Компьютер возможно оградить от огромного количества вирусов, запретив подключение к нему флешек. В центре
помощи Майкрософт0 неплохо описано, как предотвратить применение USB‐НАКОПИТЕЛЕЙ в Windows 2000‐2003 при помощи редактора реестра или установки прав доступа к файлам, однако я бы желал обратить ваше внимание на программу USB Manager - гибкое решение, не требующее понимания тонкостей работы ОС.