Комиссия рассматривает ходатайства о помиловании осужденных, отбывающих наказание в учреждениях уголовно-исполнительной системы Министерства юстиции РФ, находящихся на территории Москвы, а также лиц, отбывших назначенное судом наказание и имеющих неснятую судимость. Членами Комиссии могут быть граждане Российской Федерации, имеющие высшее образование, пользующиеся уважением у граждан и имеющие безупречную репутацию.
Решения Комиссии принимаются путем открытого голосования простым большинством голосов присутствующих на заседании членов Комиссии и оформляются протоколом. При равенстве голосов, голос председателя Комиссии является решающим.
По материалам о помиловании Мэру Москвы представляются заключения. Мэр Москвы, как высшее должностное лицо субъекта РФ, не позднее чем через 15 дней со дня получения ходатайства о помиловании и заключения комиссии вносит Президенту РФ представление о целесообразности применения акта помилования в отношении осужденного или лица, отбывшего назначенное судом наказание и имеющего неснятую судимость. В случае отклонения Президентом РФ ходатайства о помиловании, повторное рассмотрение обращения осужденного допускается не ранее, чем через год, за исключением случаев возникновения новых обстоятельств, имеющих существенное значение для применения акта помилования.