спросим Ярослава Старухина и Вячеслава Васильева, может быть они уступят свои места за меньшую сумму?
А пока решается судьба трёх самых дорогих билетов, можно поговорить о втором эшелоне зрителей.
Если рубиновый генератор будет включен в ближайшем эксперименте, и его можно будет вынести за пределы охраняемой территории, то увидеть его свечение могут те, кто расположится непосредственно возле проходной. Там уже число зрительных мест неограничено, т.к. вокруг - лес на десятки километров.
Но для того, чтобы оказаться "в нужном месте, в нужное время", нужно знать, где это будет и когда.
"Главное - когда" (Из к/ф-ма "Назад, в будущее!")
Давайте определим цену на эту информацию во вторичном аукционе "Дубна-2011"
Начальная цена - десятикратная цена проезда "Москва-Дубна" на обычной электричке. Напомню, что цена билета на электричку от Москва Савеловская до Дубна равна 231 рубль.
"Туда-обратно" соответственно 462 рубля. Умножаем на 10 = 4620 рублей.
Те, кто успеет передать мне эту сумму, узнают точное время начала эксперимента заранее.
Кто хочет узнать результаты ближайшего эксперимента в Дубне бесплатно, может попытаться это сделать с помощью бесплатной золотой рассылки "Новости лаборатории Наномир": http://subscribe.ru/catalog/science.news.nanoworldnews

Естественно, что качество и достоверность информации зависит от цены.

Именно эти изделия в настоящее время готовятся к испытаниям в Дубне.

Аукцион "Дубна-2011" проводится непосредственно в этой теме.

 Материал с форума:

Вести из Дубны

***

Кушелев: Командировочные удостоверения для всех участников эксперимента в Дубне готовы.

 Обсуждение

 Корпорация РОСПИКО

Кушелев: Учитывая официальный ответ из РОСНАНО:

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/180.htm

предлагается создать государственную (а если государству это не нужно, то частную) корпорацию РОСПИКО, которая будет развивать созданные в 1992-ом году пикотехнологии.

Напомню, что в 1992-ом году министерство образования и науки России объявило конкурс научных проектов, на который был представлен и комплексный проект Наномир:

Похожие материалы: http://fotki.yandex.ru/users/nanoworld2 … 16110/?p=0

В текстовом варианте: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 930114.htm

Ссылки по теме:

http://nanoworld88.narod.ru/data/194.htm

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201006/28184516.html

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/9940920.htm

Иллюстрации по теме:

Подробнее

Обращение к президенту России, Д.А. Медведеву

 От "черных дыр" придётся отказаться...

Обсуждение

"Техника Молодёжи". Лучшая обложка 1990 года

Обсуждение.

 Прецессия аттрактора...

Электрон можно представить захваченными электромагнитными солитонами потенциальным полем электростатической деформацией эфира с образованием кольцевого аттрактора.

Аналогично происходит захват лазерного луча потенциальным полем на границе раздела сред в резонаторе "шепчущей галереи".

Подробнее

В работе В.С.Ильченко с соавторами показана прецессия закольцованного в микрорезонаторе лазерного луча в магнитном поле. Аналогично может происходить и прецессия электрона во внешнем магнитном поле. Описать это явление можно с помощью прецессии кольцевого аттрактора

Поколения кварков - рекурсия прецессии?!

Эпиграф: "Иллюзия выбора" (Татьяна Кушелева)

"Вы хотели формализации? Вы её получите!" (Александр Кушелев)

Вернёмся к захвату солитона потенциальным полем с образованием аттрактора. В данной научной статье рассматривался захват одиночной волны (солитона). Что же произойдёт, если потенциальным полем будет захвачена не одиночная волна, а линейный цуг (цепочка солитонов)?
Произойдёт захват линейного цуга с образованием семейства аттракторов. По существу это и есть формализация физической модели "электрон-кольцо".

Но, "наука не стоит на месте", поэтому процесс формализации будет продолжен в режиме "взрыва открытий" / "The explosion of discoveries" ...

Что же творится в кварках разных поколений? На уровне наглядного образа фронт внутрикварковой электромагнитной волны, точнее образующего кварк гамма-кванта, движется уже не по кругу, а по спирали.

