Linux Open Source Software Technologies Установка R в Ubuntu
R — популярный язык программирования с открытым исходным кодом, который специализируется на статистических расчетах и графиках. Он широко используется статистиками для разработки статистического программного обеспечения и проведения анализа данных. Одной из сильных сторон R есть его расширяемость. Пользователи могут создавать и публиковать собственные пакеты. R Сообщество очень активно, постоянно добавляются пользовательские статистические пакеты для спецефических областей науки. Что делает R
применимым во многих сферах.
CRAN (Comprehensive R Archive Network) — это набор сайтов (зеркал) на которых размещены множество пакетов, и сами дистрибутивы R. Вы можете скачать R с любого из них но мы будем использовать RStudio.
В этом руководстве вы узнаете как установить и настроить R в Ubuntu 14.04. Большинство инструкций подойдут и для других операционных систем, нужно будет изменить лишь несколько команд. На все про все у вас должно уйти не больше 10-15 минут.
Требования
Конечно же нам потребуется Ubuntu 14.04 так как именно на нее рассчитана статья и 1 Гигабайт оперативной памяти в системе. Если памяти недостаточно, необходимо подключить раздел подкачки.
Все команды выполняются от обычного пользователя, если будет нужен рут доступ мы используем sudo.
Подготовка системы
Для установки R мы будем использовать APT (Advanced Packaging Tool). Для хранения списка источников откуда будут загружены пакеты он использует специальный файл. Это /etc/apt/sources.list. Если мы хотим получить самую свежую версию R то нужно добавить правильный репозиторий в список источников. Для этого добавим следующую строку в /etc/apt/sources.list, в Ubuntu 14.04 она будет выглядеть вот так, но для других версий будет отличаться:
$sudo sh -c ‘echo «deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/» >> /etc/apt/sources.list’
Для установки пакетов из этого репозитория в APT нам нужно добавить его публичный ключ. В Ubuntu CRAN подписан ключом с IDE084DAB9. Добавляем его в систему:
Теперь когда APT настроен правильно мы можем переходить к установке.
Сначала нужно обновить список доступных пакетов, так как мы изменили источники:
$sudo apt-get update
Теперь можем устанавливать R. Флаг y, автоматически подтверждает установку программы:
$sudo apt-get -y install r-base
Теперь у вас в системе установлена самая последняя версия R. Можете протестировать ее выполнив:
$ R
Вы увидите что то на подобие этого:
R version 3.2.1 (2015-06-18) — «World-Famous Astronaut»
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type ‘license()’ or ‘licence()’ for distribution details.
Natural language support but running in an English locale
R is a collaborative project with many contributors.
Type ‘contributors()’ for more information and
‘citation()’ on how to cite R or R packages in publications.
Type ‘demo()’ for some demos, ‘help()’ for on-line help, or
‘help.start()’ for an HTML browser interface to help.
Type ‘q()’ to quit R.
>
Сейчас вы в интерактивной консоли R и можете выполнять любые R команды. Для выхода используйте функцию:
> q(save = «no»)
Установка пакетов R из CRAN
По умолчанию R устанавливает несколько стандартных пакетов, но вы наверное захотите установить дополнительные пакеты. Для этого и нужно не меньше 1 Гб оперативной памяти.
Как упоминалось ранее в CRAN размещен не только сам R но и многие дополнительные пакеты. Для установки или обновления пакетов из CRAN необходимо использовать R функциюinstall.packages(). Например если вы хотите установить пакет package используйте следующую команду:
> install.packages(«package»)
Стоит заметить что пакет будет установлен только для текущего пользователя и другим будет недоступен.
Можно установить пакет R и для всех пользователей, для этого нужно использовать права суперпользователя. В качестве примера давайте установим пакетshiny который очень популярен среди разработчиков web приложений на R. Один из способов установки пакета от суперпользователя — войти как суперпользователь, запустить R и вызвать функциюinstall.packages (). Но этого делать не рекомендуется. Мы можем просто запустить R команду с помощью sudo. Параметр repo указывает с какого репозитория будет загружен
пакет.
$sudo su — -c «R -e \»install.packages(‘shiny’, repos = ‘http://cran.rstudio.com/’)\»»
Теперь пакет будет доступен для всех пользователей. Давайте проверим. Запустите R:
$ R
Загрузите пакет:
> library(shiny)
Как видите команда не вызвала ошибок. Теперь закройте R:
> q(save = «no»)
Установка пакета DevTools
Пакеты размещенные в CRAN могут быть установлены функциейinstall.packages() но есть еще много пакетов размещенных на GItHub. Для установки пакетов R из Github нужно использовать пакет DevTools. Давайте его установим. Для работы пакет требует три библиотекиlibcurl4-gnutils-dev, libxml2-dev , и libssl-devc установите их:
Теперь можно устанавливать devtools. Не забудьте что его нужно установить для всех пользователей как описано выше.
sudo su — -c «R -e \»install.packages(‘devtools’, repos=’http://cran.rstudio.com/’)\»»
Установка devtools займет несколько минут.
Установка пакетов R из GitHub
Теперь когда DevTools установлен, мы можем установить любой пакет из GitHub используя функцию install_github(). Также как и в установке из CRAN вы должны выполнять команду от суперпользователя для установки пактов для всех пользователей. Давайте попробуем установитьshinyjs из GitHub который добавляет функциональность к пакету shiny. Пакет в GitHub определяется его автором и названием:
$ sudo su — -c «R -e \»devtools::install_github(‘daattali/shinyjs’)\»»
Давайте проверим корректность установки shinyjs загрузив его. Запустите R:
$ R
Попробуйте загрузить shinyjs:
> library (shinyjs)
вы уже знаете как закрыть интерпретатор R:
> q(save = «no»)
Следующие шаги
Теперь у вас в системе установлен и настроен полностью рабочий интерпретатор языка R. Для получения более подробной информации можете посетить официальный сайт R. Чтобы узнать больше о CRAN смотрите официальный сайт CRAN
Выводы
В этой инструкции мы рассмотрели установку R в Ubuntu 14.04. А также узнали разницу между установкой пакетов из CRAN и GitHub.
