А вы не пробовали LVM - Logical Volume Manager для Linux?
Под
этой аббревиатурой скрывается набор утилит, который позволяет выделывать с вашими
дисками все, что угодно. Начиная от переноса данных с одного диска на другой и заканчивая
изменением объемов разделов. И все это на ходу, не останавливая систему. Если в ней
исправили самые страшные ошибки, то это вообще отлично. Попробовать, что ли ...