Отправляет email-рассылки с помощью сервиса Sendsay

Новости сайта MolBiol.ru

  Все выпуски  

Новости сайта "Практическая Молекулярная Биология"


Информационный Канал Subscribe.Ru


    Новости сайта "molbiol.ru" N24

    04.12.02



    Портал на molbiol.ru.

         В прошлой рассылке новостей сообщалось о желании превратить molbiol.ru в портал. Процесс пошёл. Первый участник - Артём Будилов из Группы Секвенирования и картирования генома человека ИМБ РАН им В.А.Энгельгардта.
         Как следует из названия группы, они - специалисты в секвенировании. Кстати, делают сиквенсы и на заказ (см. объявление в разделе "Работы и услуги" или их собственный сайт www.seqmap.newmail.ru).
         Артём подготовил обзор "Методы расшифровки нуклеотидной последовательности фрагментов ДНК" посвящённый эволюции секвенирования от "плюс-минус" метода Ф.Сэнгера и Д.Коулсона (1975) до автоматических секвенаторов (характеристики современных секвенаторов сведены в сравнительную таблицу).

    **********************************************
         Ещё раз по поводу "портала". Основные правила изложены на странице "Сотрудничество с molbiol.ru". Важно, что полным хозяином и материала (имеется в виду возможность снять его и перенести в другое место) и страницы (размещение рекламы, ссылок на собственный сайт и т.п.) остаётся автор. Присоединяйтесь, дело хорошее!


    Новые материалы.

    "Поиск литературы (Medline, Biosis, Web of Science)".
           Егор Базыкин из Princeton University сделал сравнительный анализ баз данных научной литературы. По его инициативе на Форуме состоялось обсуждение нужно ли организовать доступ к альтернативным базам данных. Решено, что пока желающие могут размещать свои запросы на форуме Full text с названием базы данных в заголовке, (например, "Web of Science") и запросом в тексте сообщения. Если будет спрос и будут ответы, то сделаем что-то более удобное.


    Дополнение к протоколу "Выделение геномной ДНК из растений".
           Елена Ким (kimuch_xx1@mail.ru), магистрантка каф. Цитологии и гистологии СПбГУ, БИН РАН - лаб. Биосистематики и цитологии. Суть в том, что вместо того, чтобы морозить, растительную ткань сушат и хранят при комнатной температуре. Перед выделением ДНК сушенную ткань растирают в пыль. Я о таком фокусе слышу в первый раз, да и на Форуме народ с интересом обсуждает этот трюк.


    В начале месяца на "Весёлую страничку (она же "Coffee break")" выложена порция историй с форума.
           Наверное, в следующие выходные нужно будет новую порцию выкладывать. Новые истории выделены синим шрифтом. Вся "Весёлая страничка" сейчас разделена на 16 тем. Кстати, не все истории - с Форума. Некоторые посетители почему-то предпочитают пользоваться формой "Дополнить". Так что, тот, кто смотрит только Форум что-то пропускает.


    На английской стороне вывешены таблицы плотностей солей, растворов кислот, оснований и органических веществ.
           Это, я так понимаю, новость для тех, кто читает только по английски).


    Программы.

    По всему сайту (кроме немецкой и украинской сторон) переписаны таблицы растворов.
           Раньше они пересчитывались только по финальному объёму, теперь - по любому компоненту. Работающий пример ниже. Пока ещё руки не дошли сделать чтобы размерность в расчётах соответствовала последнему столбцу. Но как нибудь сядем и сделаем.
    I плазмидный раствор
         (хранить при +4oC)
    Конц.Сток50ml100ml150ml200ml
    Глюкоза50mM2M 1.25ml
    1.41g
    2.5ml
    2.825g
    3.75ml
    4.24g
    5.0ml
    5.56g

    Tris Cl, pH 8.025mM1.0 M1.25ml2.5ml3.75ml5.0ml
    EDTA10mM0.5 M1.0ml2.0ml3.0ml4.0ml
    H2O mQ46.5ml93ml139.5ml186ml


    Программа "Случайная последовательность нуклеотидов".
           Она умеет:
      • создавать случайные нуклеотидные последовательности заданной длины и GC-состава;
      • проводить случайную сортировку заданной последовательности.
      Иногда полезно, чтобы оценить достоверность поиска гомологии или предсказания функциональных областей по первичной последовательности. Идея взята с сайта "The Sequence Manipulation Suite" /P. Stothard/. Там выложен пакет JavaScript программ для молекулярной биологии. Ими можно пользоваться онлайн или скачать дистрибутив на собственный компьютер.
           Пример работы программы:
    > 220 nucleotides; random sequence with 15% GC TTATGTATATTTTTTAGAAGTTTTAAAGAATAAAAATTTATGCAATATGT
    TATCGTTATAATAATAACAGTGTAAAATACCATTAATTTTTATAAAACTT
    ATTCGTTAGTATTTATTATATTTTTCAGATAGAATTTAATAAGAATTGTT
    TCTTTTAAACTAAGCATTATAATATTTTTGAATAATAGACTATTTATGAT
    TATGATTTTCATTTAAATTT



    Ссылки.

    Раздел "Справочник":

    Раздел "Методы":
    • iProtocol Massachusetts Institute of Technology. Возможность поиска, форум. Поддерживается сотрудниками MIT.

    Раздел "Литература":
      Герой выпуска - <Шибато>. Все ссылки - его. Кроме того, он много интересного рассказал на Форуме.
    • W.H. Freeman & Company, раздел "Биология". Две хорошие книги на халяву:
      Кроме того, там много других книг и почти к каждой прилагаются обучающие мультфильмы или интерактивные вопросники - очень красиво и интересно, посмотреть стоит.
    • Principles of Biochemistry; 2 издание; Lehninger, Nelson, Cox.



    • Добавлено более 300 web-ссылок на адреса медико-биологических журналов. В основном ссылки для медиков. Было решено их внести, так как судя по FullText весьма многих интересуют именно медицинские журналы.


    Остальные новости.

         На узловых страницах сайта недавно изменённые страницы теперь отмечаются жёлтой лампочкой ( - как на светофоре: внимание). Порог новизны - 1 месяц. Текст переводится в разряд новых автоматически, при любых изменениях - и больших и маленьких.

         Число запросов на Full Text перевалило за 3300. В последнее время каждый день закрывается более 20. Огромное спасибо добрым коллегам!

         На главной странице прошло два объявления о лекциях: Э. Бёрда и С.Разина. Лекции уже прошли, а пишу я это к тому, что в колонке новостей molbiol.ru все желающие могут сообщать об организации лекций, школ, семинаров и т.п. Всё бесплатно, текст лучше присылать через web-форму.




    Алексей Солдатов.
    "Практическая Молекулярная Биология" http://molbiol.ru;
    e-mail: redactor@molbiol.ru



линия

кольцо
к началу документа

 


http://subscribe.ru/
E-mail: ask@subscribe.ru
Отписаться
Убрать рекламу

В избранное