- Что заставляет его двигаться не по кругу, а именно по спирали?
- То же, что заставляет гироскоп прецессировать.
- Получается, что самый легкий кварк можно описать прецессией семейства аттракторов?
- Совершенно верно. Магнитная деформация эфира заставляет прецессировать "хоровод гребней волны", что можно описать прецессией семейства аттракторов.
- А как быть с поколениями кварков?
- Так же, как с поколениями прецессии фрактального гироскопа. Она может быть описана рекурсией прецессии. На первом уровне прецессирует семейство аттракторов. На втором уровне - семейсвто семейств, а тяжёлый кварк - это прецессия семейсва семейств семейств аттракторов.
- Может быть в том же ключе можно формализовать и гравитацию, и другие фундаментальные зваимодействия?
- А почему бы и нет? В внешнем поле (гравитационном, электрическом, магнитном...) может происходить не только прецессия, но и трансляция. Вот вам и формализации взаимодействий.
Гравитационный, электрический, магнитный дрейф - это по существу трансляция семейства аттракторов. Естественно, что прецессия и трансляция могут сочетаться, т.е. процессы могут структурироваться.
Теперь интересно вернуться к образованию аттрактора и разобраться, что происходит в другом направлении...
Рождение электрон-позитронной пары - это захват линейного цуга потенциальными полями деформации эфира с образованием семейств аттракторов. Тогда аннигиляция - это размыкание семейства аттракторов в линейный цуг. Как же формализовать процесс образование цуга? Понятно, что расфокусировку цуга можно назвать деградацией, а формализовать расплывание, размытие фронта волнового пакета можно с помощью математического термина симметрии. Уменьшение порядка симметрии. При этом теряется направление распространения, т.е. курс. Тогда можно ввести понятие декурсия, т.е. деградация курса. Обратный процесс, т.е. самофокусировку электромагнитных волн в волновой пакет, цуг, можно формализовать с помощью термина "курсия". Есть рекурсия, есть декурсия, а это - просто курсия, т.е. появление направленного распространения, самофокусировки. При самофокусировки (курсии) образуется траектория. Это явление можно назвать траекторизацией или трекизацией. Если образуется трек одиночной волны, солитона, то это - простая трекизация. Если же образуется цуг волн или волновой пакет, то резонно ввести понятие семейство треков. Одним словом, семтрек. Структура семтрека зависит от энергии самосфокусированного волнового пакета. Чем больше энергии, тем больше периодов волны, что можно описать мощностью семейства. Дело в том, что изображение семейства отдельными линиями-треками - это упрощённое представление. В действительности процесс имеет распределённые параметры, поэтому его можно описывать не семействами линий, а потоком с распределениями по осям естественной системы координат. Естественно, что аттрактор - это тоже упрощённое представление захваченного потенциальным полем волнового потока. Можно даже ввести термин потоковый аттрактор, т.е. получается формализм, учитывающий распределённость параметров. На этом уровне нахождение аналитических решений усложняется, поэтому на первых порах могут применяться численные методы и распределённые вычисления.
Конечно, переход от статистической физики к классическому описанию процессов с распределёнными параметрами фактически требует перехода от последовательных вычислений к распределённым, зато и результат освобождается от неопределённости...
А теперь посмотрим наглядный образ прецессии семейства аттракторов:

Подробнее о модели кварка: http://nanoworld88.narod.ru/data/003.htm

 Обсудить.

 Лохотрон или новое научное направление?

 Дмитровский вал глазами пришельцев с острова Пасхи

http://blog.kp.ru/users/2614890/post100588193/

http://www.liveinternet.ru/users/1758119/post100570106/

Скоро людям и миллиона тонн золота маловато будет. Ведь звездолёты лучше делать из драгметаллов...

 Обсуждение.

Фракталы и сюрикены...

Кушелев: А этот фрактал очень напоминает типовой сюрикен (справа вверху)

 Обсуждение.

 Фрактальная антенна на основе квадрата Кантора

Обсуждение.

Измерительный генератор Г4-142 уже месяц находится в лаборатории Наномир, а без диода не удаётся измерить параметры рубиновых резонаторов 5-мм диапазона...

Диэлектрические волноводы из сапфира/рубина/граната на этот диапазон я изготовить могу, а диод лучше купить, тем более, что стоит он недорого...

Обсудить на форуме