Суды подтвердили (постановление Федерального арбитражного суда Московского округа от 08.07.08 № КА-А40/6130-08), что вахтовый метод приемлем даже если работа находится на значительном расстоянии от место постоянной регистрации.
Ну а дальше все стандартно! При вахтовом методе выплачивается надбавка к зарплате (ст. 297 и ст. 302 ТК РФ). Надбавка не облагается ни страховыми взносами (подп. "и" п. 2 ч. 1 ст. 9 Закона № 212-ФЗ), ни НДФЛ (п. 3 ст. 217 НК РФ). И в полном объеме учитываются в налоговых расходах (п. 3 ст. 255 НК РФ). Против этого никогда не возражал Минфин и Минздравсоцразвития России (письма Минфина РФ от 16.06.09 № 03-04-06-01/137 и от 08.05.09 № 03-04-06-01/112, письмо Минздравсоцразвития РФ от 27.02.10 № 406-19).
